接受了“帝国华击团·花组队长”任命的海军少尉大神一郎，奉命来到指定的合流地点——上野公园。而在纷飞的樱花之中，来迎接他的正是花组的新人——真宫寺樱。两人一同来到位于银座的大帝国剧场，见到了花组的另外3位成员：爱丽丝、神崎堇和玛丽亚·桔。虽只是短暂的接触，大神大概也已经隐隐的感到今后的前途多难了吧（笑）。在经理室见过醉醺醺的米田大叔，大神竟被安排去执行所谓“便装任务”——检票。
检票工作结束后，大神就可以进行自由移动了，顺便熟悉一下剧场内部的构造，但不要忘了在小卖店买下樱的明星卡。最后前往经理室去见米田询问华击团的事情，却被兜头浇了一盆凉水——这里是“帝国歌剧团”，而花组都是歌剧的女演员。
晚间，消沉的大神被安排巡夜（可选择与樱一同行动），要好好利用8次行动的时间。
第二天一早，在舞台上排练的樱和堇发生了纠纷。在上前阻止的大神结结实实的挨了两个耳光之后，敌人来袭的警报也响起来了…………帝国华击团，出击！
初回的战斗，玛丽亚会讲解光武的操作。不过面对超弱的敌人，想输掉实在是太难了。BOSS是黑之巢会的死天王之一叉丹，稍微用必杀技攻击几次就可把他干掉，所以别忘了之前要把8次“庇护”用完。
【第二话 敌人是黑之巢会】
正在检票的大神，在一声巨响之后见到了花组的新队员——中国少女李红兰。先带红兰去经理室，途中可买下她的明星卡，谈话结束后送她去房间。晚上，红兰会来拜访，并邀请大神去她的房间玩。进入自由行动后，大神可以去和红兰打花札，以及救助在游泳训练中抽筋的堇。
第二天《爱是钻石》的演出，粗心的樱又捅了篓子，而舞台也因此倒塌了…………夜间，独自修理舞台的大神遇到了神秘的美女，却让来送便当的樱产生了误会。
想不到黑之巢会的总帅天海这么快就现身了，为了守护帝都铁塔，花组再次出击。这次的战斗中，敌方出现了远程攻击的蒸汽火箭，不过由于擅长大范围攻击的红兰的加入，战斗依然很轻松。BOSS开始以“影”形态出现，攻防都很高，我方可利用蒸汽锅炉进行回复。几回合后随着翔鲸丸的炮击，BOSS的本体就会出现。在“庇护”用完之后，大家可一拥而上将它解决掉。
而那神秘美女的正体，原来是帝击的副司令——藤枝菖蒲。
【第三话 我是个不称职的队长？】
最近玛丽亚的情绪似乎有些低落，身为队长的大神也为她担心。自由行动中，除了与玛丽亚交谈外，也别忘了买明星卡。行动结束后前往舞台轴，却遇上了柱子倒塌的事件，悲哀的男人大神不得不死命扛住…………而此时用单手解围的，正是从冲绳归来的花组队员——桐岛神奈。
身为空手高手的神奈，提出与大神切磋一下，之后还会亲自下厨。在回房间的路上，大神拾到一串项链，原来是玛丽亚不小心遗失的。看她那焦急而不安的神色，项链之中到底藏着什么秘密呢？
紧接着发生了战斗，强力伙伴神奈的加入，无疑令我方的实力大增。靠近BOSS刹那之后，会发生剧情，大神为了救助小孩负伤，而刹那也因此逃脱（也可以让樱去撞枪口，后面的情节会稍有不同）。
一向冷静的玛丽亚，怒责大神是不称职的队长，大神自己也一度产生了动摇。坚定自己的想法之后，刹那却突然出现，爆出了玛丽亚不为人知的过去。被激怒的玛丽亚，单身去找刹那“理论”。第二场战斗虽然缺少了玛丽亚，但凭借大家的齐心合力，大神很快就可以移动到玛丽亚机体的旁边，只是她已被刹那掳去。为了救玛丽亚，大神一个人跳上了刹那派来的汽船…………
在队友的帮助下，大神救出了玛丽亚，并终于获得了她的信赖（还有芳心吧）。这下刹那可惨了，虽然能在一回合内移动2次，一旦被围在角落里也只有白白挨打的份儿了。上吧，华击团！
【第四话 暴走！暴走！大暴走！】
爱丽丝好高兴啊，原来明天就是她的10岁生日了！所以当她提出约会的要求后，大神当然是满口答应了。接下来爱丽丝会要求大神帮她挑衣服，想凑齐全部迷你游戏的人千万别错过。
次日，在前往爱丽丝的房间之前，大神还有自由行动的时间，其中比较重要的是在大道具间的迷你游戏和购买明星卡。之后约会开始，两人在浅草玩得很开心，狡猾的大神还在小摊上买了廉价项链送给爱丽丝，轻易俘获了她的芳心。不过乐极生悲，在活动写真馆里，被影片吓到的爱丽丝灵力大爆发，造成了重大破坏…………回到帝剧之后，两人被要求好好反省。而爱丽丝感到大家都把自己当成小孩子，驾驶着光武负气出走了。
战斗的第一阶段是救出爱丽丝。将大神和樱的机体移动到爱丽丝机体的两侧就可以说服她。之后要面对死天王之一的罗刹，利用爱丽丝的空间移动打开庭院大门的开关，其他人才能移动到罗刹的所在地。所以当罗刹询问大神哪位队员最重要时，不要选择爱丽丝，并把“庇护”使用在该队员的身上。而在众人的必杀技围攻之下，罗刹也是撑不了几个回合的。【第五话 与花一起盛开！少女的意气】
由神崎堇和桐岛神奈主演的新剧《西游记》上演了，搞笑的效果是不错，两人在台上却打了个鼻青脸肿。队长大神的劝告，似乎也没有什么效果。进入自由行动后，大神要以约会为诱饵哄堇和神奈开心，而买明星卡则是例行公事了。
在作战室的会议上，三人被要求去深川的废屋执行侦察任务。出发之前，大神还可以四处闲逛一小会儿，其中在格纳库与红兰的对话最为重要，可将大家的光武改进为攻击型或防御型。
进入废屋后，再次发生争吵的堇和神奈各走一途。至于大神，其实选择去追谁都没所谓，反正后面会发生与另一人如出一辙的剧情…………在退治了令堇和神奈害怕的蛇与蜘蛛之后，三人终于发现了死天王之一的红之弥勒。
战斗开始时，队员被分成两祖，活用各人的必杀技清除敌人和障碍物、尽快合流是当务之急。除了大筒、蒸汽火箭的威胁之外，弥勒的亲卫队“红蜂队”会不断出现，反正也没有经验值的设定，迅速登上高台是比较明智的选择。BOSS并不是弥勒，而是红蜂队X6，在“庇护”用完之后迅速解决它们就可以了。
【第六话 帝都大崩坏！？】
随着夏季公演的结束，花组迎来了千秋乐。检完票的大神在邀请椿吃饭未果之后，开始了闲逛模式。除了买明星卡之外（这样全部6种就集齐了），还要帮助神奈把走失的孩子送回父母身边。之后，齐聚在沙龙的花组决定为神奈召开生日宴会，并各自分头准备起来，而平日就负责杂役的大神则照例充当打下手的角色。自由行动中要帮忙整理道具、搬桌子，以及和玛丽亚一起做菜（迷你游戏）。
宴会进行中，樱外出购买饮料。红兰提议在樱回来时吓唬她一下，爱丽丝、堇和神奈这些好事之徒当然是大力赞成。不过人算不如天算，吓到樱的不是她们的装神弄鬼，而是一个响雷。这时大神自然要前去安慰，樱也非常配合的切换到回忆模式中…………第二声巨响则是弥勒的来袭，被困在地下室的大神和樱利用手枪和炸弹，合力脱险。
这场战斗开始时队员又被分成两组，大神和樱要迅速启动墙上的机关打开门，其他队员借机回复耐久值和气力。合流后全力对付弥勒的同时，要小心周围的整备品被变成胁侍。
打倒弥勒后，天海的“六破星降魔阵”发动了，帝都陷入一片混乱。偏偏祸不单行，刚才下意识发动灵力的樱也突然昏倒…………
【第七话 赌上性命的决战】
樱仍处于昏迷状态，花组的情绪也很低落。这时候身为队长的大神，就要担负起鼓励大家的责任了。之后齐聚在作战指令室的花组，依靠蒸汽计算机的分析，在魔法阵中发现了妖力极强的一点。此时无论大神的看法如何，该处都会被认定为天海的所在地（主角的悲哀）。
这果然是陷阱，在那里迎接花组的是叉丹和大批的胁侍。困境中，樱乘坐翔鲸丸赶到，告知天海的藏身之处。于是花组兵分两路，一队阻挡胁侍的前进，另一队由大神带领直捣天海的老巢——分队时要记得把中意的女孩带在身边。不过奇怪的是，叉丹似乎并未出全力阻止，而是摆出一副坐山观虎斗的架势…………
第一战地形略为复杂，但只要把3个胁侍工厂破坏掉就可打开封印。在地下深处众人终于见到了天海，我方虽然只有四个人，但一拥而上必杀乱舞，应该能在一两个回合将其搞定。再度站起来的天海能力增加有限，只是召唤出的8个“近卫”有点棘手。好在另一队的队员也及时赶到，只要活用好具备大范围必杀技的队员，天海依旧是没有什么还手之力的。
消灭天海后，花组安全撤离。黑之巢会虽然就此覆灭，可和平真的就此到来了吗？
【第八话 在和平的日子里要约会呦】
前次的决战已过去了三个月，帝都在一片和平的气氛中迎来了太正13年的元旦。花组的队员们也共聚一堂，相互祝贺。进入自由移动之前，恋爱度最高的女孩会跑来要求一起去神社参拜，考虑到恋爱度第二、第三高的女孩都可以约出去，各位大神队长就请按自己的想法行事吧。约会中，可以玩到最后一个迷你游戏——射靶。鼠标操作熟练的话，达成100分满分并不是很难的事。之后，花组的其他成员也会出现…………
叉丹实在是个不识风雅的家伙，不但与手下的“黄昏三骑士”猪、鹿、蝶一起跳出来打扰别人的约会，更召唤出了强力的魔物——降魔。已经快到极限的光武面对降魔有点力不从心，应首先依照菖蒲的指示退避到鸟居里侧，待翔鲸丸炮击之后再用必杀或合体技消灭残敌。战斗虽然取胜，但光武却无法继续使用了。在讨论对策的会议上，热血的傻瓜大神提出了“特训”的主张，而大家对此反响不一，最后还是决定各人按照自己的想法行事。
迎接了特训归来的樱和神奈，大神终于有了自由行动的机会。之前如果买齐了6张明星卡的话，前往小卖店就可从7张正月特制的明星卡中任选一张。就在此时，三骑士之一的猪袭击了银座，花组便乘坐最新型的冬瓜——不，是神武前往讨伐。
在神武的强大威力之下，刚才还耀武扬威的降魔也变得不堪一击了。战斗中，面对猪的质问要回答“是”，否则它会被激怒而提升攻击力。【第九话 露出真面目的最终兵器】
最近，副司令藤枝菖蒲总是被同样的噩梦所困扰，梦中的女子到底是……
从米田处得到一本书后，大神准备在沙龙阅读，却遭遇了爱丽丝引发的小小骚动。很快，大神又接到前往地下仓库的指示。在仓库里，神色严肃的米田告知这里收藏着强大的魔力增幅工具——魔神器，而叉丹和降魔的目标也正在于此。之后的自由移动，大神可以在地下通路设置防范机关，但面对花组的疑问一定要保守魔神器的秘密。
夜间，正在巡视的大神遇上了菖蒲，她的样子十分反常，而就在此时，敌袭的警报也响了起来。临行前，菖蒲把一把手枪交给大神，恳请他在自己暴走的时候…………
满天飘雪中率领降魔攻击帝剧的，是三骑士之一的鹿。设置在周围的4个魔来器会不断召唤出降魔，应优先破坏掉。如果分头行动的话，一定要注意在帝剧周围留下一定的战力，以免降魔乘虚而入。鹿的特点与刹那相似，可以在攻击之后再次移动，需要采取围而歼之的策略。另外，对于鹿的质问要毫不犹豫的做出否定的回答。
原来鹿的行动只是为了争取时间，此刻被叉丹所控制的菖蒲已将魔神器从地下盗出，并在叉丹的一吻之下变成了最强的降魔——杀女…………
由于菖蒲的事，花组全体都陷入了低潮。大神自己虽然也很难过，但仍要担负起队长的责任，一个一个的找她们谈心，加以开导。紧急集合之后，就是对三骑士的最后一人——蝶的战斗。
这次的战场上布满了攻击范围很广的雷击器，一定要小心的避开，或是在一回合内破坏掉。蝶的实力仅次于最终BOSS，必杀技“雷电死牡丹”的攻击范围很大，除了注意不要站得太密集外，大神的8次“庇护”也要好好加以利用。
【最终话 最后的审判】
利用魔神器，叉丹从海中召唤出了圣魔城，并准备用灵子炮毁灭世界。时间无几，米田终于打出了最后的王牌——长8000米的空中战舰ミカサ，用主炮打开了圣魔城的大门，以大神为首的花组借机乘翔鲸丸突入了圣魔城内部。
在城内阻挡花组前进的，是大量的降魔和复活的三骑士。途中队员们相继牺牲，最后到达圣魔城深处的，只剩下大神和所选择的女主角两人。打败杀女之后，她用自己的身体体大神挡住了叉丹的攻击。之后，叉丹终于亲自出战，不过实力极弱，凭借大神和女主角的合体技可以将他和周围的降魔一发KO。
被打倒后，不甘心的叉丹发动了灵子炮，却被米田用ミカサ堵了枪眼。此时，叉丹体内真的魔性苏醒，大魔王“撒旦”复活了。
山穷水尽之际，杀女再次变身，这回变成了大天使米迦勒，并以神圣之力令死去的花组队员复活。在米迦勒和天父的祝福之下，大神和花组飞上天空，与撒旦展开了最后的决战…………
最后的结局如何？各位大神队长还是以自己的眼睛去确认吧！
