2014年3月的某天，你被NEVR任命为凌波零的监护人，游戏开始了。
操作
让我们来熟悉一下这个游戏的操作方式吧，用鼠标便可以完成所有的指令，键盘上的方向键和ENTER键也可配合使用。游戏界面是华义一贯的窗口方式，用ALT+ENTER键可以切换全屏。画面左侧是当天的日历，可以提醒玩家时间，右侧则是本游戏的所有指令了，从上到下分别是：
1.察看凌波的所有状态。
2.对话（相信玩过育成游戏的玩家对这个指令不会觉得陌生，作为监护人你要经常和少女对话以了解她的心情和状态）。
3.存盘，读取和退出游戏。
4.TOWN键（用来呼出节假日时带领凌波到镇上逛街的场所，所有场所将在会在画面左边出现）。
5.察看玩家为凌波所买的一切东西。
6.为凌波换衣服（但是如果玩家和凌波的关系还不够好，凌波则会不愿意更换衣服）。
7.为凌波制定下一周课程的指令。
按下TOWN键，在画面左侧出现的就是节假日可以带凌波去的地方。场所
第一家店是服装鞋帽店。里面的东西都可以增加凌波的属性，除了服装在更换的时候会变化属性数值外，所有的鞋子都是买一次属性就会加在身上不掉的。一开始玩家拥有20000元，但这里的衣服实在很贵，如果要规规矩矩的玩游戏可能就买不全所有的道具了，建议想要买全所有物品的玩家请祭出金山游侠之类的修改器。有很多玩家恐怕不喜欢修改，那么只好等每个月总部发薪水了，一个月会有20000元，慢慢攒吧。所幸除了购物要钱之外，学任何课程都不需要花钱。有了钱后，建议一定要买的服装有荷叶边小礼服、外穿式内衣、比基尼泳装，这些都是加属性加很多的服装。
第二家店是杂志和音像店，里面的商品对各项属性都有辅助作用。建议一定要买的是礼仪书籍和情报杂志，这两样都增加社会适应性，这个属性在未来的游戏进程中很重要。
第三家店是首饰和家具店，如果有钱最好都买；如果钱不多，建议玩具熊、盆景、床单、壁纸和窗帘各买一套，用来装饰凌波原本灰暗的房间，可以增加不少属性。
第四家店是餐厅，除了消除疲劳指数比较管用外，其他属性增加的都不是太多。
第五家店是药品零食专卖店，这里的东西都很好，最多可以使各项指数各增加20点，虽然东西很贵却很管用，如果有钱，不要错过。
第六家店是动漫专卖店，这里的东西算一般，最好的还是ANIMATE NEWS，可增加基本词汇量，其他的物品虽然可以加很多别的属性点数，却会大大减少凌波的社会适应性，要育成另类凌波的玩家倒是可以多买一些。
有一点要提醒玩家，这里的商品除了餐厅捕获缺货，别的店铺在你买到一定数量以后都会缺货，而且到游戏结束都不会再有，所以如果有很多钱也不要一次买光，不然以后就只能依靠到餐厅吃饭打发时间和消除疲劳了。
接下去的选择是公园和电影院。到公园有时可以遇到一些熟悉的朋友，同事和同学，可以聊天或者触发剧情。在电影院里可以知道当月和下个月上映的电影，在安排课程的时候就可以安排是否要看电影了。
训练
按返回键回到凌波的房间开始制定一周课程。在这个游戏里面，课程选择和活动选择加起来共有十三种：心理教育、智能强化、精神强化、肉体强化、感受强化、同步率、模拟战斗，另外有学校、游乐园、海水浴场和电影院可以选择，消除疲劳方面有在家休息和独自外出。这些课程可以增加各种属性。
最值得一提的是心理教育课程，这个课程需要玩家来跟凌波互动，玩家必须教给凌波一些基本的词汇，每五个为一组，玩家可以教英文单词或者拼音等简单的词，然后根据游戏中提供的分类法来解释给凌波听；比如apple，是物体，属于食物，你是否喜欢，那么解释完凌波会说apple是一种食物，是（玩家的名字）所喜欢的/所讨厌的东西等等……玩家可以认真的教也可以胡说，游戏进行中凌波会根据你教给她的东西来跟你对话。每上一次心理教育课程，凌波的词汇量会增加5，社会适应性增加2，这是个很重要的属性，切记！
智能强化课程每次增加智力2，疲劳1。
体力强化课程每次增加肉体强度4，精神防壁2，但是会增加大约4的疲劳，如果疲劳累积太多，凌波对玩家的好感度和她自己的社会适应性都会降低，所以适当休息时很必要的。
精神强化课程会增加肉体强度、道德感觉各1，精神防壁3，同样的疲劳度也增加不少。
感性强化课程增加感受力2，精神防壁1，疲劳1。
同步率课程可增加作战时和EVA的同步率2，但是会减少社会适应性2，增加疲劳1。虽然疲劳可以有很多途径消除，但是社会适应性却需要付出很大努力来累积，这点玩家一定要注意。
模拟战斗课程可增加AT领域3，智力1，降低社会适应性1，增加疲劳1。
所有的战斗课程都会降低社会适应性；单独外出和在家休息虽然会降低疲劳，却也会降低社会适应性，所以平时要多安排心理教育课程，以便增加社会适应性，这个课程可是培养玩家和凌波感情的最好途径。
到学校上课也是一个很好的选择，会随机增加凌波肉体强度、社会适应性、道德感觉、感受和智力各项指数，同样的也会增加疲劳1。
游乐园课程是玩家带着凌波到迪斯尼乐园玩耍，共有4种内容，每次只能选一种，分别有：运动区，恐怖区，温馨动物区和梦幻区，都可以增进玩家和凌波的感情，她的社会适应性也会增加不少，但同时减少精神防壁，也就是说太安逸的生活会让凌波作战时候精神不够集中。
每个月都会上映一部电影，出现选择时玩家就可以带凌波去看电影，会增加感受4，减精神防壁4。但是会触发一些情节，所以还是有必要去看。
到海水浴场会触发一些情节，玩家如果有安排的机会千万不要错过。游泳课会消除所有的疲劳指数，但是精神防壁会下降。
吃东西和药品，穿某些服饰还有一些课程，触发一些情节会增加PH分泌。PH值增加会让凌波更有女人味，更漂亮，心情也会比较好。
