威胁白鳍豚生存的主要原因是人类活动的增加，渔业、航运、水利等开发建设规模越来越大，大量的有毒有害工业废水排入江中，使长江水质不断恶化，例如长江南京江段沿江17个大型工矿企业的废水，造成长达70公里的岸边污染带，其中石油化工厂排污口的油污染带就长达20多公里，在江段监断面上检出酚的最大值超过地面水标准4倍多。由于长江沿岸农业发展的需要，围湖造田、近岸挖沙、江中炸鱼等经济活动不断增加，沿江湖泊绝大多数建立了坝闸等水利工程，将长江与连通的湖泊等隔开，破坏了白鳍豚的生存环境，截断了鱼类回游的通道，造成白鳍豚的食物来源减少。此外，还有沿江居民对于白鳍豚的捕杀，长江上的机动船的螺旋桨经常击中准备潜水转变方向的白鳍豚，用于捕猎刀鱼和鲥鱼的刺网上的滚钩，也常常误伤白鳍豚，据1980—1983年的统计，由滚钩致死的白鳍豚，几乎占了总死亡数的一半。还有一些白鳍豚被用电击方法捕鱼、用炸药疏航炸滩时误伤。
白鳍豚不但是研究鲸类进化和系统发育的珍贵材料，而且由于其大脑发达，声纳系统极为灵敏，对仿生学、生理学、动物学、军事科学等都有很重要的科学研究价值，为学术界所高度重视。
自1985年起，在国家环保局的主持下，一个包括就地保护、迁移保护和人工繁殖在内的保护白鳍豚的系统工程悄然开展，这是我国继大熊猫之后的又一项拯救珍稀濒危动物的宏大工程。近几年来，我国学者已对白鳍豚的生物学、生态学、资源数量、人工饲养、行为学、血液学、生物声学、疾病诊断与防治等方面，取得大量有价值的资料和科研成果，使我国在淡水豚领域的研究居世界领先水平。例如，借助特殊仪器，捕捉到白鳍豚“呼唤”、“求救”等声音，推翻了国际学术界一直认为淡水豚类不能表达感情的观点，在国际学术界反响很大。
与此同时，国家和有关省市的各级政府和渔业行政主管部门也为保护白鳍豚采取了积极的措施，有关地区还成立了白鳍豚保护协会，印发了大量的宣传材料和宣传画，使沿江群众特别是渔民了解了白鳍豚的重要价值，提高了保护的自觉性。1980年，邮电部发行了白鳍豚的特种邮票，1992年白鳍豚又成为全国第四届大学生运动会的吉祥物，1996年，中国人民银行发行面值5元的白鳍豚纪念币，同年12月25日，我国第一个以水生动物为保护对象的基金会─武汉白鳍豚保护基金会正式成立，至今已经接受到社会各界捐赠人民币91万余元，1997年，农业部设立中国水生野生动物保护志徽，标志志徽的主体图案就是一只白鳍豚。水生野生动物保护标志志徽的主要作用是，象征主管部门的职责，唤起全社会保护水生野生动物的意识。标志可以用于有关主管部门的设施、装备、交通工具和水生野生动物自然保护区的标志牌、界牌以及各种宣传用品等。1996年12月25日，我国第一个以珍稀水生动物为保护对象的基金会棗武汉白鳍豚保护基金会在武汉市正式成立。基金会由武汉市政府发起成立，得到国家科委、中国科学院的大力支持，经中国人民银行批准，由武汉市东湖新“技术开发区和中科院水生生物研究所联合承办。武汉白暨豚保护基金会成立当天，就收到企事业单位的捐赠48．2万元人民币，显示了社会各界对保护白鳍豚的关注之情。
l997年6月5日，中国野生动物保护协会等单位联合向全社会发出了“保护地球、保护大自然，拯救濒危野生动物”的倡议，并提议1997年为拯救濒危野生动物棗白鳍豚年，组织各种大众媒体，以及科技界、教育界在1997年下半年开展海报张贴、知识竞赛等一系列的活动，同时组织500名社会各界人士在长江中下游白鳍豚栖息地进行环境考察和科学寻访活动，呼吁有关部门采取切实有效的措施，使白鳍豚的自然生存条件得到改善。
保护白鳍豚的系统工程中还包括加强了江水质、渔业、航道、航运等方面的管理措施，有效地防止和控制各种危害白鳍豚生存的人工作业，保护白鳍豚安全生存和不断增殖。这项工程如果实施成功，不仅将扭转白鳍豚这个物种行将灭绝的厄运，还将对世界拯救濒危野生动物提供宝贵的经验。
