我国现行的农业直接补贴政策属于分项式补贴，除粮食直补外，还有良种和农机补贴，为了弥补化肥、农药、柴油等农资价格上涨对农民收入的影响，今年又增设农资综合直接补贴。实践证明，这些惠农政策确实起到了促进粮食增产和农民增收的效果，但是，我国农户数量大、规模小、每个农户种植种类繁多，分项式补贴与之不相适应，在执行中也暴露出一些问题，比如，运行程序烦琐、执行成本太高，资金分散降低激励效果，不便于监督等等。为了克服上述不足，提高粮食直接补贴的效果，应将单项补贴合并执行，实行粮食综合直接补贴政策。
实行粮食综合直接补贴政策的合理性分析综合直补可以大大减少工作量，有效降低制度的执行成本。现行粮食直接补贴的计量程序十分烦琐，要经过“丈量土地、农民申报、张榜公布、复核、再公布、甚至再复核、再公布”这样一个过程，费时、费力。据对一些县的典型调查，粮食直补的行政成本约为补贴总额的5％—10％，而且粮食直补项目中没有列支行政成本，完全由地方政府自行承担，这样地方政府感到成本很高。
综合直补能够使有限的财政补贴资金相对集中使用，从而提高政策的激励效果我国农民收入很低，种粮还是大多数农民的主要收入来源，也是影响其种粮积极性的主要因素。从激励理论来讲，激励效果取决于激励强度，当预期得到的报酬与目前个人收入相比差距较大时，才能起到激励作用。现在我国粮食直接补贴水平大约是亩均10元左右，农民普遍反映补贴标准太低。影响种粮收入的主要因素是粮食价格，补贴标准太低，如果粮价下跌，农民预计粮食补贴不足于弥补粮价下跌的损失，就会选择放弃粮食种植。同时分项补贴导致资金分散，每项补贴都很低，而且分项补贴还属于“特惠制”，不是每个农户都能享受，这就大大降低了补贴的激励效果。
实行综合直补可以减少矛盾，增强政策的灵活性分项补贴会引发许多矛盾，实际操作中往往会陷于两难境地。比如，由于分属不同的地区，一个有补贴而另一个却没有。不平衡就是不公平，不公平就会引发攀比和矛盾，政策效果就会降低。有人建议，扩大良种补贴的品种和地区范围，以实现地区间的平衡。但是究竟宽到什么程度为宜却很难把握。政策必须保持一定的连续性和稳定性，使农民形成一种稳定的预期，才能达到政策的预期效果。随着我国经济实力的增强，逐步提高综合粮食直补的水平也达到多项补贴的效果。
实行综合直补能够减少漏洞，降低监督成本目前，我国事实上的五级政府已导致政府“管理链”过长，其结果是中央对地方的两个最主要的行政管理手段公共财政政策和财政转移支付难以正常落实，层层过滤的结果是形成所谓的“漏斗效应”，致使中央的方针政策越是到基层政府，就越是变形走样，财政转移经常不能准确到位，被挪作它用。直补政策实际执行中，也是如此，无论是粮食直补还是良种补贴、农机补贴，都存在被克扣和挪用的现象，而每增加一项补贴就无疑多一个漏斗。
粮食综合直接补贴政策的基本思路根据我国农业生产情况，为保证对农民的补贴能真正落到农民手上，杜绝截留、挪用和中间环节的流失，综合粮食直补应该做到直接、简便。在补贴范围上宜宽不宜窄，实行“普惠制”，不分作物性质与粮食品种都将其纳入补贴范围；补贴核定宜粗不宜细，应力求简约，既要简便又易于农民接受：补贴渠道宜直不宜曲，减少补贴发放渠道和中间环节。为此，农业直补政策应做如下调整。
补贴目标以增加农民收入为主，兼顾促进农业生产目前，在粮食直补政策目标取向上，存在农民增收和粮食增产两种主张。2004年启动的全国性直接补贴都是地方政府决定的，各地的补贴方式都不一样，概括起来有四种方式：按粮食实际种植面积来补、按计税产量补、按计税面积补、按交纳的商品粮数量补。粮食直补客观上即增加农民收入又促进粮食增产的效果，两者相辅相成，不能割裂，概括地说补贴目标应坚持以收入为主，兼顾促进农业生产，追求农业安全，因此只要农民种地即给予补贴。
参照借鉴国外经验，采取脱钩支付方式进行补贴国外主要有四种补贴方式。(1)按出售产品数量与市场价格进行补贴。(2)按现在种植面积和固定标准进行补贴，同时限定享受补贴的总面积。(3)根据过去产量和固定标准进行补贴(脱钩支付)。这是美国和欧盟现在的直接补贴的主要方式。实行这种直接补贴，是将以往几个年份(基础)的平均生产情况作为补贴基础；每个农场所享有的直接补贴额，只与基础生产的数量和既定的补贴标准有关，而与现在生产什么、生产多少无关，也与现在的价格无关。(4)按过去产量和现在价格进行补贴(反周期支付)。以上四种直接补贴政策，以脱钩支付最佳。上述国外使用的各种方法，只有脱钩支付，不需要每年进行核查，只涉及到简单的一个计算，因此可供我们参照借鉴。
充分利用税费改革和农业普查的成果，合理确定农业直接补贴的计量基础2005年我国财政支农资金2975亿，而粮食直补、奖励补贴、良种补贴、农机补贴合计不超过230亿，仅占全部支农资金的7．7％，显然提高财政支农资金的支农率需要堵的主要窟窿不在直补资金上，对于直补资金来说需要监督的重点是粮食直补的核发过程，将直补与税改结合起来，既可以减少改革的成本，顺利推进改革，又可以对农民的取与予统筹起来，过去农业税负担多的农户，现在补贴也多，这也公平合理。
简化补贴计算方法，建立直通式补贴发放渠道每年根据国家可用于农业直接补贴的总额和全国计税总产量(计税面积与计税单产之积)或统计常产(统计面积与统计单产之积)，计算出当年单位补贴额，每个农户的计税总产或统计总产与单位补贴额之积，就是该农户可获的补贴总额，每个农户开一个账户，各个县可直将补贴转入农户的账户。
粮食综合直接补贴政策在运行中需要注意的问题影响农民种粮收入的主要因素是粮食市场价格和农资价格，为了提高农民种粮积极性、增加农民种粮收入，必须处理好粮食综合直补标准同粮食、农资价格的关系，同时要加强对补贴核发过程的监督。
建立粮食综合直接补贴水平同国家财政收入互动增长的长效机制应根据国家财政收入的增加情况，逐年增加用于直接补贴的总量，而不应根据粮食丰欠或粮价的高低频繁变动。第一，目前对农民的补贴水平偏低。第二，完全按市场价格的变动来确定补贴，在实际中也很难做到。第三，完全按市场价格的变动来确定补贴，不利于发挥市场机制对粮食供需的调节作用。从长远来看，要不断加强对农业的支持和对农民收入的补贴。
积极探寻粮食综合直接补贴水平同农资价格协调联动机制农资价格对农民收入的影响取决于农资价格同粮食价格的关系，基本上有三种情况：其一农资降价而粮价上扬，市场态势利好，此时不需要调整补贴水平；其二农资价格上涨而粮价下降，市场态势恶化，但国家由于财力所限，无法借助调整补贴解决农民减收问题，必须采取宏观调空手段，控制农资价格。从长期看，农资价格同粮食价格会趋向同步变动，这是第三种情况，也是正常的市场态势，农资价格上涨速度快于粮价上涨速度或粮价下降速度快于农资价格下降速度，农民收入都将减少，这是需要适当提高补贴水平。
进一步强化管理机制和监督机制成立专门机构以加强领导，根据执行与监督分离原则，建立中央—省—县—农户的补贴审发体系和中央—省—市—县—农户的补贴监督体系，取消市对粮食综合直接补贴的管理职能，由省委托市对所属各县进行监督，重点是审查县乡在落实粮食直补政策中的违法乱纪问题，接受农民对县乡的投诉。
