“喂，有空吗？陪老子玩玩。”在残破的地下水道里，一个目光阴冷的长衣男子正在调戏一个妖艳的阻街女郎。而在不远处的角落，默默吸烟的布雷德倚在墙上冷眼旁观着这一切。女郎不屑地扭身离去，长衣男子丧气地走到布雷德面前要求借火点烟。那男子点着烟之后也自顾离去了，此刻布雷德的手机里传来了杰克逊公司塔克所发的信息，“跟踪他，刺杀他和军火贩子，把我们失窃的军火拿回来。”布雷德熄掉烟，迅速跟了上去。“喂，有空吗？陪老子玩玩。”在残破的地下水道里，一个目光阴冷的长衣男子正在调戏一个妖艳的阻街女郎。而在不远处的角落，默默吸烟的布雷德倚在墙上冷眼旁观着这一切。女郎不屑地扭身离去，长衣男子丧气地走到布雷德面前要求借火点烟。那男子点着烟之后也自顾离去了，此刻布雷德的手机里传来了杰克逊公司塔克所发的信息，“跟踪他，刺杀他和军火贩子，把我们失窃的军火拿回来。”布雷德熄掉烟，迅速跟了上去。
走出下水道来到城里，长衣男子走进一家酒吧，布雷德想要进去时才发现有电子锁挡路。回想起来路上经过一个电源控制室，布雷德立刻按原路返回，来到电源控制室，先切断电源再把它接通，电子锁因此短路失去作用。正当军火贩子们讨价还价时，布雷德破门而入，“黑暗之眼！”看到布雷德胸前的记号他们都惊呼起来，一场鱼死网破的战斗开始了。摆平了所有敌人后，布雷德清点了一下军火，但发现少了一箱威力巨大的迫击炮。濒死的长衣男子说出他在那箱武器中放了炸弹，并将在15分钟后爆炸。时间不多，布雷德在长衣男子身上搜出一张上面写有0624的磁卡。返回出发点，在附近的自动贩卖机处发现了军火和炸弹。解除炸弹要经过四个步骤，首先要用磁卡来解开第一个机关，然后是输密码，号码是磁卡上所记录的0624。而后会出现一排四个旋转的金属棒，还有两个灯和一个按钮，当四个金属棒的颜色转到与灯相同的颜色（绿色）时，按一下右边的按钮，熄灭一个灯，当再次转到与灯相同的颜色时，再按一下按钮熄灭另一个灯，这样就解开了第三个机关。最后是剪断右边第一（红）和第三（白）根电线即可。
任务完成，布雷德得到了8 000G。在塔克的办公室内，他皮笑肉不笑地称赞了布雷德一番，并告诉布另有一个重要的任务想交给他做，那就是有情报透露泰拉商社的头号特务赛瑞今晚会来杰克逊大楼行动，布雷德务必干掉他。“是来盗取A－FILE计划的基因外挂的吧”，布雷德淡淡地说。看见塔克的脸色骤变，布雷德便不再多说。离开办公室的时候，布雷德得到了15 000G的定金，任务完成后还能得到另一半。
而此刻在堕落之渊的一个小酒吧里，少女蒂娜正在向老板娘杰西卡打听布雷德的下落。可惜的是杰西卡根本不知道布雷德这个人。出于好心，她将蒂娜留了下来。
夜幕很快降临，赛瑞果然潜入，当他刚刚找到DNA的样本，布雷德就出现在他面前。二人交手后，赛瑞不敌，但是他立刻逃走，布雷德紧追而出。先在记录点左边的通道尽头捡到5个恢复药，然后立刻沿着右边的通道急追。这时不知内情的杰克逊大楼守卫冲上来阻拦，打倒他们后，布雷德终于在一个房间内追上了赛瑞。眼看走投无路，赛瑞果断地跳窗逃走，布雷德暗暗咒骂了一句，立刻继续追了上去。
一路上和人对话，会有不自量力的家伙上来交手，一一摆平后，布雷德追到了杰西卡的酒吧。进入酒吧后门外的死胡同，赛瑞无路可逃，正要动手时……“他们保证可以支付比杰克逊企业更多的钱。他还告诉布雷德A－FILE计划是非常可怕的，会对整个大陆造成危害，但这对布雷德来说没有任何兴趣，只是那句更多的酬金打动了他。这时塔克打来了电话，询问布雷德事情办得如何，但此刻的布雷德早有了自己的算盘，他索要更多的报酬。发怒的塔克断然拒绝，一言不合2人立刻翻脸，布雷德决定前往泰拉商社。
蒂娜劝布雷德跟她一起回故乡去，但现在的布雷德早已不是她童年时青梅竹马的小伙伴了，他漠然地拒绝了她。老板娘杰西卡告诉布雷德，她的丈夫也是被A－FILE计划害死的，她要同布雷德一起去帮泰拉对抗杰克逊。此时杰克逊的一批士兵赶到，3人合力干掉他们后来到酒吧的车库，没想到汽车居然在这个节骨眼上被人偷走了，布雷德只好先去偷车。他刚离开便又有一批士兵袭来，但两位女士也不是好欺负的，足以将他们全部打倒。等布雷德赶回来，大家乘车迅速离开了堕落之地。此刻在杰克逊大楼内，盛怒的塔克正在给一个叫米兰的女杀手下令去追杀布雷德。当米兰离开后塔克的脸上浮现出了冷笑，看来他对米兰的能力深信不疑。
在杰克逊企业的基因实验室里发生了奇怪的事件，科学家巴赛夫无意间配出一组奇怪的基因码，因此产生了一个全身发光，胁生双翅的人形物体。他强大的力量让两个士兵在一瞬间化为灰烬，他要求为他找出有天使之心的人，然后就消失了，恐惧的杰克逊企业老板戴森命令手下立刻去照办。
一进入肯特区，就听到关于纵岳山脉猛兽袭击行人的传言。大家进入医院，在208病房果然看到了艾克拉雅村的朋友狄恩，他被不知名的猛兽咬得非常严重，蒂娜在难过之余，想到大家很快也要经过纵岳山脉，不由得暗自心惊。离开医院时在走廊房间门口的每个盆景里检查一下，可得到不少的道具。汽车驶进纵岳山脉，没走多远就看见一巨大的怪物一巴掌把一名男子打飞，大家虽然心中忐忑，但仍然冲上去相救。好不容易杀死恶魔救下那个男子，才得知他原来是乐之地有名的美男子西尔法。由于这里离艾克拉雅村非常近，大家决定一起前去看个究竟。来到艾克拉雅村，这里是一片令人触目惊心的景象，尸横遍野，血流成河，看来已经遭受了魔物的袭击。过小桥来到教堂前，蒂娜担心弟弟杰克的安危，很快跑进了教堂，大家跟进去后却没有发现杰克的踪影，也许他已经安全地逃离了这里。蒂娜建议先到教堂顶楼去休息一下，在这个房间里取得4 000G，大家沿着梯子爬上了顶楼。
画面转到乐之地，杰克竟然来到了这里，原来他一路跟踪蒂娜，没想到在途中跟丢了。穿过乐之地第一区，杰克碰到3个老流氓在勒索一个少女，热血的杰克立刻冲上去拔刀相助（当然是帮助少女），把3个流氓打倒。得知少女叫菲菲安，两个小鬼一见面顿时感觉良好，菲菲安请杰克送她到罗姆市去，杰克立刻答应下来。
此刻在杰克逊企业内，幕僚们迅速向戴森报告了魔兽和精灵出现的情况，估计和发光物体的出现有关。他们制定了捕捉魔兽精灵和将A13基因改造成D666的计划。
杰克和菲菲安到了罗姆市，这里很繁华，听说歌星堤芬妮要来开演唱会。2人找了一家旅馆投宿，在菲菲安的要求下杰克答应陪她一夜第2天再走。没想到次日早晨起来才发现菲菲安和自己的钱包都不见了，哎，可怜的纯情杰克。
画面再回到艾克拉雅村，大家休息了两天后整装待发，西尔法因习惯了漂泊而跟大家辞别，而蒂娜则要求和布雷德一起去泰拉，顺便寻找杰克，大家重新踏上了旅程。没想到出发没多久，就在山脚下遇到了地震，大家被摔落到一个山谷——风之谷的密林内，为了离开这里向右边进发。路上有个发光的亮点，在这里可以得到魔动剑。穿过山洞很快到了一个奇怪的小村子，这里居住着一些可爱的不知名小动物。到左边的地区见到长老，他把大家带到一个平台处，在这里风精灵现身。它告诉布雷德要离开这个村子就必须经过封印神殿，而那里有上古的神兽在守护，只有打败它方能通过。为了尽快离开这里，布雷德决定去试试。
在风精灵的带领下穿过山道，来到封印神殿前，所谓的上古神兽——天空的守护者出现，这只大鸟一样的怪物有接近10 000点HP，一场大战后打败它得到了耶堤之魂。就在这时风精灵王希鲁夫出现了，他说出1000年前的世界之王亚斯蒙代斯就要重新出现，他请求布雷德和他合作，联合五大精灵种族来开启黑暗之门。但布雷德根本不感兴趣，直到希鲁夫许诺给布雷德凡人所不能企及的力量，布雷德才答应下来。接着希鲁夫请布雷德先往爆炎之渊与火系精灵会合，并将精灵召唤使者送给布雷德。这时蒂娜出现了晕眩症状，但并没有引起大家过多的注意。
此后由于没有了汽车，所以要经历一些战斗才能到达泰拉商社。在街道中的水池里可以找到精灵温蒂娜。来到商社内，布雷德将DNA样本交给泰拉，得到了50 000G的酬金。泰拉向大家说明，外挂基因是杰克逊企业想要控制整个大陆的手段，她拜托布雷德帮忙护送秘书米雪儿到米吉尔商社去联盟，共同对付杰克逊企业。在蒂娜的恳求下，布雷德答应了。
此刻的罗姆市，堤芬妮的演唱会结束后立刻接到报道通知，她无意中听到塔克和戴森的电话，原来她的基因属于A13类型，上面准备牺牲她用来开发D666，惊惧的堤芬妮转身逃走……
为了方便布雷德的行动，泰拉慷慨地把她的汽车借给了她们，大家乘车前往米吉尔商社。途经盖堤市，在这里接到了泰拉的电话，她通知米雪儿沙拉镇出现了魔兽，希望能在布雷德的保护下前去调查。大家正要出发，塔克派出的女杀手米兰带着几名士兵终于追了上来，众人只好一战。米兰很是强悍，最好先把几个士兵干掉再合力攻打米兰。在打败了她后米兰悻悻离去，大家也按泰拉所说前往沙拉镇去调查。 然而仍然来迟了一步，沙拉镇的景象一如艾克拉雅村，惨不忍睹。正当大家准备离开时突然发现不远处还有一个壮汉在和魔兽打斗着，而且情形危险。大家立刻施以援手，把那人救了下来。交谈中得知他叫加多，曾经也居住在堕落之渊，但由于反抗杰克逊企业而遭到了放逐。由于都是志同道合者，加多很爽快地答应了杰西卡的邀请，加入队伍一起前进。在瓦砾中取得一块圣魔石后大家离开这里，前往不远处的爆炎之渊。进入爆炎之渊，这里地形险恶，像进入了火山内部一般。虽然一路上没什么岔路，遇敌的频率也很低，但要走过很长的一段距离才能到达爆炎之渊的内部。一进入这里就感受到了和封印神殿相同的震动，一只三头火龙从岩壁中冒了出来向大家展开攻击。这是守护这里的神兽，打败它后得到炎龙王法布尼鲁之魂。接下来火精灵王沙拉曼达出现，她也让一个火精灵使者跟随布雷德，并告诉布雷德下一个目标是去找水系精灵。画面再转至堕落之渊的乐之地，丢掉钱包的杰克已经整整两天没有吃东西，饿得几乎连路都走不动。祸不单行，3个小流氓偏偏上前来找他的麻烦。正在杰克叫苦不迭的时候，西尔法突然出现，帮他把3个流氓打翻在地。2人简单认识了一下，西尔法便带着少不经事的杰克进夜总会快活了一晚。次日，杰克告诉西尔法他要去寻找姐姐蒂娜和大哥布雷德，于是西尔法决定帮杰克前往泰拉商社，从西尔法和泰拉的电话对答中得知，这两个人的关系颇不寻常。
布雷德等人离开爆炎之渊不久再次遇到了地震，一只巨大的沙虫从地下冒出来向大家发动攻击。这个丑陋的怪物一点也不比前面遇到的上古神兽弱，好不容易才把它杀掉，得到了突变恶魔帕斯拉之魂。由于汽车在地震中遭到了损坏，大家只好先驶到前面的埃达市去作一下检修。到市内后由加多负责去找修理厂，其余人则到酒吧先休息。一进入酒吧布雷德就注意到躺在椅子上的一个醉汉，“盖洛普？”布雷德认出了他，那个醉汉抬头一看，竟然不顾一切扑上来要跟布雷德一决胜负，不过还是败下阵来。布雷德告诉蒂娜等人盖洛普是自己的同行，也是一个优秀的间谍杀手。接下来的交谈中得知盖洛普的妻子被杰克逊企业抓去做实验，他自料无法与杰克逊为敌，便躲在这里整日借酒浇愁。杰西卡听后便用话激他，想让他加入队伍共同对抗杰克逊企业。就在这时菲菲安出现，她若无其事地走过布雷德身边，顺手偷走了他的钱包。布雷德本是善观风色之人，一眼就看穿了菲菲安的伎俩。正准备教训这小丫头之际，杰克和西尔法也赶到了这里，菲菲安一看更是心虚，赶紧趁混乱溜走。这时盖洛普终于想通了杰西卡的话，毅然决定加入队伍共同对抗杰克逊，而西尔法也在米雪儿的请求下答应相助，再加上去修车的加多已经返回，这下子我方实力大增。
离开埃达市后很快就到了米吉尔商社，在商社门口的植物丛中可以得到红宝石等4样物品。在商社内，米吉尔的老板派秘书出来敷衍，很明显他并不想接见大家。无奈之下，西尔法提议前往米吉尔管辖范围内的亚特兰镇看看。离开商社，如果前面那个搞笑的神秘男子来过电话，这时在门口会碰见他，花40万以上在他那里购物就可以免费得到“帝王”。
来到亚特兰镇，大家发现很多人聚在一起议论，原来米吉尔商社出钱怂恿民众去抓精灵，以获得精灵的DNA。看来他们想借此拥有精灵的魔法能力。米雪儿决定回泰拉去报告，而布雷德等人继续前往天湖寻找水系精灵。
下一个地区是拜法，这里也是杰克逊士兵的驻地。这时大家看见菲菲安被几个士兵押着走过，杰克很是担心，便请求布雷德协助营救。往左边一路前进，最终见到一队士兵和菲菲安，不由分说便开打，打倒所有敌人后救出了菲菲安。交谈中得知她竟然是堤芬妮的妹妹，为了救被杰克逊企业缉拿的姐姐才被捕。她恳求大家去法鲁市帮助她救堤芬妮，布雷德也在大家的请求下同意前往法鲁市。
很快来到法鲁市，这里的市民们都在纷纷议论堤芬妮的事情，有人还想从下水道潜入五角大楼去营救，在市民吉姆左边的街道发现了下水道的入口。进入下水道后是一个十字路口，往上方走是正确的，不过不妨先到左边和下方去取得技力胶囊、迅龙等物品，而且几乎不会遇到敌人。从上方进入电梯，先在6楼和8楼把宝箱里的物品都捡了，然后上到12楼房间内救出堤芬妮。没想到一出门就迎面遇到一批士兵，领头的是和魔兽基因混合，变得有些像怪物的米兰，这次她的力量有所提高，但最终仍败下阵来。这时布雷德提议去30楼的杰克逊车展偷车，以便逃跑。进入30楼的车展大厅，加多一眼相中了一辆高性能汽车，大家坐上去发动汽车冲破玻璃，从另一座大楼的顶部顺利逃走。
此刻在杰克逊企业内部的实验室中，因为堤芬妮的逃走，塔克不得不把手下的二号歌手杰森用来做实验。但没想到试验一开始，杰森就突然不明原因地消失了……
布雷德等人此时已经顺利到达了天湖下的印地区，当地区长前来招待，并告诉大家要通往天湖就必须经过峡之地，而那里有传说中的魔龙守护着，历来想要经过那里的人都是有去无回。然而这并没有吓倒布雷德，休息了一宿后，第二天一早大家就继续出发，进入峡之地。一路向上，来到一个山洞口，突然一个庞然大物“轰”的一声落在大家面前，这就是传说中的魔龙赛迪菲尔斯了。它的力量果然强大，好不容易才把它打倒，得到魔龙赛迪菲尔斯之魂。接下来进入山洞，走到尽头就是天湖了，这时又遇上了一只圣兽海之主昂格尔，它的力量不在魔龙之下，打死它后得到昂格尔之魂。这时水之精灵王温蒂缇出现，她也派了一名拥有水之魔法的精灵使跟随布雷德，然后告诉布雷德前往艾克拉雅山寻找木之精灵，而蒂娜在这里出现了第3次晕眩。结束后西尔法接到了搞笑神秘男子的电话，于是和大家约定后匆匆离开队伍。此刻的杰克逊企业内发生了巨变！一度消失的杰森突然又返回到戴森面前，而且变得奇形怪状。原来他已经变成了堕天使，而1000年前的世界之王堕天使亚斯蒙戴斯也重临人间，他要杰克逊企业帮他抓住有“天使之心”的蒂娜，这是他重新征服世界所必须的一步。
而布雷德等人现在要穿过大半个大陆前往艾克拉雅山。经过长途跋涉到达艾克拉雅镇内，布雷德和蒂娜在这里回忆起了童年的往事。而后继续出发，终于到达了白雪茫茫的艾克拉雅山。这里的地形相对比较复杂，往上穿过一个山洞后来到一株大树下，按例先和一个圣兽花之圣女菲因诺交手。打败她后木之精灵王就出现了，她也将一个木系精灵送给布雷德，并告诉他最后的土系精灵在沙巴拉沙漠。正当大家要离开时，阴魂不散的米兰和杰克逊基因合成人亚诺辛格追杀上来，这两个人的力量都比较强，好不容易杀死他们，杰森突然在空中出现，并掠走了蒂娜。布雷德等人上前与其交手才发现力量根本不在一个档次上，杰森的一刀就可以砍掉6 000点以上的HP，无奈只好眼睁睁看着他把蒂娜带走。
大家回到艾克拉雅镇商议对策，这时泰拉打来电话，要布雷德等人立刻赶往泰拉商社有重要事情商议。赶到泰拉商社，泰拉讲述了堕天使已经占领米吉尔商社的情况。这时西尔法也赶来，大家决定尽快前往沙巴拉沙漠，以取得全部精灵种族的力量。
泰拉提供了飞机，这下子就可以很快到达沙巴拉沙漠了。从右上角的小路进去，最后走到一处地上有裂缝的地点，守护神兽大地魔神盖亚现身，打败它后得到盖亚之魂。之后就可见到最后一个精灵王——土精灵王诺姆，他把土系的精灵使者交给了布雷德，并让他去史可雅原始森林找妖精王取得最后的精灵族力量，但此刻的布雷德为了救出蒂娜已经是心急如焚，他决定先前往堕落之渊救出蒂娜后再作打算。
大家飞到堕落之渊的语之地，迎头撞见了杰森，这一仗不可避免了。现在的杰森比上次出现时要弱一点，并非不可战胜，打倒他后就可以直接前往前面的杰克逊企业商社。进入后有一批士兵围上来，打倒他们后大家兵分3路前进。由西尔法、菲菲安和堤芬妮组成第一队，去破坏基因实验室。从左边一路向上，很快就到了实验室内，巴赛夫和艾力斯坦这两个疯狂的科学家立刻叫出了两个基因合成怪物迎战。这两个家伙生命力很高，最好使用西尔法的忍术绝技“阿修罗”来对付，不然将是一场漫长而又艰苦的战斗。打败他们后西尔法安置好炸弹，将这害人的实验室化为灰烬；接着是加多、杰西卡和盖洛普这一组，他们的任务是刺杀戴森和塔克等人。先从左边的楼梯上到60层，然后从另一道门进到61层。这一层的右下角房间里有两个女子，这个房间的左下角文件柜里可以拿到上62层的磁卡。在62层左边大房间内的柜子里可以找到上63层的磁卡。返回61层，从左边的小门离开，再从楼梯来到63层。这里的右上方就是戴森的办公室了，塔克和另一个打手在守门，先把他们俩干掉，然后进办公室去和戴森决战。这时要多用五连拳和银刃群舞一类的招式，最后戴森终于被打败。但狗急跳墙的他拿出手榴弹来想作最后一搏，关键时刻杰西卡扑上去用身体挡住，不幸和戴森同归于?
布雷德、杰克和米雪儿组成的最后一队上到天台，亚斯蒙戴斯正在这里严阵以待，从现在开始真正的苦战开始了。打败亚斯蒙戴斯后天空发生了异变，无数天使在空中飞行，天上降下火雨，大天使们所谓的“净化”行动已经开始。为了阻止天使们的行为，布雷德等人只好与大天使拉法埃尔交战，虽然打败了他，天使们的行动却并没有停止。无奈之下西尔法提议去史可雅原始森林找妖精王帮忙。
前往史可雅森林的途中路过肯特区，在这里和大天使韦利埃尔又打了一仗，胜利后来到达史可雅原始森林。穿过山洞走到尽头，没想到在这里遇见的是天使长米查艾尔，妖精王因为对他的净化行动形成阻碍，可能已经被他杀掉，于是众人又与米查艾尔大战.
3年后，整个大陆在浩劫后重新展露了生机，在布雷德和蒂娜的墓前，西尔法和朋友们发誓一定要建立起一个更加美好的国家……
