在处理水质净化的过程中，我们可以使用三种不同的过滤原理及方法，这三种方法就是生物过滤法、机械过滤法和化学过滤法。
生物过滤法主要指在生物循环过滤系统中培养不依氧气生存的异氧性细菌（厌氧性细菌）和以氧气生存的好氧性细菌（自养性细菌），以氧化分解和还原分解的作用，使饲养水质达到完美理想的程度，因而称为生物过滤。生物过滤法除在七彩神仙的繁殖中应用外，海水观赏鱼的饲养也须采用此法。
生物过滤系统的培养需要经一段较长时间后才能见效，至少一周至一个月。在初期，要给生物过滤系统加入液氮等肥料，或投放一尾死鱼让其腐烂发酵为硝化细菌提供营养物。同时在滤床水中充氧，促使硝化细菌大量繁衍，使生物过滤系统尽早成熟。一旦生物过滤系统形成后，可使水族箱中的水质理化指标达到完美的标准，水质澄清稳定，鱼类生活良好。
机械过滤法利用物理的方法把水族箱内悬浮的微小物质与循环水分离，机械过滤只是一种粗过滤，依据过滤材料的选材不同，也可一定程度地起到生物过滤作用的功能。本方法是采用不同种类的潜水泵、管道泵、过滤泵以及小型滤清器等作为水质循环动力，水通过滤材的过滤和滤材上硝化细菌的生化作用后，可在短时间内使混浊的水质变为澄清，已成为水族箱中广为采用的方法。
化学过滤法主要作用是清除水质中有机氮化合物，增加水溶解氧，确保生物过滤系统中硝化细菌的生态平衡。本法主要是指活性炭过滤法以及离子交换树脂过滤泡沫分馏器过滤法，是利用滤材的特有吸附能力来达到控制水质的目的，是水族箱中常见的过滤方法。
