《三国群英传三》在游戏方法和流程上的改善十分明显，不再是以往的按武将数来决定行动次数，而是依照占领的城市数量用令牌的方式来实现的，初看是特色被削弱了，可原先每年才一次的内政如今是每月一次，所以实质上是让游戏更加真实了。战争等选项被融入其中，玩过光荣的《三国志》系列的玩家会很快上手。
内政介绍 ：
一，内政包括：移动、搜索、开发、人才、物品指令。
移动：运用这个命令选取我方出发城市和其中武将，可以另其移动到临近的我方城市或空城中。常用于调度金钱和部队之用。（在大城市之间通常都会有关卡，无势力的关卡只需经过即可占领，但关卡内不能囤派武将把守，当敌人攻打时，可以从近邻城市调集部队迎战。）
搜索：我方武將在其所在城市寻找物品，通常包括兵符、阵法、武器、马匹等，高级物品只有级别高的武将才能找到，在野武将也能通过搜索找到，不过必须符合它的出场时间。
开发：开发可以提高一个城市的开发度，这关系着此城的收入和人口，上限为999，开发度越高就能驻扎更多的武将和预备兵。根据每个武将的能力不同，开发的数值也不尽相同。
人才：把招降和招揽集中在了一起。其中招降是劝说被俘虏的敌将归顺我方，这和对方的忠诚度有着直接关系，不过它是会随着时间的流逝慢慢降低的。招揽是对别国的武将进行游说，但之前必须对该国进行调查，选择对象和使者后可以根据不同情况采取赠送宝物、给予金钱和游说三种方法。
物品：物品一般都有级别限制，装备不同武器可以增加武将的武力值，书籍可以增加智力值，宝物增加忠诚度，马匹增加移动速度，药材增加体力值和技力值。兵符和阵法是所有武将都能学习的。
二，军政包括征兵、训练、战争、整备、调兵指令。
征兵：运用金钱增加武将所在城的预备兵力，之后可以调整所带兵数，征兵的数量的多少受武将能力搞定的影响。
训练：提高城内所有武将所带部队的士气，士气影响着士兵在战斗时的攻击力。
战争：扩张领土的不二法门，可以从我方城市中选取最多十五名武将出征，指定攻打城市后如果附近有邻近我方城市和联盟城市，还可以调集援军协助作战，最多依旧是十五名武将。选择武将时还可以指定“主将”和“军师”，军师在野战时可以施展军师技辅助进攻。
整备：可以整武选定將将的阵型、兵种、必杀技及其选择学习武将技和军师技。随着武将等级的提高，会习得不同的必杀技，例如：生擒、大喝、挑战、一击、乱舞、气旋等，这些都会在百人战或单挑时随机施展出来，经常能起到逆转战局的作用，不过可惜最多只能选择三种。
调兵：将城中的预备兵、武将所带部队做互补调整，其实在出征时也可以调兵。
三，外交包括同盟和结盟指令。
同盟：在游戏初期，诸侯割据，群雄并起之时，许多弱小势力都是通过结盟的手段来寻求自保的。决定同盟对象后指派使者，再根据友好度的高低从赠送宝物、给予金钱和游说三种方法之中选择一种。即使失败也会增进两国关系，之后就不会担心盟国来进攻，当遭到入侵时，还能寻求盟军的支援。
解盟：派遣使者与盟国解除盟约。
四，任免包括太守、军师、将军指令。
太守：从一个城市的所有武将中选择一名担任太守。君主无论在哪个城市，都一定是该城的默认太守。
军师：从一个城市的所有武将中选择一名担任军师，游戏会把智力最高的武将默认为军师。
将军：一统霸业最重要的选项，它可以加封武將的官位，随之改变的是带兵人数的多寡，一个三十级的武将如果不封加爵的话也只能带四十个兵。另外每种官爵都有人数限制，一定要把它封给最优秀的武将。武将的等级越高，就能接受越高的官位。
五，计略包括调查、离间、情报指令。
调查：选择一个我方武将对他国城市进行侦察，该城市的资料和武将资料可以显示六个月。
离间：派遣我方武将对已调查过的城市中的武将进行离间，从而降低其忠诚度。
情报：观看我国和其他国家武将的详细资料，查看其他国家的武将资料同样必须是已调查过的。在窗口左上角有“我国”和“他国”的切换按键。
六，系统包括进度存档、进度读档、设定调整、离开游戏。
没什么好介绍的。
七，休息指令。
当完成本月的行动后，即可按此结束。电脑会显示其他国家的行动和历史事件、虚构事件（比武大会）、随机事件（消灭黄巾贼、恶虎等），这时玩家就看到了久违的大地图，不过在《群英三》中，它只是能看不能动的。
野战介绍：
野战是《三国群英传三》加入的新元素，形式效仿《三国志》系列，但相比之下更加简洁明了。在战场上，一天内可以进行三个回合行动，时间分别是早晨、黄昏和夜晚，场景会起相应的变化，而天气也有阴雨风雪等情况。多种多样的地形在丰富了游戏的同时也微妙的影响着战争。平地：一般的土地
草原：长满野草的土地
森林：长满树木的林地
沙漠：干燥的沙地
水面：河川或海岸边的地形
雪地：积雪的平地
雪山：高耸的山脈，部队不可通过的地形
山地：地形崎岖，可以勉强通过
城墙：包围市镇的城墙
城门：城市的入口，一座城通常有多个城门
街道：城市中的通道
房舍：城市中百姓居住的房屋
守军的武将人数没有任何限制，双方在野战地图上任意行动，当两军交锋时，就会转到“百人战”模式，另外也可以选择武将单挑来解决。除了将对方部队及其援军全部消灭算胜利外，占领对方的营寨或主城一回合也算胜利，对守军来说还有一个特殊的胜利条件：防守三十天（九十回合）。
野战包括移动、攻击、单挑、阵型、待命、撤退、军师计指令。
当我方有多个部队时，可以任意控制行动的先后顺序。
移动：把指定部队移动到指定位置，移动力和地形、阵型有关。
攻击：选择部队和邻近的一格内敌军进行“百人战”。
单挑：向邻近一格内的敌军武将发出单挑请求，对方拒绝将减少士气。
阵型：改变当时所控制的部队阵型。
待命：不做任何行动。
撤退：让选定的部队离开战场回到出征城市。
军师计：只有军师才能施展军师计，成功率受军师能力的影响。
用鼠标右键选择指定部队时可以显示出该武将的详细资料，点击地图可以选择“全军待命”和“全军撤退”。
当战争结束时，获胜一方就会对俘虏的武将进行处理，即使失败者在战斗中也俘虏了武将，战争结束后还是会将他们释放。处理俘虏通常有四种方法：
招降：劝战俘加入，一般是不会成功的，这和对方的忠诚度有关。
释放：把战俘放走，如果对方实力很弱，可以反复攻打来赚取经验值。
斩首：让这名战俘永远消失。
俘虏：把战俘囚禁起來，等待其忠诚度降低时在招降。
被俘的君主是没有招降和俘虏这两项的，如果斩首，他的手下就会继位或宣告势力灭亡；如果释放，他会回到剩下的城市，没有城市时也会占领附近的空城或下野。
百人戰介绍
双方武將在野戰地图相遇，通常会用“百人战”来决一雌雄。我方部队位于屏幕的左侧，雷达上显示为蓝色；敌人部队在右侧，显示为红色。每场战斗有九十九游戏时间的限制，当时间耗尽时算双方平手。下面的武将资料分别显示了双方的生命力、技力、武力、智力、士气、士兵数量。按住武将头像，屏幕就会已他为中心。
虽然游戏中共有八种阵法可以选择，但其实每种都分八个小组，根据站位的不同，下达的指令也不同。不过前进、后退、中央集中、上下分散、上方移动、下方移动、待命这些指令都是通用的。在没有下达全军冲锋命令之前，可以随意控制部队行动，这时士兵们的攻击目标就是敌人的主将；而一旦全军冲锋后，我军的阵型就会混乱，进攻的重点是全体敌人。全军待命的作用是让我军所有部队停止行动，但若是已经全军冲锋那就无效了；全军撤退是命令我军部队逃离战场，这时的主将无法施展武将计，被敌人包围时还得先杀出重围才成（良驹宝马就是用在这里的）。
主将在“百人战”中的作用是相当重要的，前进、后退、待命的作用和士兵基本相同。当屏幕上的武器条闪烁时，即可施展武将计，这时有一小段的无敌时间。
