人类为了避免近亲繁殖制定了许多法律措施，其实动物也很忌讳近亲繁殖，因为近亲繁殖会产生很多不良后果。无论是人工饲养的猪羊鸡狗等家畜，还是狮虎豹等野生动物，近亲繁殖产生的后代都往往体弱多病，存活机会较少。这是由于许多遗传基因只有在它们并存于双亲的基因中时才显现出其消极的一面，而双亲的亲缘关系越近，它们的基因特性雷同的机会就越大。
在一般情况下，动物同人一样，很少发生“乱伦”的现象。幼仔一旦发育到能够独立时，就会离开旧巢，到另外一个地区去寻找伴侣。比如鲸类在群体中同它们的家庭成员从不发生性关系，而是在出生的群体之外去寻找配偶。分子生物学的研究结果表明，它们的双亲总是属于不同的群体。对生活在澳大利亚的一种被人们误认为最有近亲繁殖嫌疑的鸟类的遗传物质的分析也可以看出，它们也在避免近亲交配，虽然每四窝鸟中可能有两只有近亲相交的现象，但这种鸟类却有许多“外遇”现象，使它们的后代有60％是从这样的接触中产生的，因此总的看来近亲繁殖率并不高。
在动物界中，如果除了近亲之外一时没有别的配偶选择，则常常表现为耐心地等待。例如非洲狮雌兽的一生在大多数时候是在同一个群体中生活的，它们必须接受固定的群体首领作为它们的性伴侣。有趣的是，如果作为首领的雄兽是一些年轻雌兽的生父，那么这些年轻雌兽的性成熟期就会明显推迟。如果这头雄兽的首领地位被另外一头雄兽所取代，那么这些年轻雌兽的性成熟期就会大大提前。
动物们是如何知道它们的近亲的呢？通常仅仅是依靠一条最简单的规则，即早年一起长大的伙伴通常就是家庭最亲近的成员，因此不宜交配。不过，许多动物即使原先没有接触也能分辨出最亲近的家庭成员，例如性交频繁的田鼠即使在出生后立即被分开，直到性成熟的时候才又相聚，也能认出自己的兄弟姐妹，并且采取回避措施。
许多动物虽然不能直接认出它们的亲属，但还是能够避免近亲交配。例如蟋蟀和青蛙明显地更喜欢血缘较远的性伙伴，这可能是它们能从身体气味上辨认血缘关系远近的缘故。