地球上的鱼类大约有2万多种，如何将它们分门别类地区别开来，这既是一个包含生物分类科学的严谨工作，又是一个引人人胜的话题。
我们知道，现代分类学上（包括对鱼的分类）采用的等级主要有门、纲、目、科、属、种，必要时还可以补充一些等级，如亚门、总纲、亚纲、总目、亚目、总科、亚科、亚属等。某种生物作为物种是真实存在的，并不是人为地分类划分。自然界有形形色色的各种生物，在大多数情况下，物种之间有明确的界线，而且物种是以种群的形式存在，异种之间存在着生殖隔离。
一般说来，生物进化的具体途径有三：一是由一个类群分化为两个差别不大的类群；二是向某一个体特定方向特化，从而引起形态结构上某些方面较大的变化；三是由低等到高等，由简单到复杂，所谓“复化进化”。需要特别指出的是生物的进化彼此间是相互交错的，同时还包括特化与退化两个方面。因此在分类上通常第一个途径用亚种、种、属表示，而部分属、科。目则与第二个途径相符，部分目、纲、门则与第三个途径相符，在对生旬分类时。要根据自然的情况。排列合乎实际的自然系统。
对鱼的分类方法有两种，一是按鱼的外部形态及习性等方面的一个或几个特征作为分类标准，并不涉及亲缘关系，不考虑鱼的基本结构及演化关系，这是依靠人的主观见解来划分的。另一种是依靠鱼的形态、生态、生理、发生、化石演化关系等知识来分类，这是自然分类法。随着科学技术的发展，在分类学方面还出现了一些新的方法。如细胞分类法、化学分类法、分子分类法等。
1844年缪勒第一次将鱼类列为脊椎动物的一个纲，以下分为6个亚纲，14个目。此后，雷根、古德里奇、琼丹又先后用自己的方法对鱼类进行了分类。1955年贝尔格在《现代和化石鱼形动物及鱼类分类学》一书中，将现生和古生鱼类分为12个纲，119个目，每一个纲、目、科都有特征描述，1966年格林伍德、罗逊等人依据胚胎发育、稚鱼是否变态、内部形态解剖，将真骨鱼分成3大类，8个总目，30个目和82个亚目。1971年拉斯将鱼类分为软骨鱼纲和硬骨鱼纲。1994年纳尔逊又对鱼类进行了更为系统的分类，他在《世界鱼类》一书中，根据骨骼学、系统发育学、胚 胎学、形态学、比较解剖学、古生物学及比较生物化学的原理,较为完整地对鱼类进行了分类。
目前，世界海洋鱼类分为头索动物亚门和脊推动物亚门。在头索动物亚门中的鱼种，脊索和神经管纵贯全身，终生保留，无头颅，无脊椎。无软骨和硬骨，心脏为一能跳动的腹血营。无红血球：具有肝盲囊，肌肉分节：表皮由单层细胞组成。鳃孔众多，开口于围鳃腔。原肾管分节排列，元共同管道，分别开口，具有内柱，无真正的脑，但具两对脑叶及神经，脊髓神经的上下枝不相连接。生殖腺分节排列，并且还没有化石记录。具有这些特征的鱼可在头索动物亚门序列下命名。
目前仅文昌鱼属于该亚门。脊椎动物亚门的鱼类分为：无颌总纲、盲鳗纲、头甲形纲；有颌总纲、软骨鱼纲、全头鱼豆到、板鳃鱼亚纲、肉鳍鱼纲、腔棘鱼亚纲、孔鳞鱼类与肺鱼亚纲、辐鳍鱼纲、软骨硬鳞鱼亚纲、新鳍鱼亚纲等。属于无颌总纲里的鱼最大特点是口无颌，全世界现存2科，12属，84种；有颌总纲类的海洋鱼类最早是出现于早志留世的棘鱼类。还包括软骨鱼纲（分为2个亚纲，13目，45种，170属，约846种）、肉鳍鱼纲、辐鳍鱼纲（2个亚纲，4个亚组，9个总目，42个目，431科，4075属，23681种）。
当你发现某一物种，在历史上尚没有人记载时，就可定为新种，但在定为新种之前，你要查考《动物学记录》（ZoologicalRecord）。由此书找出某一类群的文献题目，再找原文核对鉴定。当你确定新种时，同时要选择模式标本，即新种描述所确定的标本。这种模式标本一般有正模标本（holotype)、副模标本(paratype)、综模标本（syntrpe）。选模标本(lectotype）。补模标本（neotype）等。当你提出发现新种报告的时候，一定要注明模式标本保存的地点、模式的种类，以便核对。新种定名要在种名之后附上sp.nov或n.sp，意为新种。
定种人是按照优先律，谁先创立就甩谁的名字，如鲤鱼为林奈所鉴定，则标明Cyprinus Carpio Linnaeus。如果新种命名的发现者误将某新种列为另一属，或是某一属后来又分成若干属，甚至把该种移入另一属，这种原定名仍保留，但要将原建种人的名字放在括弧内。例如梭鱼ugil
haematocheila Temminck et Schlegel改为Liza haematocheila(Temminck et Schlegel)。在书写时，门、纲、目、科、属之第一个字母用大，种名第一个字母用小写。定种人第一个字母用大写，如果两个人合定一种，则在两个人的名字之间写一个et或＆表示“和”的意思。
