ATAPI MO在Linux操作系统上使用前一般需要对LINUX系统内核作一点修改，然后重新编译LINUX系统内核。
另外，Linux操作系统内核版本小于2.2.2时可能不支持ATAPI MO，因此要在Linux上使用ATAPI MO时，请安装内核版本不小于2.2.2的操作系统。或者在原来低版本的基础上进行升级。
ATAPI MO在Linux操作系统上安装大致分以下几个过程：
（1） 确认Linux OS内核版本
由于Linux OS内核版本小于2.2.2时可能不支持ATAPI MO，因此对使用内核版本小于2.2.2的Linux OS，首先要取得Kernel-2.2.2以上的版本，将之解压到"/usr/src"目录下。
对使用2.2.2以上内核版本的Linux OS，不须此步骤。
（2）配置Linux OS内核
当升级或确认Linux OS内核版本后，接下来要重新配置Linux的内核。进入"/usr/src/linux"目录，运行"# make config"或"make menuconfig"命令，在出现一连串的选择提示或菜单，将下面两部分修改为"yes":
"Enhenced IDE/MFM/RLL disk/cdrom/tape/floppy support"
"SCSIemulation support"
修改完后，将配置文件存盘。
（3）重新编译内核
（4）用新内核重新启动计算机。
详细编译内核的过程请参看有关LINUX资料。
需要提醒的是：在用新内核前，最好将原来的内核备份，以防出现新内核工作不正常导致系统瘫痪。
LINUX系统下ATAPI MO支持128M--1300M的所有MO盘片。
Linux环境下SCSI接口MO的使用方法
SCSI接口的MO在Linux操作系统下，当SCSI适配器正确安装后，MO就可以当成一个SCSI磁盘使用，Linux系统支持所有512字节/扇区和2048字节/扇区的MO盘片。
mount MO后，Linux系统可将540M、230M、128M的盘片分区、格式化成FAT或ext2文件系统格式，640M和1300M的盘片能分区、格式化ext2格式，但不能为FAT格式，这与每扇区2048字节有关。
当安装Linux系统没有安装SCSI适配器驱动时，可在Linux安装后再另行安装，但系统必须支持这种SCSI型号。一种较简单的安装方法如下：
（1）在/etc/conf.modules中加入一行：alias scsi_hostadapter ncr53c8xx (假设SCSI卡型号为ncr53c8xx)
（2）运行命令行：insmod /lib/modules/2.2.10/scsi/ncr53c8xx.o (2.2.10为对应Linux系统内核版本号，不同版本会不一样)。
经过以上两步后，就可正确mount SCSI MO了。
