隐藏要素
1. X的装甲
Nectral Armor
本作一开始只有9关，其中除了Dynasty之外，在每个关卡的特定之处都会有一个飞碟型装置，只要X为操作对象，就可以获得博士为他打造的Nectral Armor。该装甲分为头HEAD，手BUSTER，身体BODY，脚FOOT，四个部位，每个部位都有两个部件可以装备，进入最开始的关卡的隐藏部分就可以获得装甲
Nectral Armor可以在选择人物画面选择，选定后进行各部位组件的选择，选择完毕后按START就可以确定，注意不要按圈，按圈是取消。以下是各部件说明：
Head Parts I使得头部具有攻击判定 Head Parts H缩短蓄力时间
Buster Parts I取得最高的蓄力攻击 Buster Parts H 学会另一种高级蓄力，正前三方向
Body Parts I伤害减半，但是红格的血会迅速消失 Body Parts H敌方基础攻击免疫
Foot Parts I能够跳的更高(非二段) Foot Parts H速度提高和冲刺的时候隐身
2. 关卡中取得Rare Metal可以开发新的芯片。具体取得方法见上文。
3. Vile会乱入以及Inter Mission。每一关有陷阱房间的地方都会出现Vile，目前不清楚如果全部都出现是否会影响结局，且出现条件未知。
4. 每一关卡都有INTERMISSION，出现条件未知，目前推测与关卡完成的次数评价以及Vile的出现有关，完成任务没有什么奖励。
5. Zero更换武器的同时一些技能也会改变。
以下是NORMAL通关一次后的隐藏要素。
6. 隐藏装甲ULTIMATE当X的进化度达到百分之一百的时候获得。
Head Parts U 按上和特殊武器按键，升龙头...
Body Parts U 伤害减半，快速回复，即使在受攻击状态下。
Buster Parts U 最高蓄力攻击可以使敌人麻痹。
Foot Parts U 跑得更快，跳得更高，冲刺的时候无敌。
同时追加技能Nova Strike，在空中按特殊按键，冲刺攻击，普通BOSS受不了两次攻击，此技能武器槽消耗整条，但回复很快。
伤害只会变成红血。
穿上究级装甲使用特殊武器不消耗武器槽。
7. ZERO进化95后，可以选择黑色服装，攻击力两倍。
8. 如果最终boss的时候AXL最后解决了BOSS，并且完成达到100，通关后获得白色服装，作用是可以发射武器状态下无限停留空中，变身没有时间限制。
9. 可以使用女性角色，只要在开发部出现相关开发部件。可以在选人画面按三角选择，也可以在强化的地方进行强化，Alia相当于X，Layer是ZERO，Pallete就是AXL。[color=red]具体出现条件不确定，NORMAL通关后，HARD 难度下，一开始就可以取得上一次通关中用得最多的辅助，继续完成率过30拿到第二用的多的，完成率67就可以拿到最后一个。
无限METAL秘籍
1 首先你得拥有一个LIFE BOTTLE和一个LIFE TANK
2 LIFE TANK不满
3 把你的METAL花到少于50，
4 去购买LIFE CHARGE
你会发现你可以购买所有能够购买的东西了
