如果将IIS 5.0或IIS 4.0服务器升级到Windows 2003，IIS 6.0不会被设置成自动启动。也就是说，如果采用升级的方式安装，IIS 6.0默认是禁用的，除非遇到下列情况之一：
⑴ 以前的IIS服务器上已经安装了IIS Lockdown工具。
⑵ 存在注册子键HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\W3SVC\RetainW3SVCStatus，且它包含一个任意的注册键。例如，你可以创建一个名为EnableIIS6的键，设定它的值为DWORD类型的1。
⑶ 在无人值守的升级安装中，应答文件的[InternetServer]部分存在DisableWebServiceOnUpgrade = True/False条目。
二、支持服务
自IIS 6.0发布以来，它的某些新特性一直是人们关注和议论的焦点，成为众人瞩目的明星，但另一些Internet支持服务虽然不是经常有人说起，却同样值得关注，其中之一就是POP3服务和POP3服务Web管理器。我们无从得知微软为何不在“应用程序服务器”组件清单中列出POP3服务，但是继SMTP服务之后（SMTP服务随同POP3服务一起安装），管理员们盼望POP3服务已经很久了，他们一直在期盼着用一个简单的POP3服务来替代庞大的Microsoft Exchange Server。
统一描述、发现和集成协议（Universal Description, Discovery, and Integration，即UDDI）服务是Windows 2003提供的又一种新的功能，它也与IIS有关，但默认不安装（注意，Windows 2003 Web版不能安装UDDI）。UDDI是一种产业标准（即不是微软的发明），能够通过广告发布IIS服务器提供的Web服务——这里“广告”一词的含义与日常生活中的广告不同，它是指一种让客户程序（通常是Web浏览器）获知Web服务（通常是ASP.NET应用）各种细节的方式。UDDI仍在发展之中，但一些企业已经在内部采用UDDI，以便开发者将自己的代码发布给其他协作开发的人。有关UDDI的更多知识，可以在下列网站找到：http://www.uddi-china.org/（中文），http://www.uddi.org（英文），http://www.uddicentral.com（英文）。
最后一种重要的支持服务是后台智能传送服务，即 Background Intelligent Transfer Service或BITS。BITS是一种后台文件传输机制和队列管理器，也称作节流传输服务。BITS控制文件请求，减少带宽消耗并改善最终用户的体验。针对IIS启用BITS可保证Web服务器的服务质量，如果没有BITS，当100个用户同时下载一个500 MB的文件，服务器的带宽可能就被消耗殆尽，导致其他访问Web服务的用户频繁地遇到超时错误。如果BITS就象广告说的那样有效，可以料想它将是一种非常实用的服务。Windows 2003发布之后，按照计划，BITS还将移植到Win2K上。关于BITS的更多信息，请参见http://www.microsoft.com/windows.netserver/techinfo/overview/bits.mspx。
三、全新的内核
从体系结构上看，IIS 5.0和IIS 4.0其实是一样的：它们都是在用户模式下运行的发布Web内容的应用程序，或者在Inetinfo进程之内以System帐户运行，或者在Inetinfo进程之外以IWAM用户运行。虽然在较重的负载下，IIS 5.0也有相当出色的表现；不过从IIS 6.0开始，我们对IIS底层结构的看法应该改变了。为了使IIS不仅能够轻松地支持1000个Web网站，而且能够支持10000个甚至更多的网站，同时还要提高Web服务器的安全性和可靠性，微软放弃了原有的IIS内核，重新构造了一个。
另一个促使微软重新构建IIS内核的原因是，微软（以及其他厂商）认识到，Web服务器的性能和可靠性问题绝大部分是由于质量低劣的Web应用造成。IIS 5.0通过带缓冲池的Out of Process容器减轻这类问题。在IIS 5.0中，在Out of Process池中运行的应用一旦崩溃，一般不会波及到IIS本身，因为应用程序在Inetinfo之外的进程中运行，但运行在Out of Process池之内的所有Web应用都会终止——在默认情况下，所有的应用程序都在该池之中运行。在这种情况下，排解故障很不容易，因为要确定哪一个应用程序导致了问题非常困难。IIS 6.0将监听请求、创建和监视Web网站、运行Web服务这些不同的任务隔离了开来，这一新型体系可望解决IIS 5.0存在的问题。从理论上看，新的体系将极大地改善可用性、安全和性能；从实际情况看，根据微软和Beta测试者的报告，新的体系令稳定性和性能有了奇迹般地提高。IIS 6.0的内核体系主要建立在三个组件之上：W3SVC，http.sys，以及W3Core。
