1，开始游戏时，要先打倒有马喜兵卫，这场战斗难度并不大，绕身后或者侧面就可以应付了，敌人实在是太弱……打倒喜兵卫之后的同时也为一个MM报了仇，这个MM在东北的町可以找到。
建议先在町里接一些零活干，以积累修炼和买装备所必须的资金。也可以先到京町的座接讨债的任务，然后去酒场赌博赚钱，一般赚到数千贯钱够用了。
在京町的商家茶屋可以买到价值7的防具色色威腹卷和价值6的武器定利，装备上。到京町诊疗所将医术修行到3级以上并且学会止血技能，再买一些价值2的药品备用。
再到伊贺里修行忍术，直到获得分身的技能，体力不够就用药品补充。这样就为以后的经历做好了充分的准备。
2，来到京町，会得知著名剑客吉冈一门的情报并且遇到自创严流的佐佐木小次郎。进入京町道场，打倒师范代之后再进入道场，向吉冈清十郎挑战，在比武中清十郎重伤身亡。
3，走出京町，进入其他町的时候会遇到佐佐木小次郎，他将吉冈传七郎的挑战书交给武藏，回吉冈道场，打败吉冈传七郎。出町的时候会遇到悲愤的吉冈一门前来挑战。武藏提前到达了决斗地点，躲藏在树后趁机杀了吉冈又七郎，然后会和吉冈一门的师范代和门徒作战，在连续的战斗中领悟二刀流（第三战）和虎振（第四战）。再回到京町时，会遇到京町的僧人泽庵宗彭说武藏一身血腥之气。
4，在消灭了吉冈一门之后，可以在六月进入京町的御所参加天览试合，这时只有一些普通的武将会出场，能够轻松胜出，获得圣骑士の铠。
5，当连胜到达15次后，会在町中遇到前来挑战的锁链高手穴户梅轩。
6，当连胜到达20次后，会在町中再次遇到小次郎，目睹他以“燕返”的绝技击败对手。
7，当连胜到达30次后，在出町的时候会碰到小次郎来约战，赶到赤间关町，出町就可以坐船去严流岛，和佐佐木小次郎展开宿命的对决。胜出后会获得燕返。
8，回到居住地，武藏就会写出五轮书，这时可以选择继续游戏或者观看武藏结局。武藏开始游戏时就认识一个东北地方的MM，和4代的剧情一样，如果和某个MM好感度较高的话，在去严流岛之前可以完成求婚（免费的，真是节约呀）。
佐佐木小次郎
1，开始游戏时，钟卷自斋将钟卷流的印记和长刀“物干竿”交给小次郎，让他周游天下磨练武艺。
2，来到京以外的町，向路边的浪人询问天下知名的剑豪，对方回答说有京的吉冈一门，柳生新阴流的柳生一门，一刀流的伊藤一刀斋、弟子小野忠明，另外还有一人……就是站在你面前的宫本武藏。
和武藏路线一样，一开始必须先磨练自己的武艺，可以到细川家居城找细川幽斋手合，将其为弟子，学习香取神道流的剑术。
3，小次郎前往京町，首先遇到了吉冈一门的门徒，试合取胜之后到吉冈道场打败吉冈传七郎，这时传来武藏打倒吉冈清十郎的消息。吉冈传七郎会拜托小次郎将挑战书交给武藏。
4，走出京町，进入其他町的时候会遇到武藏，将吉冈传七郎的挑战书交给武藏，回吉冈道场，目睹宫本武藏打败吉冈传七郎。小次郎决定到德川家的江户城去会一下知名的剑豪。
5，来到江户城，击败德川家的兵法师范小野忠明，并约定将来再行比试。
6，当连胜到达11次后，会在町中遇到一名武士要强买物干竿，小次郎以“燕返”的绝技击败了他，并且自创流派“严流”。
7，当连胜到达18次后，会在町中遇到细川忠兴，邀请小次郎出仕，但条件是战胜曾经灭吉冈一门的宫本武藏。，赶到赤间关町，出町就可以坐船去严流岛，和宫本武藏展开宿命的对决。胜出后会获得二刀流。
8，细川忠兴邀请小次郎出仕，如果答应就会改名佐佐木严流，成为细川家的家老，如果拒绝，在回自宅之后会收到武藏的五轮书，这时可以选择继续游戏或者观看小次郎结局