鞭毛虫是一类点状的原生质，带着一条或几条鞭毛，靠着鞭毛摆动，在淡水、海水和湿土壤中，都有它们的踪迹，分布之广，可以想见。此外，还有一些钻入植物或动物体内，营寄生生活的。这些寄生鞭毛虫，损害鱼类及牲畜，间接有害人类。直接杀死人类者，也有几种，值得在此一提。
在我国和印度，常流行一种黑热病，是一种利什曼原虫造成的。利什曼原虫最初在白蛉子肠中寄生，可用鞭毛在宿主消化道中运动，但一经传到人的身体内，则钻进脾脏及血管巨细胞中寄生。在一个细胞内，可容纳十几个，体积最小，失去鞭毛，变成圆形小点，却可以剥夺人的营养，危害性很大，能引起贫血、脾脏膨大、发热等病症，甚至有性命的危险。在我国，此病只流行于黄淮平原。从前有几十万人得此疾病，现在采取以预防为主、治疗为辅的方针，已基本消灭。在非洲有一种锥虫，由吸血蝇传布。如果在人体内寄生，鞭毛虫就在血中繁殖，分泌毒汁，麻醉大脑，使人处于昏迷状态，状如睡眠，故名睡眠病。但是这一觉睡去，就再也不会醒来，最终与世长别，因此是一种十分可怕的疾病。
有趣的是，鞭毛虫既是动物、又似植物，在分类地位上出现一个大难题。某些身负色素的个体，邻近植物界的鞭毛藻，便有人算做植物，称做黄藻、裸藻、甲藻，但动物学家则称为金黄滴虫、眼虫、腰鞭毛虫。事实上，它们究竟是动物还是植物，很难下一句断语。认为它们属于动物的，有四点理由：第一、能自发或自动活动；第二、有灵敏感觉：第三、身体各部分工明显，第四、有感觉器官（眼、触手等）。如果说，有眼点能活动，反应灵敏的，都叫动物，那么，能说动物是自立营养，能不依靠其他物质而生吗？换句话说，能行光合作用，变无机物为复杂的有机物吗？因此只能说，它们是属于临界的生物。
