第一话：
洛克人部队接到了新的任务，任务要求洛克人部队潜入ギガンテイス，阻止イスシロン率领其邪恶组织リペリオン的阴谋，现在还不知道イスシロン的真正藏身地点，但隐约感觉到遗迹里边有一古奇怪的气息
于是Ｘ。Ｚ还有シヤドゥ三人便一起前往该遗迹进行调查，但没想到这次一开始就出师不利，刚进入已经就受到障碍物的阻隔，另Ｘ和Ｚ分开了，没办法，暂时分成两队继续挑查了，而Ｘ也只好孤身上路了。
先到达１Ｆ，途中可以用冲次（Ｘ键）取得路中结晶体的道路，而不同颜色代表了不同的道具哦，在左下的房间进行调查，在研究所终端那里解除１Ｆ－２Ｆ楼梯门的锁，
到达２Ｆ后到２Ｆ的开发室调查，Ｘ在里边找到了一个机械空壳，跟Ｚ的推理十分相近，估计イスシロン就在这个遗迹中了，调查完毕后Ｚ会给你通信，然后回到２Ｆ走廊，取得道具后赶紧上３Ｆ，在研究室调查完毕后到３Ｆ的研究所终端那里解除３Ｆ－４Ｆ门的锁，这时候Ｘ再收到Ｚ的通信，Ｚ说他需要和Ｘ一同控制电脑输入密码，才可以揭开遗迹西边的报案系统，在电脑显示屏的红光闪动了三次后按下键，就可以成功破戒报案系统。
解开门锁后出去会遇到强制战斗，不过敌人弱得可怜，两下就打倒他了，同时也得到装备ＦＭ的能力，到达４Ｆ，先到尽头的记录点记录一下，因为我们准备要迎接我们的第一次ＢＯＳＳ战。
记录完后去中央的房间，会和Ｚ合流，然后机械河马就会出现，二话不说，打倒他再说！
这只ＢＯＳＳ是一直背拿火箭的河马，其火箭攻击会给我们带来重大伤害，而其本体的单体连续射击.电粒子炮和飞身攻击也具有一定程度的杀伤力，建议在战钱给Ｘ装上战斗不能时自动恢复和ＬＥ＋１００的ＦＭ，在战斗的时候先用Ｘ打掉他的飞弹，然后再用Ｚ的４连斩打他的本体进行攻击，想快点结束战斗就变身攻击他，不用几下河马ＢＯＳＳ就归天了。。。
战斗结束后继续向前调查，一直沿路到达５Ｆ，在天台看见シヤドゥ和イスシロン，本来在三对一的情况下，绝对有机会把イスシロン打倒，但想不到シヤドゥ竟然叛变了！而イスシロン旗下的众天王也已经赶到了，在寡不敌众的情况下，Ｚ被シヤドゥ打下研究所，而Ｘ在没有办法的情况下，利用炮火制作混乱逃离了研究所。。。。。
附：操作指南
手柄地图画面时战斗时
左边类比遥杆：移动选择目标
右边类比遥杆：转换视点－
○键：决定／调查使用主武器
△键：打开目录使用副武器
□键：－使用副武器
Ｘ键：冲刺打开战斗目录
L1：缩小地图防御
R1：扩大地图－
L2：转换视点（背后）同伴交替
R2：转换视点（背后）变身攻击（AT）
SELECT：开启大地图－
START：－表示敌人的名称
十字键：移动选择目标
第二话：
乘着混乱桃李遗迹的Ｘ在海中不断漂浮，当醒来时发现自己躺在病床上，原来他被称为希望之都的ニュ一ホ一プ人民救起来了而他们正巧就是对抗着リペリオン的底下组织。先在医务室里边的护士那里买一些恢复药，这里到处都是リペリオン的士兵，Ｘ只好一边战斗一边进行搜索，在联络通路可以找到洛克人Ｘ８的体验版，记录后退出游戏就可以玩到体现版了，到达大厅，发现这里原来是个空中都市，但看见到处都是游击队和警卫兵，好象是有人侵入基地了，而这个时候，本来没有信号的通信机也能够跟总部联络上，Ｘ刚向总部报告了シヤドゥ的叛变和Ｚ的阵亡，通信就因为接受不良而中断了，这个时候リペリオン也发现了有不法入侵者，看来Ｘ会遇到麻烦了。。。
到达一个空地的时候会遇上スバイオダ一，而スバイオダ一为了悬赏而向Ｘ施以杀手，没办法，只好迎战了。
スバイオダ一在战斗的时候会不断放出五张扑克牌，扑克牌有防御的作用，在你攻击ＢＯＳＳ后扑克牌也会自动消失，而スバイオダ一的连续扑克牌攻击威力也不差，对付スバイオダ一的方法一般是攻其弱点：火属性攻击。可能你会问我哪来火属性攻击啊？其实在刚才医务室的那个护士那里可以买到火属性的攻击道具，而且强制一次５００，因为スバイオダ一是火属性弱，所以攻击时攻击力Ｘ１。５，就是７５０，连扔三个战斗就结束了。スバイオダ一被击退后就会立刻离开（逃走），不理他了，因为我的直觉告诉我一会儿肯定会再遇到他，继续前进，早一个仓库看见一个叫エ一ル,他希望Ｘ能够救回被リペリオン捉去的ァル长官，并把通往总督俯的ＩＤ交给了Ｘ在这个时候突然有敌人冲近来，エ一ル为了保护Ｘ而牺牲了。。。。为完成エ一ル的心愿，Ｘ向总督俯进发，到达诘所会遇到机械警卫兵，这点东西我想也不能难到我们吧，打倒他们后得到保安卡，然后在诘所买点道具，
建议买个雷属性减轻的ＦＭ，再买个火属性的武器，一会儿打ＢＯＳＳ有用。继续前进，在通路Ｂスバイオダ一突然出现，并打倒了Ｘ，可是当スバイオダ一看到自己的好友エ一ル竟然将珍贵的ＩＤ交给了Ｘ时，他自己不应该向Ｘ下手，并愿意协作Ｘ救回ァル长官，而这时候会出现出现敌人，スバイオダ一会叫Ｘ先走，而他自己去消灭杂兵。当Ｘ打倒警卫兵后就能救到ァル长官，而这时候シヤンゴ一启动了自爆装置，假如不在两分钟内到达司令室关掉自爆系统，中央塔中所有居民都会化为灰烬。
时间紧迫，当然要飞速去啦！路上会经常有敌人出现阻挡，不过也不能阻挡我们，关掉装置后先找有记录点的通道记录一下先，因为以下要和シヤンゴ一对战咯～一直走，通过大型联络路，到达顶层就会看见在塔顶严阵以待的シヤンゴ一，他说要送Ｘ进地狱。。。
我倒想看看他有没有这实力呢～（这个时候スバイオダ一也会加入我方和Ｘ一起战斗哦～）
シヤンゴ一是雷属性的ＢＯＳＳ，他的最大缺点就是没有全体攻击，单体攻击也不算强，所以整体还算简单，帮Ｘ装上雷属性减轻的ＦＭ和火属性武器然后发动特技会使战斗更快结束（为什么？他是雷属性的嘛，所以我们用火属性就刚好克制他咯），如果要快速完成战斗就用在商店买到的威力５００火属性道具都送到シヤンゴ一的身上吧～这样シヤンゴ一不用议会就归天了～～
战斗完毕后スバイオダ一正式加入我们的阵行了，而我们也总算完成了エ一ル留给我们的心愿了。。。。。
第三话：
成功收复了中央城，对于底下组织来说当然是一件好事，不过中央塔内大部分机能已经瘫痪，令组织战斗力大大减弱，而唯一可以令中央塔的技能恢复的操作人员ナナ，还被リペリオン困在迪安娜收容所之中，为了修复中央塔，首要任务就是把ナナ救回。
在出发前在中央塔内可以购买武器和道具，如果在前一回有道具没拿到可以到传送中心返回以前到达过的迷宫拿回，准备完毕后回司令室和ァル长官对话就可以出发去迪安娜收容所。
到达迪安娜收容所后一路前进，在一个房间会看见一个神色慌张而且有点痴呆的机械人。。。他自称是大英雄“钢铁のマツシモ“，由于他来这里的目标也是为了救回自己被俘虏的同伴，于是他决定先加入Ｘ的行列，一同寻找同伴。
到达第一区域，这里会有警卫轮流察看，如果被他们看见就会从进口从新进入，不过这点警卫兵应该拦不了我们，多用冲刺来回避敌人，很快就可以饶过警卫。继续前进，在第三区域会有强制战斗，这战里边的狼兵会经常召唤敌人来帮忙，所以还是Ｘ的特技将他们一起击破好点，这种敌人在这个基地还会看见几次，大家要小心对付。
在デブス４右边的房间可以拿到ＩＤ卡（在其他房间会有由敌人办成的机械人，遇到就会强制战斗），然后向第五区域进发，在ダ一クル一ム回遇到ナナ，并发生强制战斗，战斗结束后就能救下ナナ了～（ＹＥＡＲ！英雄救美成功！！）而ナナ也会告诉マツシモ，他的同伴“钢铁のマツシモ”的去向。
现在ナナ会指引我们继续前进，在前边会遇到地上有红色和蓝色机关的房间，要按顺序踏过去才可以解除门锁，不过这机关就如スバイオダ一说的一样：实在太简单了！所以这里就省略不说了，一直到达ディ一ブブリズソ，这个时候マツシモ也找到他要找的人，看到一直保护自己的好友落得如此下场的时候心中极为悲痛的同时，他也继承了“钢铁のマツシモ”的遗志，决心帮助Ｘ他们保护世界！
回头走会突然听见ナナ的叫声，难道又被捉了？向刚才进不了的门前进，会看见受伤的ナナ和本关的ＢＯＳＳ：ホ一ンド，他不但伤害ナナ，而且还侮辱マツシモ，简直不可以原谅！一定要打败他！
ホ一ンド是一个水属性的ＢＯＳＳ，其海啸不但是全体攻击而且攻击力高，而普通攻击有时候还有冰封的效果，不过再强的敌人也是有弱点的，其海啸攻击的命中率比较低，而且他的攻速也不高，在战前应该装上雷属性的武器，在战斗的时候要注意当他ＬＥ少过一半的时候会发动特技，这时候射击系的攻击对他的伤害会减低，这时候要注意ＬＥ的回复，如果想快速结束战斗就用在商店买到的伤害５００雷属性道具攻击吧。。。。。
战斗完后，Ｘ顺利救出ナナ，翻回中央塔。
第四话：
为了要对抗リペリオン，下一步就是要强化中央塔，但这方面的权威ガウディル博士并不相信任何人，无论是リペリオン还是政府的人也拒于门外，但为了向リペリオン进行反击，这回是非去不可的，到达ガウディル研究所，一进门就看见“门神”。。。。看来リペリオン已经抢先一步ガウディル博士下手了，对打败敌人后在前边的分路口マツシモ好象看见了一个机械人，难道是眼花？？暂时不理会。
前进不久会发现地面多了很动红色的小格，一旦不小心踩上了就会强制战斗，不过用冲刺可以通过了。前进不久会看见本关ＢＯＳＳ：Dr.サイク，他还派出小兵来和我们战斗，不过说明是小兵，当然不能阻挡我们啦。
战斗完毕后就会看见那迷之女机械人和另外一个护士机械人见面，原来小偷マリノ是为了夺取“力量金属引擎”而到达了研究所，而“力量金属引擎”就在シナモン身上。而另一方面ガウディル博士和Dr.サイク在中央解释室，看来ガウディル博士回有危险，还是快点找到他才可以了。
来到中央解释室会看见ガウディル博士，博士会告诉你那个护士机械人：シナモン身上的“力量金属引擎”才是Dr.サイク的真正目标，赶紧去营救，但到达シナモン的房间的时候发现他已经不在了，而マリノ被Dr.サイク打伤了，如果不是シナモン在危急的时候发动了“力量金属引擎”保护了マリノ，マリノ可能就会魂贵天国了，シナモン也被Dr.サイク捉去了。
继续前进到达无限森林，这时候博士会告诉你无限森林每段路都有一个分支，左边的路是远路，而右边的路是近道，怎么走要看你自己了～通过无限森林后会遇到マリノ，原来マリノ是个“泥棒”。。。（就是盗贼啦），而マリノ也会加入我们，再继续前进会遇到Dr.サイク，双方为了争夺シナモン而发生了激战！
Dr.サイク一开始会放出三个杂兵，这三个杂兵的异常状态攻击和连续不同攻击，不过ＬＥ不高，Ｘ的特技全体攻击ＫＯ，而Dr.サイク本身的四次元攻击有异常状态攻击和普通攻击，不过好象还没有他的小兵变态。。
本以为把Dr.サイク打倒了，但他竟然还会变身。。。而且比变身前还恶心。。。现在的Dr.サイク因为装甲太厚（面皮厚？）攻击他就像帮他止痒。。。要攻击他就要等他放完电池炮后会露出他的他的唯一弱点，然后狂Ｋ，不过Dr.サイク现在的血估计也有１Ｗ。。。。要是怕打不过就多用变身和在商店买到的火属性和雷属性攻击力５００道具让Dr.サイク早日归天吧。。。
顺利把シナモン救出来了，而シナモン和博士也一起加入到我方。
第五话：
因为ガウディル博士的帮助，中央塔基地的通信器修复完毕，Ｘ成功和大佐联络上，大佐会告诉我们Ｚ有可能还生存的消息，地点在リペリオン的生产工厂，为了寻找Ｚ，所以大家决定像向生产工厂进发！
进入工厂，刚前进没几步就来个入侵警报。。。。。令整个工厂多了很多守卫敌人，在进入有守卫机械人飞来飞去的房间的时候，就会有Ｄ。Ｄ的的声音当听到两声就停下来不动就可以防止敌人守卫的发现，当然，如果你坚持要动的那等你的就是强制战斗咯～在第三熔炉地区会遇见久违的ＡＸＬ，看来他想知道自己诞生的秘密，而来到了这里，他知道Ｘ是来找Ｚ的，说也来帮帮忙，就是这样，ＡＸＬ也加入战团了（很牵强的说。。。），继续前进到达一个布满电代的房间，里边有很多强制战斗，补交烦人，而且敌人还很会用反击，不过路还是要走的，通过电带区域后到达第一货物仓看见很多受伤的人，原来都是被我们可爱的Ｚ打败的，而Ｚ已经达到ＢＯＳＳ：ジエソトラ一面前，快点去接应Ｚ吧！到达工厂的最深部会遇到Ｚ，他正在一个人挑战ＢＯＳＳ：ジエソトラ一。由于Ｘ和ＡＸＬ的到来，三个Ｓ级猎人配合向ジエソトラ一一起进攻。ジエソトラ一属性是火，废话我也不多说了，装上水属性武器去Ｋ他吧（千万别装错哦）而ジエソトラ一身边的小兵是出完又出出了继续再出，所以建议除了非必要情况，还是不要浪费精力再那两个杂兵身上了。而ジエソトラ一在空中的时候回避率很高，但当他受到一定攻击的时候就会落在地上，我们应该趁机会用ＡＸＬ的水属性特技和Ｚ的８连斩去磨他的ＬＥ，这样战斗很快就可以结束了。
最后ジエソトラ一就在狂笑之下迎接他的死亡。。突然警报会响起，接着会跑进很多杂兵，而且还不是一批，一来就四批，刚打完ジエソトラ一，ＬＥ可能会有点紧缺，小心应付应该可以顺利通过了。。。。。但敌人好象出极都出不完，最后还是要ＡＸＬ变身为ジエソトラ一然后Ｘ和Ｚ一起把制作机械人的机械打败了，战斗后Ｚ发现很多陌生的面，Ｘ解释这都是自己的同伴，而Ｚ听完后破口大骂，说Ｘ太容易相信别人：“上次的任务如果不是シヤドゥ的叛变，我们二人也不会差点失去了性命！”说完这番话后Ｚ就会再次离开队伍。。。。。
第六话：
正当Ｘ为Ｚ的话烦恼着的时候，从大佐那传来的消息，得知リペリオン的秘密研究所的所在地，为得到更多资料，Ｘ众人决定前往该研究所。
到达研究所，以这里的环境来讲这里说是采掘场也不为过，现在Ｂ２层找到警卫并把其打倒，就可以得到用冲次撞破路上大石的能力，，去装破记录点旁边的门前的大石，进入内调查电脑就可以追加Ｂ３层，把Ｂ２层的道具都拿到后前进到Ｂ３层，一进入就看见叛变的シヤドゥ，他看见Ｘ就向Ｘ攻击，看来战斗是在所难免的了。
现阶段的シヤドゥ速度并不高，但攻击力很大，特别是他其他破坏炮，攻击力基本上是每人１０００，血少点必死无疑，看来是得到了超力量金属的帮助而提升的力量吧。建议在他存气的时候用攻击力比较的角色攻击他，令他无法存气，然后用ＡＸＬ的特技攻击他，没血就用シナモン的特技回复，在打了他大约一半血的时候Ｚ会再次出现，并帮助我们战斗，有了Ｚ的帮助，战斗更加轻松，建议多用ＡＸＬ的特技＋Ｚ的八连斩，不过要注意シヤドゥ现在的破坏炮是强制打掉我方角色一半ＬＥ的。在Ｚ的帮助下，大家终于打倒シヤドゥ，但シヤドゥ竟然在Ｚ不注意的时候，向Ｚ背后发出最后一击，而这时候スバイオダ一奋不顾身地帮Ｚ挡下这致命一击。。。。。Ｚ被スバイオダ一的行动所感动，于是决定和Ｘ一起即席向研究所调查。
现在继续前进，先到地图最上方的房间找到监督机械人，和其对话，然后到右上方的房间找到绿色的挖掘机械人，换得颜色道具，再到左上的房间找红色的挖掘机械人换得エレキパ一シ，然后把エレキパ一シ给最上方房间的机械人，就可以追加Ｂ４层。
到达Ｂ４层，先到右下的房间把炎。雷和水三个属性的敌人消灭，注意要装上相应的属性武器战斗，打倒后最下方的门就可以打开，在房间内会遇到ＢＯＳＳ：エンシェンタス，他把房间门给锁上了，看来不和他战斗门是不会开的了。
エンシェンタス这个ＢＯＳＳ会不断的变换自身的属性，比较难应付，特别是如果刚才打完三属性士兵的时候忘记了把属性武器换回来，在打这个ＢＯＳＳ的时候有可能会经常帮他加血，打这个ＢＯＳＳ建议用Ｚ的八连斩加ＡＸＬ的特技针对他的属性攻击，没ＬＥ就用シナモン的特技回复。
把エンシェンタス打倒后发现原来秘密研究所根本就是个引诱，为的就是让Ｘ等人进入这个圈套，エンシェンタス更打开房间的自爆装置要和Ｘ他们同归于尽，而スバイオダ一在此时会再一次挺身而出，为Ｘ和Ｚ打开一条活路，但自己就和ＢＯＳＳ同归于尽了。。。。スバイオダ一连续两次的拯救令Ｚ深深得感受到同伴的重要，于是Ｚ决定再次加入Ｘ等人，和大家一起战斗！
第七话：
由于被リペリオン的雷达装置的干扰，现在完全没办法可以大佐取得联系。为了重新恢复通信机能，Ｘ等人决定向沙漠进发。
到达沙漠之中，由于沙漠比想象中大得多四周都是飞沙，也不清楚自己的方向，没办法，只好慢慢探索了。从雷达中只能知道自己的方向和边缘这两个提示，而游戏会提示你路上的塔的能量表示越大离设施越近，建议大家向入口的右上方前进，很快就可以找到能量百分率１００％的塔，顺着塔旁边的管道的方向走，很快就可以发生剧程，而这里要注意的是一定要完全顺着塔旁边的管道的方向走，如果不是就不能到达剧程发生的地点，如果找不到就在附近多走几次，也应该可以道道地地，不过花费的时间就。。。。到达剧程发生点，会遇到リペリオン的干部之一的ヮェラム，而ヮェラム会向众人偷袭，令众人卷入流沙中，但连ヮェラム也没想到，他们被卷入的地方刚好是雷达干扰地区的Ｂ１层（太幸运了吧。。。）
Ｂ１层有很多分叉路，而很多分叉路的尽头都有颜色按钮，按钮有三种，可以打开三个放有道具的房间锁，收集完道具后到达电梯口，现在可以上１层和２层，先到１层看看吧。到达１层，进入左上的房间，看见很多激光和反射镜，看来是要利用反射镜把激光反射到２层和１层的情况差不多：都只有一个门是开着的。到达右上方的门打开机关，这样一来原本在１锁上的门现在就会全部打开，返回１层，在其他三个房间移动反射镜，全部移动正确后２层上锁的门也会跟着打开，到２层把另外三个房间的机关全部打开，这样电梯就会追加３层，而雷达妨碍装置也全部被Ｘ等人一一破解，到达３层就会遇到同是リペリオン的干部之一的ボロック，看样子还是把他击破比较好免得留下隐患。
战斗一开始ボロック会召唤两只机械天使，这两个天使会放魔法和帮ＢＯＳＳ加ＬＥ，优先解决。而ＢＯＳＳ本身基本上是弱不禁风（除了音波攻击有点威胁），建议变身然后用特技，不用几下战斗就结束了（本人只攻击了１５下就把他ＫＯ了），真难想象他竟然也是リペリオン的干部之一。。。。。
战斗后ボロック会立刻逃走，但Ｘ等人也有以外的收获－本作关键道具：超力量金属（超ＦＭ）。
第八话：
Ｘ一行人把在ボロック处得到的超ＦＭ带回中亚塔基地，经过分析后得到惊人的结果：超ＦＭ的能量比普通的ＦＭ的能量高出树万倍。而Ｘ等人下一个目的地就是最有可能制造超ＦＭ的地方－－集成工厂。
进入集成工厂，Ｅ－Ｂ０１层中唯一的路是锁上的，无法打开，坐电梯下Ｅ－Ｂ０２层，到达Ｅ－Ｂ０２层时博士会告诉Ｘ，工厂里边有一支装有超ＦＭ的巨型导弹，该导弹一旦发射这样一地球上一半的机械人都会狂暴化，其产生的后果令人无法想象，如果要回收超ＦＭ就要得到两条钥匙，而这两条钥匙分别在ボロック和ヮェラム手上，为了尽快回收超ＦＭ并阻止危机的发生，看来要快点找到二人了。
进入房间立刻看见ボロック（白天不要说人啊。。。），当然不能放过他啦，但打不了两下他就逃走了，追着他再说！，由现在开始，Ｘ要调查每一层的三个小窗口，然后把导弹的侧面图发送回基地给博士，而每一层窗口的位置都是一样的，所以不用麻烦地一层层慢慢找，在Ｅ－Ｂ０４层左边的房间调查完最后一个窗口后，在旁边的电脑打开机关，那么Ｅ－Ｂ０４层中间的房间原来锁上的门就会打开，进入后可乘电梯到达Ｅ－Ｂ０５层，在路上会再看见ボロック，这个十分狡猾的家伙和上次一样打不了两下就逃走了，一直追着ボロック就可以到达工厂的另一边－Ｗ－Ｂ０４层，一直往上走，到达Ｗ－Ｂ０２层就会看见ヮェラム，看来直接问她是不可能拿到钥匙的，打倒他再说吧。
ヮェラム本身的回避率就已经很高了，如果她发动分身的话格斗系角色就只有狂ＭＩＳＳ的份了。建议本战开始前给マツシモ装上ＷＥ增加量加１０的ＦＭ，然后装上雷属性武器，在ヮェラム发动分身后用マツシモ的特技攻击，因为マツシモ的特技命中率是１００％的，而且威力大，再加上属性相克就有１５０％的攻击了了，应该一下就可以把ヮェラム的分身打掉，然后用ＡＸＬ的特技＋Ｚ的八连斩（建议装上ボ一クァイ），不用多久就可以送ヮェラム归天了。
虽然大道了マツシモ，但他因为撞击力太大而掉下最下层的联络点，当Ｘ到达下边的时候发现マツシモ的钥匙已经给ボロック拿走了，为了抓住ボロック，于是Ｘ等人便原路返回Ｗ－Ｂ０２层，（我的妈啊，走来走去你耍我啊！），但他们发现的却是受到攻击而倒下的ボロック，而超ＦＭ就不知所踪。。。。。
第九话：
回到中央塔发现基地受到不明来历者的袭击，而袭击的人正式リペリオン的干部之一的スカ一フェイス，（我是无辜的！）他以为Ｘ等人在集成工厂拿走了，看来夺走超ＦＭ的并不是リペリオン，那究竟是谁呢？暂时不想这个问题，因为如果我们不去打发袭击的スカ一フェイス，我看基地就会变废墟了。スカ一フェイス是雷属性的，这意味着其相克属性是火，而其防御属性转换＋反击＋雷系全体魔法会对我方造成极大的麻烦。说得那么难，但其实打倒他的方法也很简单：队伍里边一定要有一个格斗系和一个射击系的角色（个人建议用ＡＸＬ和Ｚ）装上火属性武器，再加上个シナモン（用来恢复的，建议装上ＷＥ恢复量＋１０的ＦＭ），对战的时候一格斗.射击.格斗.射击的攻击方式来攻击，因为スカ一フェイス的防御属性是受到格斗攻击就会变成格斗攻击防御＋反击，而射击攻击弱，这个时候受到射击攻击，他就会变成射击攻击防御＋反击，格斗攻击弱，跟着再用格斗系攻击他，这样不断轮流攻击很快可以把スカ一フェイス打倒。
击破スカ一フェイス后他就会离开，根据他离开的路线众人终于知道了リペリオン的总据点，为了打败リペリオン，Ｘ等人决定闯入リペリオン的总据点，古雷布遗迹基地。
到达基地，发现有很多扫描器，一旦碰到扫描器，扫描器就会发出红光并发生战斗，战斗过后扫描器会停止发射红光一段时间，令该地区的所有扫描器全部停止后，锁上的门才会打开（注意要快点进入房间，要不门就会再度锁上，这时又要再令扫描器停止才可以前进了），不断前进在途中会进入一个类似转盘的房间，里边有两根柱子，先到左边的柱子操作两次，再到右边的柱子操作两次就可以继续前进，通过ＬＶＳ地区到达最上部就会再次遇到スカ一フェイス，看来他是来阻挡我们的，把他击倒再说。
スカ一フェイス基本上和上次一样，不过他的全体攻击增加异常状态，战略基本和在中央塔时一样，想快点结束战斗就变身吧。
把スカ一フェイス达到后リペリオン的元帅：イプシロン就会出现，イプシロン的第一形态比较容易对付，一会儿就把他击倒了，而第二形态的时候他的强制把我方人员ＬＥ减至１至于的特技和多属性模范攻击比较有威胁，而当打掉他一半ＬＥ左右后他就会暴走，此时其攻击力和防御力都会增加，本战主要是注意ＬＥ的恢复，建议用ＡＸＬ。Ｚ和シナモン（用来恢复的，装上ＷＥ恢复量＋１０的ＦＭ），这对“铁三角”去对付スカ一フェイス，十分钟左右应该可以把他打倒了。
经过一场漫长的战斗，终于把スカ一フェイス打败。
第十话：
随着スカ一フェイス被打倒，リペリオン也随即瓦解，正当Ｘ，Ｚ和ＡＸＬ三人以为一切都结束，准备坐政府的飞船离开中央塔回本部的时候，飞船突然向众人攻击，而ァル长官更惨遭毒手。原来所有事情的主谋就是我们的大偬，他为了夺取超ＦＭ，于是才把Ｘ和Ｚ派去スカ一フェイス那里，事成后竟然还想把一切罪行推给Ｘ等人身上，知道事情的真相后异常愤怒的Ｘ等人誓要把大佐打倒。
到达极东司令部的正门，里边有三个机械人，在这里可以补充道具和购买武器和ＦＭ，买完后前进，坐电梯上楼上后就开始我们漫长的ＢＯＳＳ车轮战了（系列传统？），在这里我们要分别对付之前对付过的个ＢＯＳＳ，他们的攻略法和以前基本一样，只是这次的能力会大幅度提升而已，把５个ＢＯＳＳ都击倒后到达大管制室就会看见一条龙妻士机械人，龙骑士是雷属性的，火属性武器装备！这个ＢＯＳＳ会放自身攻击速度增加２５％的辅助魔法，攻击基本上是单，全体魔法攻击＋全体物理攻击，不过攻击力不高，好像比前５个ＢＯＳＳ还弱，不消一会儿就送他归天了。
继续前进，到达顶层就会看见真正万恶的根源：大佐，战斗也随即拉开序幕：大佐一开始的时候会放出两个飞行机械，飞行机械的攻击方式一般是单体魔法＋全体物理攻击，而大佐的攻击方式只有单体二连攻击，顺带一提的是大佐如果不放出飞行机械，他是不会攻击的，只会防御，而这场战斗本身也没多大难度，不用多时就可以结束战斗了。
本来以为打倒了大佐，但他利用两颗超ＦＭ增加其实力后再度攻击Ｘ等人，我们当然不能放过他，最后战斗随即打响！刚开始的几个回合，因为剧程需要，所以暂时无法把他打倒所以只能不断防御＋恢复ＬＥ。等突然出现的マツシモ把大佐身上的其中一颗超ＦＭ割去后战斗才真正开始，ＢＯＳＳ本身的攻击方式为：全体物理攻击，全体异常状态攻击＋陨石攻击，第一种威力不大，而异常状态也可以进行变身而使其无效，而陨石攻击攻击力非常高，建议队伍由ＡＸＬ，Ｚ和シナモン，战斗开始时先把ＢＯＳＳ旁边的超ＦＭ，这样Ｂ这样ＢＯＳＳ的防御力就会大幅度下降，然后慢慢和他磨Ｌ消磨Ｅ消磨，没血就用シナモン的特技恢复，经过一场漫长的战斗后，大佐终于被我们击败了。
战斗结束后マツシモ说要把剩下的一颗超ＦＭ毁灭，因为他不希望超ＦＭ再落入大佐等恶人的手中，他说：其实イプシロン为了收集超ＦＭ，根本就不是为了成为像大佐那样的人。“说完后，他抱着超ＦＭ，向宇宙投去，随着超ＦＭ引发的大爆炸，マツシモ消失在众人面前，一切真正的结束了，而Ｘ等人也再次令世界恢复和平了！
（全文完）
