在卸载Windows 2000之前，我们有必要了解一下操作系统。在你格式化一个硬盘之前，可以选择把整个硬盘作为一个分区或者根据自己的实际需要进行划分。在分区完成以后必须是其中一个分区处于激活状态。无论你有多少个硬盘或者多少个分区，Windows在系统启动时只承认一个有效的激活分区，你可以用Win 9X启动盘上的FDISK命令查看分区的状态并确定那个分区是激活的，操作系统会自动分配给激活分区盘符C:\。当我们在硬盘上面安装一个操作系统的时候，系统引导文件始终是被放置在激活分区C:的，即使你把操作系统的安装目录指定到其他的逻辑分区中。
如果你的硬盘中只装有一个操作系统，系统引导文件和系统本身通常都是安装在激活分区C:中。如果你有多个操作系统被安装在同一个硬盘上，各个系统的引导文件同样被安装在C:中。理解了这一点后，卸载Windows2000变得更容易。
一、硬盘上只装有Windows 2000
卸载Windows2000最简单的方法就是用一张Windows 9X的系统盘引导，然后快速格式化装有Windows 2000 的硬盘分区，例如FORMAT C: /Q，这将删除硬盘上面的所有文件，在确定删除前做好相关文件的备份。Windows 9X的系统盘引导只能识别FAT和FAT32格式的硬盘分区，如果你的Windows 2000是安装在NTFS格式的分区上面的，FDISK命令就不能识别，显示为不明分区（unknown partition），但是我们依然可以将它删除 。
要是你并不想格式化硬盘，而你的Windows 2000又是装在FAT/FAT32分区上的，可以通过删除Windows 2000的引导文件来卸载。这些引导文件包括boot.ini, bootsect.dos, ntldr, ntdetect.com 和ntbootdd.sys 。在删除前使用 "ATTRIB -H -R -S C:\*.*"命令去除文件的隐含和系统属性。然后用 DELTREE 命令删除 WINNT 目录和引导文件。同时删除页面文件pagefile.sys和“休眠”的系统设置存盘文件 hiberfil.sys。
二、在Windows 9X与Windows 2000多引导系统中卸载Windows2000
你可以使用一张Windows 98的系统盘引导计算机然后运行以下命令：
A: >sys c:
A: >deltree C:\WINNT
A: >deltree C:\boot*.*
A: >deltree C:\nt*.*
A: >deltree C:\hiberfil.sys
A: >deltree C:\pagefile.sys
三、在Windows 9X与Windows 2000多引导系统中卸载Windows 9X
卸载Windows 9X显示更简单一些，用"ATTRIB -R C:\ boot.ini"命令去掉boot.ini的只读属性，然后用“记事本”程序编辑，删除含有 Windows 9X这一行文字，确保Default=这一行中的系统是你硬盘中的Windows 2000，而不是Windows 9X。也可以在Windows 9X上方加入[any text]进行简单的屏蔽。我们举例说明：
[Boot Loader]
timeout=3
Default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[Operating Systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect /nodebug
[any text]
C:\="Microsoft Windows Millennium Edition"
我们可以将timeout=的值设置为0，这样讲不会显示多系统引导界面，而是直接启动你的Windows 2000。然后从Windows 9X的分区上删除 Windows 与 PROGRAM FILES 目录 ，删除Windows 9X引导文件: io.sys, msdos.sys, command.com 还有 autoexec.bat 和 config.sys。
