被称为新的尝试，playstation2上的首部作品的《第3次超级机器热大战@~终焉的银河》一样采用了大家所熟悉的援护行动系统，同是也合并了前作《第2次超级机器人大战@》的小队系统，下面就让我们介绍一下这款系统。
援护攻击：邻近的单位可以选择学习“援护攻击”。普通的攻击流程是己方攻击完后轮到敌方反击，学习了这种技能的单位能也能在己方攻击的时候发动攻击。
援护防御：这次的援护防御系统跟《第2次超级机器人大战@》的援护系统一样，同一小队的人能替队员分担伤害。因此在进行小队编成的时候玩家可就要下一番心思了。