本流程攻略以nomal难度为主。
潜入
游戏开始Snake会由水路潜入基地，之后就要避过敌人的耳目走到码头的尽头，那里会有一部电梯，你要先等待电梯下来后，再在第一时间不被人发觉的条件下走进去，跟著便会升到上层去。这个区域可以得到两个Ration（补血用），一把M9麻醉枪（需要打开电梯左边的柜子取得）和子弹， 以及水中的ADP（用来探测敌人心跳的仪器，当敌人靠近你时，电磁手柄就会由弱渐强的震动，这个比较有意思）
直升机场
上到上层后（联系完ROY CAMPBELL就可以存档了），在这里的左边会有一名守卫在打瞌睡，你可以选择在他脚边的通风口爬进去，又或者是到二楼中央的通风口爬进去（这里建议从二楼进入）。这个区域可以先到地图左方的房间拿取子弹和 Stun Grenade。另外，地图中央的停机坪亦有Chaff Grenade可供拿取，不过要小心不要被大光灯照到，另外再向前行亦见到一辆货车，上面也可以拿到手枪的子弹。
坦克库
进入了坦克库二楼之后，顺着楼梯下到一楼电梯旁，打开电梯门（操作方式为Y键）进入后选择B1即可。这个区域可以在二楼其中只有一间拿到Thermal Goggle （从一楼进入的玩家也一样，拿到了Thermal Goggle就可以返回一楼），一楼角落处还有M9子弹和Ration可以得到。
囚室
来到B1后，就要走向地图右下角的地方，那儿会有一条梯子上通风口，到了通风口的尽头，（ROY CAMPBELL会联系你，教你怎样下去，看来snake也是什么都不会啊..b）同样按Y键即可下去，之后Snake便会爬到因室中，和Darpa展开一段又长又「精彩」的对话。之后Darpa会交一张Level 1的 Security Card给你，然后又是一段故事，Darpa（其实此人为FOX一员，易容大师）无端死了、而后就会与MERYL SILVERBURGH初次见面。完后，会有大批敌人出现，在nomal难度下此处没什么困难。这个区域可以在通风口里得到子弹（而如果是EX难度，在这里才会得到M9...汗），在楼梯下面也有个通风口，有子弹拿，收拾完敌人后可以在厕所里得到色情书（不要B4我）和子弹。
武器库
将所有敌人KO后，就可以回到电梯（之前可以进入那间 Level 1 Security的房间，内里有小量子弹可以补给），到B2 （武器库）去。那儿共有六间房间，但是暂时只有三间可以进入，而在其中一间可以找到共六个的C4炸弹，带著它们到地图的左下角，那儿会有一面墙壁是和其他的墙有所分别的。先用A键安放好炸弹，之后走到安全的地方按B键引爆，进入后就会发现那儿是受到电波干扰的，而接近通道尽头左方是有另一面可以爆破的墙壁，炸毁它并进入，同样地在近尽头左方会有另一面墙壁可以爆破（记得这个地方以后还要来），炸掉它后，换上Ration和Socom手枪准备另一场战斗。今次的敌人是一名叫作Ocelot的人，因为喜好的关系而使用六发子弹的左轮和你战斗，你要一方面避开他的子弹，待他六发都发射完便可以向他攻击，但是要注意不要碰到中央的绳子，因为这会引爆炸弹而Gameover的，而且Ocelot的子弹在某些金属的位置是会反弹的，要小心。（关于各BOSS打法请参见后面的研究）坦克战
打败了Ocelot之后，就可以取得Level 2的通行证，大家可以走回武器库的将Level 2的储物室打开，要小心内里的红外线装置，这时只要用上之前取得的Thermal Goggle就可以看到红外线的位置（这个东西在坦克库二楼房间取得），爬过去就可以取得机关枪。跟着就要避开守卫（第一次来没有，后面就有了）到电梯那儿，回到一楼，并而和Meryl通讯，她的通讯频道的140.15（这个号码应该都知道吧，在mgs-tts游戏包装和说明书里都有，但都没有说这个波段是谁的，大家可以留意一下）。和Meryl作出了第一次的通讯之后，走上二楼一个要用Level 2 Card才可进入的房间，拿取Mine Detector，之后Meryl就会通知你坦克库内的那道Level 5大门已经打开了，走进去并用Thermal Goggle （进去之前注意在大门右边的房间里可以得到枪的消音器），看准红外线的位置并走过去就可以出到雪地外。一出雪地，先不要轻举妄动，开启Mine Detector，你就可以在地图内发现地雷的位置，扒在地上爬过去就可以将它们捡起来，跟著再往前走，就会发现有一辆坦克会对你作出攻击，这时要先放一颗Chaff Grenade并快速接近它，要小心不要被机枪射到，到达一定的距离后就要向它的驾驶员投手榴弹，炸掉坦克后就会进入核武器库。
核武器库
进入核武器库之后，往前走会见到一面巨大的墙，通过的方法就是从下方爬过去，但是要小心不要被守卫发现。一起身就要以左方的杂物为掩护，并找机会走上楼梯，之后便要跟在上层巡逻的守卫身后再登上电梯，途中一定不可以给人发现，而且更不可以使用任何武器（Chaff Grenade 和M9除外）。完成后，先上B1，一出电梯你就会发现一道门在你前方，入内后你会发现有六道门，现时的你只有右边的第一道是可以进入的，去拿最一会儿要的的Nikita Launcher 就可以再下去B2，出去后进入前方的门，通过第二道门之后就会进入一个毒气区域，在那儿的地版是通了电的，而这时你就会收到讯息，要通过电流区域就要先破坏电源的控制器，怎破坏呢？就是使用刚拿到的Nikita飞弹，Nikita是有摇控功能的，大家只要使飞弹飞向通道右方尽头的一个小房间，炸掉电箱就可以通过了（注意尽量控制飞弹靠墙走，不然自动机枪会打爆飞弹）。而在这条走廊的中途是有两间房间可以进入的，第三间房内的Gas Mask是可以减慢大家中毒的时间，不过虽然如此，也要多注意氧气的余量，不够气的时候便走回去换气。拿到Mask之后，走到通道的尽头转右，经过而个房间，（中途会因为听到参叫声而停下一会），便到了一条布满死尸的通道，这时大家会看到一段剧情（把北村龙平导演的血腥体现到了及至），而当大家进入那道Lv5的大间后，战斗就开始了。
Snake VS Fox
进入并谈过话后，就要和Cyborg Ninja战斗了，不过和他战斗是不需要准备任何武器的，因为他可是一个刀枪不入的改造人。一开始大家打倒他两次之后，他就会放弃用刀，不过攻击的模式和之前的其实分别不大，但是当他的体力下降到一半左右的时候，他就会用隐身的状态和大家战斗，不过只要用Thermal Goggle便可以发现他的行踪，到了体力只剩下五份一左右的时候，他就会改为在你的身边闪来闪去来攻击你，其实多跑动他根本就打不到你，等他挥拳结束，你的攻击多半都能将他击中（这个地方有PS版有很大不同，当他HP很低时是不会全身带电向你扑来，安全）。
MERYL SILVERBURGH二次见面
击倒Fox之后，就要和Meryl会合，她现在正身在B1并且扮成敌人的士兵，在电梯前大房间内左手边的就是她了，其实细心看就会发现她的步姿是和其他的士兵有所不同的，你可以选择在女厕所的柱子边等她（BT啊....b）。当她进女厕所后，你跟进去即可。会合Meryl之后，就要进入电梯和男厕所之间的走廊，那儿是通向所长室的。进入所长室之前，Meryl却无端因为头痛而出现了一些异常的举动，之后就可以进入所长室，而在室内留连了一会之后，Meryl却突然以自己的手枪指向你，还问你爱不爱她，究竟发生了什么事？PSYCHO MANTIS恶搞开始
其实这时候Meryl是给Mantis操制了心智，Mantis就是那个出现在Meryl后面的黑影。而就在这时，Meryl也会开始攻击你，要制止她就一定要将她弄晕，方法有三。一是以拳脚功夫击晕她，二是以闪光弹「Stun Grenader」将她弄晕，三是用你手中的M9向她头射击。之后就要开始和Mantis交手了，相信大家都知道要把手柄从1P换到2P上，但NGC版的PSYCHO MANTIS要强很多，一定时间过后他就会检测到你的手柄，所以当他检测到后要换到3P上去，以至4P（这里也说明了NGC手柄热拔插是没有什么问题的，不要担心）。到Mantis的HP被扣得差不多的时候，他又会再控制Meryl向你攻击，之后更会要Meryl自杀，和之前一样，再次击晕Meryl就可以了。这时候Mantis就会改变他的攻击方式，以隐身来攻击你，有了之前的经验，这一次当然又是以Thermal Goggle来监视并攻击他啦！真正击倒Mantis后，他就会告知你通往大楼的通道，Snake和Meryl 便再次出发。
狙击之狼SNIPER WOLF
经过书柜来到了一条通道之中，内里会有小量物资可补给，再往前走就会来到一个山洞，而在山洞之内是有着三只狼的，最好用M9让它们睡会再走过去，不然^^b，而在山洞之内有数个地方是要爬过去的，大家要多用主视点看清楚。如果被狼咬了Meryl就会嘲笑你。来到雷区，你除了可以跟着他走之外，还可以用Thermal Goggle去看清地雷的位置或者爬着过去（这招最好不要在女生面前用）。这时候Meryl会突然受到 Sniper Wolf的攻击而不支到地，要救她就要返回之前的武器库那儿（这段情节之前是不能拿到AWP的），在一Level 5的门内会找到一把PGS-1的Sniper Rifle，不过拿之前要先切换为Thermal Goggle看清楚那些红外线。拿到Rifle之后就当然是回去和Sniper Wolf一决高下，并且救回 Meryl。可是回到那儿除了看到地下的一滩血之外，那里看到Meryl的踪影呢？而这时大家也要和Sinper Wolf开战了，使用Rifle便会看见敌人是在远处的上层向你攻击的，这时就要以牙还牙了。不过Snake的手震那里利害，怎可能瞄准呢？快快吃下之前拾到的Diazepam镇定一下吧（这里要活用NGC手柄的操作技法，快速切换，也很简单）。
阶下囚
打到Sniper Wolf之后就可以向前进，并且在尽头转右，就在这时，应该已被打败了的Sniper Wolf却突然带了一班部下出现，Snake只好在众人包围之下束手就擒……当Snake再次醒来之后，又发觉自己竟然被「五花大绑」在一个拷问器上，这时之前被忍者斩下了左手的Ocelot就会以高压电流去向Snake严刑迫供，这时画面上会有两条Counter，绿色的一条就当然是表示Snake的HP啦，而另一条就是表示电击的时间，在被电击的时候，你需要不断地连打A键去回复 Snake的HP。当然，你也可以选择投降（按A和start键），但是你的选择却会影响到你爆机时的结局和之后得到的隐藏物品，如果你选投降的话，到了结局的时候，Meryl便会被杀掉，与Otacon一起脱出得到隐形衣；反之，就可以救出Meryl，得到无限子弹。
胜利大逃亡
在两次的电流招供之后，Ocelot就会放弃，之后便会将你囚禁在一个牢房之内。过了一会儿，那名守卫就会因为闹肚子痛而离开了，这时Otakon就会来，交给你Level 6 的通行证和其他两件道具，他离开后你就可以开始展开你的逃亡行动，要离开囚室有两个方法，第一个是伏在地上使用Ketchup扮流血装死、第二个方法是在守卫回来前躲在床下底，之后守卫就会进来看个究竟，这时将他击倒就可以走出囚室。离开后，到达另一个房间，就会发现一个木箱，内里除了可以拿回Snake的所有装备之外，还可以得到附加的「赠品」，Timer Bomb（时间3：00）一个，一定要立即扔掉。之后大家就会发现自己其实是在一开始囚禁离奇死亡的Darpa局长那儿。通信大厦
回到之前被擒的地方之后，便进面前的大厦（这里不同与PS版，NGC版在这里换disc2），刚进门Snake就不小心被红外线发现了他的行踪，这时就会有大量敌人涌现，所以现时唯一可以做的事就是不断地往楼上逃跑（这个地方不断的扔Stun Grenader就可以了，还有记得要拿取地面上的Rope）…终于来到了顶楼，一出到天台，却突然受到飞弹的攻击，原来是另一个Snake(Liquid Snake)驾着直升机向你作出攻击，这时就要装备刚才提及的Rope（也可以不装备），再走到天台的边缘，按Y键Snake就会跳下去，大家要自己控制Snake走下去的路线，小心不要被Liquid打中的同时，安全到达地面。到了地上之后，就要走过天桥到另一层大厦，但是之前就最好先解决掉对面的三名守卫，而且最好就是使用一些长距离的道具，例如是PSG-1和NIKITA导弹。
蛇VS黄蜂
解决了三人之后就当然是向前跑啦，但是到了转角的位置便要小心了，因为Liquid其实是一直在那儿驾着直升机的准备攻击你，所以要尽快走回大厦之内。进入大厦之后，由于四下无人，首先当然是搜索（一定要拿到 Stinger Luncher呀）！而在这一层内又有三条路可以走的，分别是走下去，走上楼和电梯，但是电梯又坏了，住上走的路又阻挡住了（连箱子都移不开，snake..汗），所以便唯有住下走啦，但是又发现住下的楼梯又断了，怎么辨呢？又走回头吧！当回到升降机那儿，就会见到Otakon博士，他说会帮你修好电梯（果然是博士，什么都会修理），这时你会发现那些箱子已经给移开了，继续往上走，但是就要小心那些（数量为1，2，3，4，5）的Gun Camera。上到天台后，Liquid已经在这儿等着你了，而你手上有着Stinger Luncher，又怎会放过这个报仇的好机会呢？大家只要小心避开它的攻击后，就可以用Stinger Luncher作出反攻，只要大家能把握到准星重叠的时候立即开火，不一会就可以将它击落的了（又是一个鸡肋boss）。
蛇VS狼
打倒了直升机之后，就可以回到楼下（为什么非要打直升机？liquid又死不了），之后就会发现升降机已经修好了，大家可以乘升降机住下层去，但是在这架升降机上，其实是有四个敌人在这儿的，只不过是隐身了吧。大家在接收到博士的通知之后，就要立即换上Thermal Goggle以察看敌人的行踪作出反击，打倒他们之后便可以离开。一到雪地，Snake就会受到狙击，敌人当然就是Sniper Wolf啦。这一场战斗可以说是十分难打也可以说是相当简单（看大家选择什么样的武器了，呵呵，我可以满血K.O.她），Sniper Wolf会在对面的数颗树旁向你作出狙击，你就只可以在自己的那一颗树作出反击，大家可以用 Sniper Wolf的红外线之猜测她的位置，不过小心不要被打中，而如果玩家的没有充足的Diazepam的话，可以试试以两枪两枪的方式作出攻击，在第二枪的时候作出因手震而遍离目标的修正。打到了Sinper Wolf之后，就可以进入左前方的建筑物内（小心Gun Camera）。
熔炉房
Snake就会站在一条住下的楼梯前，向下走就会到达一个熔炉，在左手边走到尽头会发现一条会移动的吊臂，小心躲过（也可以用摇控飞弹NIKITA炸掉它），就可以在旁边的边缘背靠着墙过去，过去后就可以住最下层去，到了第三层，就可到另一道大门去。在那儿会有一部大形升降机，走到控制台那儿，按Y键就可以令它下降了，但就在升降机开始移动的时候，却不知在那儿出现了四名守卫（出场非常cool，特别是弹壳像下雨般落下），虽然他们全都会拿着机枪开你扫射，不过如果以其人之道还自其人之身的话，要击倒他们不会是太过困难的事。而在打到他们后就会来到另一部升降机附近，再继续往下层去就可以了（这次是乌鸦，但它们不会攻击你的，如果怕的话，用Stun Grenader就可以全部搞定，满屏幕的黑色羽毛到处飞,真美的说^^b)。VULCAN RAVEN
到达了之后，就可以来到冷冻库，在那儿会有一个黑大哥在等着你，而且他的手上还拿着一支直升机用的'火神'机关枪！要应付他，最好的方法就要用Stinger Luncher了(你完全可以和他对射，呵呵)，把Vulcan Raven打倒后，就可再住前进了，不过要小心房间里的士兵和监视器，所以大家可以准备好Chaff Grenade（最好用闪光弹冲），通过之后就会抵达「Metal Gear」所在之处了。
圈套
去到Metal Gear的仓库后，走到Metal Gear的右手边就可以找到梯子爬上去，去后一直爬到它的头部那儿（记着这一段路，因为之后还要再走数次），沿着这条路走就可以到达控制Metal Gear的实验室，不过要注意途中遇到的两名士兵，到了一道房门前，那儿就是Metal Gear的实验室，在门口Snake就会偷听到Ocelot和 Liquid Snake的对话，之后就会被发现，你手中的PAL KEY就会被Ocelot击落到下面的水槽中，跟着就要回到地下的水槽内拾回之前剧情所掉下的PAL KEY（当然这是PS版的情况，而在NGC版中，PAL KEY实际上不在水槽中，而是被老鼠吞食了，老鼠大人就在左边水槽旁边的鼠洞附近，可以选择用AWP远距离狙击^^b）。找到之后，就要回到顶楼的控制室那儿（不过进去之前，最好在门口打坏两台摄影机后再进去吧！），进去后就装备上PAL KEY走到第一部电脑（橙色屏幕那台）那儿解开Metal Gear的指令，跟着就是第二部电脑，不过这就先要带着PAL KEY回到之前经过的冷冻库那儿去改变PAL KEY的模式（这个PAL KEY是由特殊金属制成，可以根据温度改变颜色），冷冻后的PAL KEY是会变成蓝色的，跟着就要第一时间跑回控制室那儿，解开第二部电脑的指令。完成后就要走回再之前的熔炉房那儿，将PAL KEY加热，并且回来将第三部电脑的指令解开（这个地方需要注意的问题是通过冷冻库那儿时要迅速），正当snake以为已经解除了Metal Gear的开动指令的时候，却发现原来Metal Gear已经在自己的一番努力下发动了……
snake VS 恐龟
经过Liquid Snake和你的一番长篇大论之后，就会和这只怪物展开决战了！Metal Gear总共有四种攻击方式，如果你太接近它的话，它就会用脚来踏你，所以还是不要走太近，第二是用激光攻击，当你走到接近它但是又未至于能给它踏中的距离他就会作出这样的攻击，要避开就要远离它。第三种是机枪，中距离的攻击，要闪避只要左右移动就行了，建议在这个距离作出反击，而最后的就是导弹，这是最难避开的，要避开就要往Metal Gear 那儿跑，但一定要在发射的时候便开始跑。最后要讲的就是攻击的方法，其实可以直接停下来以Stinger Luncher作出攻击（硬拼），动作和瞄准一定要快，打败了它之后，它又会次起动，这一次机械忍者Fox会先出来帮你，但是最后还是给杀了（其实整个游戏最血腥的就是这个地方的剧情了），这时就会开始和Metal Gear再打第二回合，这一次要攻击的便不再是左手的雷达部份，而是中央的驾驶仓，不过打法和之前没有什么大分别，这次打败它之后，Metal Gear 就真正的倒下了！光 VS 暗
击倒了Metal Gear之后，Snake却给Liquid Snake捉住了（这段剧情有点难，个人觉得），而且更说出了自己和Snake 的身世之谜（液体蛇和固体蛇的关系？？），之后就要求和Snake单对单打一场，更将失踪已久而且生死未卜的Meryl带了出来做人质（其实生或死已经由玩家在之前决定了），而Snake亦因而接受了决斗，不过决斗的地点可是在Metal Gear的头上，而且由于是单对单的搏斗，所以是不可以使用任何武器和道具的。不过各位玩家玩得到这个地步，要击败他相信也难不到各位的。在这之后，Snake就会和Meryl一起逃离基地（如果Meryl死了的就则是和Otakon一起逃走），当去到一个停车场的时候，Meryl就会登上其中一架吉普车上，你只要走上车就可以不理会那些士兵的了。而逃走的途中会遇到两班哨站士兵，你只要用机枪将油筒都射爆就可以继续前进的了，当大家过了两个关卡，以为万事大吉的时候，Liquid Snake却又出现了，而且更驾着吉普车和机关枪追上来，不过只要大家用车上的火神向他扫射，就可以减小他向你攻击的机会了。当逃离山洞的时候，就是游戏剧终的时候。
各BOSS打法：
1：REVOLVER OCELOT
这个可以说是最简单的boss之一了，如果掌握了方法，可以10秒钟K.O.他。战斗一开始，就让snake靠这最近的石柱，然后按L或R键闪出身，用主视点瞄准他射击，这个时候他不会跑而是和你对射。如果你选用M9的话，三枪就可以让他气绝了（当然得打头）。差不多十秒吧。呵呵
2：NINJA（Gray FOX）
打这个boss也没什么困难，关键是要习惯，挥拳的时候不要一味连点，而是每次只点两次，打他两下就跑，围着他转着打，熟练后可以不损血（对付隐形的敌人要习惯用Thermal Goggle ）。不过，他能躲的地方就只有四处，加上NGC音效的强大，完全可以听音辩位，所以，不用也可以。
3：PSYCHO MANTIS
这个boss相对于前面二位要难点了，当他攻击你的时候你可以爬在地上躲过去，打他的方法就只有换手柄位置了，而选用M9打他头部减血的速度会更快点，至于其他我还没有研究出更好的方法。
4：SNIPER WOLF
如文中所描述，要活用NGC手柄L和R键的按压力度来快速切换视角的调整（当被wolf击中后的调整），即可很快击败她。
5：LIQUID SNAKE
其实本次打的是直升机，站在画面右下方的高台上，你的攻击范围更广，当他说“eat this”的时候在跑开就行了，反复几次即可。这里要注意的是，当他第二次说“eat this”的时候不要向中间的储蓄罐跑去，最好跑至左下角躲避。
6：SNIPER WOLF
决战。如果你要选用狙击枪的话，方法就如流程中所介绍，而想不损血的话，就选用Nikita Launcher ，躲在一出来的那棵树后面，你就可以嘿嘿慢慢折磨她了（小心Otacon扁你）。7：VULCAN RAVEN
这个boss打法很多，如果想翻版的时候评价为bigboss的话，就不能硬拼了，多用C4炸他，配合闪光弹。
8：Metal Gear
第一次的打法可以直接攻击它雷达部分就行了。第二次还是一样。其实这个地方唯一最好的打法就是硬拼它，越跑越容易挂的。要拿到bigboss的评价就是要看你的反应是否快了，在它把你血K.O.之前干掉它，一般这个时候你都是死血，但过后会加满的。所以不影响Ration的使用数量。
9：LIQUID SNAKE
很简单的最终boss，呵呵。还是要用拳头（点击）打他，最好不要用脚踢，破绽相当大，你跟着他跑，操作好的话，完全可以不损血的。
