前还有不少的玩家在使用ePSXe时会遭遇到问题，以下是常见的问题以及解答，需要的玩家看看。
记忆卡不能用
大部分这类的问题都可以透过F4键(启动SIO irq)轻易获得解决。另外有一个问题是由於不正常的关闭程式所造成的资料流失，最好的关闭流程是先按下ESC键回到主视窗再到File下选择exit或者是按下右上方的x关闭视窗。此外Calb也在它的网页上提到了他的建议，NTSC的游戏可能会造成记忆卡被删除的结果，因此最好一开始就先作备份再使用这些记忆卡档案，如果遇到了问题可以试试将NTSC改变成PAL。
没有画面
除了可能是显示外挂的选择出问题外，控制器的Digital/analog选项也是造成的原因之一，最好先确定analog并没有开启，否则某些游戏启动後可能会看不到画面，如果真的有需要用到analog，可以在进入游戏後再以F5键启动。
游戏有时候会当住
可能是超频(BUS SPEED)的问题，也有可能跟bleem一样是背景程式的问题，执行前尽量关闭正在背景执行的程式。
控制器不能用
这个问题大部分可以藉由按F5键或F4获得解决，如果是不能设定按键的问题，只要先到控制器设定的画面後再离开，接着再进去一次就可以解决了，这个问题在以前的1.0.0版本里就存在了，1.0.1版本里也可能会发生。
使用Nvidia显示卡的使用者
根据显示外挂的作者Pete表示，在一般情况下，使用GeForce显示卡并选择OpenGL模式会比D3D快。玩家请确定一下是否开启了OpenGL的VSync(可以到nVidia的进阶选项中选择'Vsync off by default'或者是'Always off')，另外再启动'Block transfer'，以上的设定应该可以让OpenGL的速度小幅度的提升。