A键 交谈、开启宝箱
B键 施放魔法
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游戏开始后，进入破斧酒吧(Leaky Cauldron)，首先遇到魔法部长Cornelius Fudge，哈利向他询问天狼星Black的事情，但他似乎对此并不感兴趣，只是要带哈利去他的房间。谈话结束后可以自由活动，可趁机熟悉一下操作，在右方的宝箱中还可以得到1张卡片。进入右下角的楼道内，在尽头再一次遇到Fudge部长，他又送给哈利3张卡片。进入自己的房间后，发现床上摆着Hagrid送来的生日礼物，哈利打开后发现是一本怪兽之书，并且这本书变成怪兽向哈利发动袭击。这是第一场战斗，还是以熟悉操作为主。战斗胜利后，获得一件衣服，在主菜单的第一个选项中可以装备。之后返回主大厅，遇到Weasley夫妇及他们的儿子Ron，在交谈中，哈利得知Ron的老鼠宠物Scabbers气色不太好，需要鼠克补(Rat Tonic)来补充营养，于是自告奋勇去向旅馆主人Tom要鼠克补。但Tom说它在地窖之中，哈利只得通过左方的楼梯进入地窖探险。
刚进入地窖就发现有一道壕沟挡住去路，按照系统提示，靠近壕沟使用Lumos魔法，即可看到隐藏的通道。继续前进，会发现两个木桶挡路，施放Flipendo魔法可以将它们打碎。在路上有很多鬼火样的敌人，如果已经在之前的战斗中探查过敌人，则他们会显现出本来面目。通过是否为鬼火样，就可以判断该敌人是否被探查过，对于图鉴的收集很是方便。来到楼梯处，发现无路可走，这时只要对着下方那块突起的石柱使用Flipendo魔法，就可以将路连接起来。继续前进，又来到一片漆黑的通道，按照系统提示用Lumos魔法照亮吧。在尽头处，终于发现了装鼠克补的瓶子，可是已经被一只老鼠吃了很多，并且那只老鼠还因此而巨大化。战胜它后，推动前方的石柱，哈利就可以带着剩余的鼠克补返回大厅。在大厅前恰好听到Weasley夫妇在谈论Black的事情，似乎他要杀掉哈利，Weasley告诫哈利不要去寻找Black，但哈利似乎另有打算。将鼠克补交给Ron后，Hermione来访，并带来一只宠物猫Crookshanks。结果可想而知了，Ron的宠物鼠Scabbers拔腿就跑，Crookshanks也紧追不放，双双跑入地窖(- -)。Ron和Hermione都急于寻找自己的宠物，哈利面临着选择谁加入队伍的问题。两个人由于拥有不同的魔法技能，因此进入的区域并不相同。如果是选择Hermione的话，可以用Reparo魔法修复毁坏的楼梯；如果是选择Ron的话，则可以用Alohomora魔法开锁。总之不管用谁，最后当然都是殊路同归，Hermione和Ron也正式加入队伍。之后一行人离开破斧酒吧，搭乘上霍格华兹快车(Hogwarts Express)。众人为了找座位而到处闲逛，但发现只有最左面的一个包厢里有空位子，里面有一名正在打磕睡的男子，从Hermione的口中得知，原来他是教导黑魔法防御术的新教授R.J.Lupin。这时列车突然停了下来，哈利刚想找人问个究竟，Neville来到包厢门口，拜托哈利他们找到他的宠物蟾蜍Trevor，并说有人看见它在行李车(baggage car)中出现过。众人来到行李车，果然发现了蟾蜍，正要把它抓住还给Neville时，窗外突然有一个神秘的黑影闪过，同时窗户破裂，哈利也莫名其妙的倒在地上。当黑衣人破门而入时，Lupin教授及时赶到，黑衣人也随即离去。从Lupin教授口中得知，原来那个黑衣人是阿兹卡班的狱卒(Dementor)，并且不知什么原因导致哈利崩溃。他希望Ron能够找到一些巧克力(Chocolate)来医治哈利，并希望Hermione能找到列车长使火车再次启动(直到现在，我才从称呼中发现，原来她是女的- -)。这时又一次进入人物选择页。无论选择谁，都要走一个来回，哈利获救后，列车也到达目的地活米村(Hogsmeade)。
刚进入Great Hall就遇到Malfoy等人的挑衅，但哈利并没有理睬他们，只是要找葛来芬多休息室(Gryffindor common room)。真是不找不知道，一找吓一跳，这里可真是巨大啊，整个一个大迷宫，第一次来准保转得晕头转向。比较值得一提的是以下几个地点：大厅右侧的肖像屋(Portrait Room)，里面的壁画有捷径，如果记住哪幅画代表哪个楼层的话，可以直接到达目的地；第4层楼上方的医院，在那里可以回复HP和SP；第5层楼左侧的巫师卡片收集俱乐部，在那里可以用卡片来交换好的装备。第7层楼右侧的商店，在那里可以购买各种道具和装备。在一位同学那里打听到葛来芬多休息室在第七层楼，于是从右上角的Grand Staircase处开始爬楼梯，一直爬到7楼(当然，也可以从肖像屋右下角那幅红色壁画的隐藏通道中到达)。进入7楼后，来到左下角，会自动通过白色的壁画而进入葛来芬多休息室。经过一番冗长的说教，又到了上变形学(Transfiguration)的时间。变形学教室在1楼的左上角，教授的课程是化兽法(Animagi)，也就是魔法师可以通过魔法将自己变成动物，教授将自己变成了一只猫，并要求哈利和Hermione找到藏身在迷宫中的自己。迷宫中的木门要靠柱子压住机关才能开启，而如果移动柱子错误，还可以用Flipendo魔法击打墙上红色的按键来使柱子复原。在迷宫尽头遇到Crabbe和Goyle的阻挠，击败他们后，在机关阵中找到了教授，顺利通过考验后，3个人都习得了新魔法Petrificus Totalus。
又到了Hagrid教授的奇兽饲育学(Care of Magical Creatures)上课时间了(还挺忙的- -)。这一次的教课场所在室外，出城过桥后，就会来到Hagrid教课的地方。Hagrid正准备上课，Malfoy突然说他们没有书，而Hagrid的备用书也丢失了，哈利怀疑是Malfoy他们动的手脚，不过现在这些已经不重要了，重要的是要尽快寻找回5本丢失的怪兽之书。Hagrid拜托哈利他们去寻找，并赠送给他们3人每人一种新魔法。哈利得到的是Diffindo，可以切割挡路的蜘蛛网；Ron得到的是Spongify，可以使地上的浮叶橡胶化，踩上去后能够弹到其它道路上；而Hermione得到的是Glacius，可以将水流冻成可通行的冰路。3人进入花园迷宫，活用各种魔法，很快就齐集了5本书(注，拿第5本书之前的道路，需要先移动石柱把路连接上)。击败挡在出口处的毒触手(Venomous Tentacula)后，顺利的走出迷宫，将书交给Hagrid，终于可以开课了。向上走到开课地点，这一次的课程是学习如何同一只名叫Buckbeak的鹰马(hippogriff)交朋友。结果由于Malfoy不友好的行为，导致鹰马发怒，把Hagrid和其他学生都吓跑了(汗- -)。只有哈利试图使鹰马平静下来，于是骑乘了上去。这是第一个小游戏，游戏内容是在限定的时间内，抓住尽可能多的金色蝙蝠，用方向键操纵鹰马的移动，按住A键不放可以提升飞行高度。游戏一开始的时间是11秒，每抓住一只金蝙蝠，增加时间6秒。虽然操作起来不是很顺手，但即使一只都抓不到，也不影响后面，不用担心。又到了魔药学(Potions)的上课时间，众人返回大厅，通过左侧的地下室(Dungeons)，进入魔药学教室。今天的课程是学习制作缩小液，需要收集一些配料，于是Hermione和她另外一位朋友又很荣幸的被选中做志愿者……需要收集的素材一共有5个，分别是daisy root、Shrivelfig、rat spleen、dead caterpillar和leech juice。选哪一个组队分别不是很大，只是如果选哈利(Harry)的，路上会遇到火堆挡路，需要用Glacius魔法将其浇灭。击败挡路的河流食人妖(River Troll)并齐集5样素材后，原路返回将素材交给教授，成功的作出了缩小液，并获得了新魔法Wingardium Leviosa。
下面的课程是黑魔法防御术，虽然该课程的专用教室在3楼，不过从Hermione的口中得知教授让大家去职员室集合。于是众人来到大厅右侧的职员室(Staff Room)，里面的教师当然就是大家熟悉的Lupin教授了，授课内容是如何对付幻形怪(Boggart，一种可以任意变成心中害怕目标的奇兽)。这是第二个小游戏，游戏内容为阻止幻形兽靠近试验者，当幻形兽向某一试验者靠近时，按与该试验者相反的方向键。比如幻形兽向上方的试验者靠近时，就按方向键的“下”，让幻形兽接近试验者或所按方向错误，都算失败，最多有3次机会。游戏结束后，哈利向教授质问为什么不让他参加试验，经过教授一番解释，并且答应下次教哈利如何抵御狱卒后，哈利终于高兴的和同伴们离开职员室。
按照Lupin教授的建议，众人返回了7楼的休息室，正赶上两只宠物又在上演猫鼠大战。结果哈利不得不又一次帮助Ron找回逃走的宠物鼠Scabbers。出了休息室后，一直向右下方走，就会看到Scabbers，找到它后二人返回去时，发现很多同学都聚集在休息室门口。经过询问才知道，原来画面上的肥女人(Fat Lady)不见了，通往休息室的门也因此被关闭，取而代之的是一名老骑士Sir Cadogan。众人想向他询问那个肥女人的去向，虽然他说他知道，但却一溜烟的跑掉了。于是众人经过商议，由哈利留在原地等候肥女人回来，而Hermione和Ron则负责寻找Cadogan爵士。通过询问其他的壁画们，在2楼发现了Cadogan爵士，在他的指引下终于找到了肥女人。原来她是被天狼星Black打跑的，看来这里也不安全了，2人急忙赶回休息室向哈利示警。虽然众人很担心Black是否仍在学院内，但课还是要去上的。这一次依旧是黑魔法防御术的教程，哈利很担心Lupin教授的身体，Ron更猜测这种教学对教师本身会造成伤害。来到3楼的黑魔法防御术教室，结果发现上课的竟然是Snape，他解释说Lupin教授由于身体不适而改由他代课，并且要教授大家关于人狼的课程，尽管这些内容Hermione早就学过了。众人来到2楼右侧的图书馆(Library)，向Pince女士询问有关人狼的书籍，结果被告知唯一一本关于人狼的书籍也因为怪兽之书的破坏而变成碎片。Hermione于是提议将碎片收集起来，再用她的修复魔法Reparo将书复原。图书馆有上下两层之分，而且那些带符号的书籍是可以用Flipendo魔法移动的。击败怪兽之书，并齐集全部5张碎片后，返回Pince女士那里，成功的将书复原。Hermione让哈利和Ron先回课堂搪塞一下Snape，她自己一会儿就把调查报告写好。二人回到3楼的教室，正不知如何对Snape解释，没想到Hermione已经赶来并提交了一份优秀的调查报告。哈利和Ron对她能够如此迅速的写好文章感到惊讶，尽管Hermione解释说她以前就看过这本书了，但2人还是感到难以置信，并跟着Hermione返回休息室。
在休息室中，哈利的信使猫头鹰Hedwig送来的包裹挂在了信息板顶上无法取回，Hermione建议使用Wingardium Leviosa魔法使包裹飞下来。打开包裹后发现是一只火闪电型号的飞天扫帚(Firebolt Racing Broom)，由于不知道是谁送来的，Ron不免猜测起来，Hermione也觉得很神奇，并建议去找McGonagall教授查一查，但哈利此时只想尽快让Hagrid看看自己的火闪电。来到Hagrid在城外的住处，却得知鹰马Buckbeak因为袭击Malfoy而被关进了监狱，Hermione这时说她曾看过一个关于鹰马的案例，于是Ron建议去图书馆查找相关资料。在2楼的图书馆向Pince女士询问，得知在图书馆的南面有相关资料，2人来到右下角，终于发现了那个案例。但结果却非常不好，按照法律规定，鹰马要被交给危险生物处分委员会(Committee for the Disposal of Dangerous Creatures)处理。哈利觉得暂时还是不要把这个结果告诉Hagrid为好，应该先跟Hermione商量一下。在2楼的入口处碰到了Hermione，但除了感叹外，众人也拿不出什么好主意。话题一转，大家又讨论起今年的圣诞宴会，Ron已经等不及了，但Hermione却推说还有重要的事要半，让他们俩先去，真是奇怪！
来到1楼大厅右面的Great Hall，还没等坐下，就被McGonagall教授叫住，并且借口要检查飞天扫帚是否有附加魔法为由将火闪电没收了- -，而这一切竟然都是Hermione告的密。Ron马上质问Hermione为何要这么做，Hermione却解释说，她这么做是因为怀疑火闪电是天狼星Black送给哈利的。正在这时，一个白胡子老头(Dumbledore教授)蹦了出来，并且说发明了一种新游戏供大家娱乐。这是第三个小游戏，内容比较老套，点击画面相邻的2个以上的相同物品就会将其消掉，等级越高，不同种类的物品也越多。结束游戏后，哈利正要返回休息室，Lupin教授竟然主动提出要教习哈利如何抵御狱卒，哈利当然乐得答应。来到3楼左侧Lupin教授的办公室(Lupin's Office)，Lupin教授准备教给哈利一种特别的魔法来抵御狱卒，并进入第四个小游戏。这个游戏跟第二个比较类似，所不同的是，这一次是由四个狱卒围住哈利，当有狱卒向哈利移动时，要按动该方向的按键来施展魔法进行抵御，如果累计按错次数达3次，就会被扣一次试错机会，一共有3次机会。游戏结束后，哈利借机向Lupin教授打听他父亲和天狼星的事情，但Lupin教授没有正面回答哈利，只是推说太晚了，让他回休息室去。
回到休息室，McGonagall教授将火闪电还给了哈利，并预祝他胜利……画面一转，哈利他们已经获得了胜利，大家正在庆祝，McGonagall教授又不合时宜的进来将大家都赶回宿舍。哈利进入上方的葛来芬多男生宿舍(Gryffindor Boy's Dormitory)，正准备休息，却突然听见Ron的尖叫。哈利赶忙跑过去查看究竟，原来是Ron被砍击窗帘的声音惊醒，却发现天狼星Black正拿着一把刀子。哈利建议去找McGonagall教授，出了宿舍，发现大家都到了。经过调查，才知道Black是用一张写有密码的纸才骗过守卫Cadogan爵士的，而那个把密码写到纸上的家伙就是……Cadogan爵士因为此次事件被解雇，肥女人又重新回来。哈利回到宿舍就却难以入睡，并且偶然发现Hermione的宠物猫Crookshanks正和一只黑狗在散步……第二日一早，哈利正要出门，发现Hagrid留下的字条，上面写着“亲爱的哈利，我们输掉了官司，Buckbeak执行死刑的日子已经确定下来了，Hagrid”。哈利看到后大吃一惊，决定找Ron和Hermione商量如何搭救Buckbeak。众人来到Hagrid城外的住处，但依然一筹莫展，甚至连安慰的话也无从讲起。这时Ron的宠物鼠Scabbers突然出现，与此同时，刽子手Macnair也来了，哈利3人因此被请出了屋子，不多久就听到Buckbeak被处决的声音。众人尚未来得及悲伤，Ron的宠物鼠Scabbers突然躁动起来，咬了Ron一口后跳出口袋，但马上就被Crookshanks叼走。在众人把注意力都集中在猫鼠那里时，那只哈利看到的、曾与Crookshanks一起散步的黑狗突然出现，并且把Ron叼进了Whomping Willow。哈利与Hermione战胜守卫的大树后，也跟着进入Shrieking Shack Path。
在迷宫的第二层，二人决定分开来寻找。如果选择哈利的话，要用Diffindo切断绳子来开启机关；如果选择Hermione的话，则需要先将下面的木桶击破，使隐藏的机关显现，然后将其中一只木桶移动到上面开启机关。二人会合后，继续前进，下面的水流需要按动墙壁上的把手才能关闭。进入第二扇门后，首先在中间的通道内拾得Valve Handle，将其安在上面通道内空缺的水管上，就会有水流出来，再配合Glacius魔法就即可通过。第三扇门中是用冰作的小机关，也没什么新意，只要仔细观察一下落脚点就可以了。最后返回原处，使用Glacius魔法将喷泉冻住，轻松通过。在楼顶终于找到了Ron和他的宠物鼠Scabbers，但却得知这不过是一个陷阱，刚才那只黑狗其实是天狼星Black变成的，他是一名化兽师(Animagus)。Black这时出现，但他并非要杀掉哈利，而只是想告诉他事情的真相。Lupin教授此时也来到楼顶，并与Black合力向Scabbers施展魔法。令人惊讶的事情发生了，Scabbers竟然变成了一个人！Black解释说，其实Scabbers只是这名化兽师变成的而已，他的真名叫Peter Pettigrew，是Lord Voldemort的间谍，也就是他背叛了哈利的父母并嫁祸给Black。Lupin教授想杀掉Pettigrew，但被哈利所阻止，因为他不希望他父亲的朋友成为杀人凶手，于是众人决定将Pettigrew送进阿兹卡班监狱。
2人原路返回(为什么Ron不跟着一起走?太伤心了?)，击败挡路的森林食人妖后，离开了迷宫。在大树外，众人遇到了前来抓捕Black和Lupin的Snape，并且完全不理会哈利和Hermione的解释。Black见说服不了他，索性一棍将其击昏。众人正在行走间，Lupin突然因为看到满月而狂性大发，并变身成一只狼，Black见状只好又变成黑狗与其抗衡。就在众人把注意力集中在他们俩身上时，Pettigrew突然将看守他的Ron击倒，并变成老鼠逃走了。哈利他们正要追赶Pettigrew，忽然从树林里冒出4个狱卒围攻哈利，哈利按照Lupin曾教授的魔法进行防御。这时又进入第四个小游戏，不过即使一分没得，也照样过关，令人不禁感觉这个小游戏做得有些摆设了。
当哈利醒来时，发现Ron、Hermione和自己都躺在医院里，而Black正在等待狱卒的判决。在医院里，Dumbledore教授来访，并且暗示允许他们使用时空转换器(Time Turner)来拯救鹰马Buckbeak和天狼星Black。Hermione于是启动时空转换器，二人回到了过去。冲破怪物的阻挡后，首先趁Hagrid不注意，将Buckbeak拐带走(- -)，来到右下方的Lake，发现变成狼人的Lupin正要攻击过去的自己，于是哈利他们与Lupin展开战斗，连鹰马Buckbeak也加入战场，可惜它是电脑自动控制的，不然可以看看它有什么好技能……真不愧是黑魔法防御术的教授，对魔法的抵御力量就是强，最强魔法也只能伤他1点，没办法，只有用特技了。没想到堂堂的魔法高手，在这种场合竟然还没有鹰马的物理攻击伤害多，看来魔法也不是万能的啊。好不容易击败了Lupin，这时狱卒也围了上来，哈利见状高喊“Expecto Patronum！”召唤一只白鹿保护过去的自己。之后，哈利与Hermione约定二人分两路向西方之塔进发拯救天狼星Black。这时进入第一个小游戏，游戏结束后，二人来到屋顶(Rooftop)之上。刚走没多远，二人就因为地形的原因要分开行动。其中如果选择Hermione的话，要使用Glacius魔法打开右面的冰门；而如果使用哈利的话，则要躲避喷射的火焰。这时狱卒们也开始行动了，必须抢先一步找到Black！二人会合后正要赶往营救Black，却遇到Malfoy的阻拦。这个坏家伙以前没机会揍他，这次总算逮到了^^这家伙虽然魔法攻击力十分强横，但毕竟对于魔法没有免疫力，轻松拿下。之后Black乘坐Buckbeak逃走了，哈利的冒险也就此告一段落。
