藻类一直是水草缸的最大危害，而其成因多半是由水中（植物）营养物质因不能被水草有效利用而造成过剩现象所引起的，再者，水中营养过剩的现象确实难以用人的感官来感受，所以藻类问题出现自然较频繁。以下以本人的所识来阐述藻类的应对政策，供各位参考。
首先，先介绍一下几种防藻生物，食藻虾（黑壳虾，虎皮虾，蜜蜂虾等），小型蜗牛（卷贝螺等），个别成长迅速的水草（金鱼草，细叶水芹）。详细介绍可参考本站文章“功用型水生生物”。
1.红藻：
症状：俗称的“黑毛藻”即是这类藻类，一般都以细毛状密集地寄生于粗糙的物体上，特别是某些植物叶面的边缘处，严重时可以覆盖整个叶面，致使水草枯萎，而这种藻也是最难根除的藻类。
对策：将寄生特别密集的植物叶面去除，放养黑线飞狐（鱼名）可以有效防止其繁殖。而其后的调理工作当然要做好，添加液肥要慎重，且因为刚解决藻类问题的水草还未进入状态，对水中营养物质的吸收能力有限，所以液肥视水草的状态而改变剂量，期间勤加兑水，防止藻类的再次侵袭（调理工作是解决所有藻类问题的基本方法，所以以下不再强调），水质好后，此藻即明显减少甚至消失。
2.蓝藻：
症状：严重时呈深绿色皮状物附着于水草叶面及底砂上，能导致水草死亡。
对策：将深绿色皮状物剥离即可。
3.硅藻：
症状：水族缸内，包括水草叶面，底砂等全部被“褐色尘状物”覆盖，用手可以擦去这层附着物，这就是硅藻。本身无毒性，对鱼类等无害，但由于附着在水草叶面，会阻碍水草叶面的正常新陈代谢作用，所以对水草危害还是比较大的。
对策：在过滤器中放一新的活性炭，过些天就看不到它了。
4.绿藻：
症状：可以是整缸水体呈绿色，能见度极低；也可以是水族缸部分位置出现绿色絮状物。值得注意的是，假如水中微量绿藻的存在使水体呈轻微绿色，但能见度仍比较高的话，这是很好的现象，这样的水质对水草生长极为有利。
对策：尽可能多地换去水族缸中的水如果形成的是絮状物的话，还要应将其去除
