在 Windows 操作系统中，在档案总管中可以看到 Windows 的 "树状" 目录结构。而 FreeBSD 中的目录也是像一颗树，一个目录下还有很多个目录，和 Windows 不同的是在 UNIX 系统中每一个目录都有一定用途。我们了解 FreeBSD 目录结构的用意就是让我们知道每个目录的用途，日后我们要安装新软件或使用 FreeBSD 时，能按照这种规则来做，这样一来在管理维护上比较方便，目录也会比较有条理。
以下我们就简单的说明 FreeBSD 的目录结构，您也可以使用指令 man hier 来查看目录结构说明。
目录名称
说明
/
UINX 系统的根目录，是目录的最上层。
/bin/
放置基本的使用者指令，是开机时必备的。
/boot/
系统开机时必需用到的设定。
/dev/
UNIX 系统将外围设备视为档案来管理，这个目录就是放置装置节点文件 (device node)。在 FreeBSD 5.0 以前 /dev/MAKEDEV 可以使用管理这些节点档的工具。5.0 以后这些 device node 都改由 devfs 来管理。
/etc/
放置系统的设定文件，例如使用者密码、群组等。
/etc/defaults/
放置预设的系统设定文件。请 man rc。
/etc/gnats/
gnats 的设定档，请 man send-pr。
/etc/isdn/
isdn 的设定档，请 man isdnd。
/etc/kerberosIV/
kerberos version IV 的设定档，请 man kerberos。
/etc/mail/
Sendmail 的设定档。
/etc/mtree/
目录权限的设定文件，请 man mtree。
/etc/namedb/
DNS 服务器的设定档，请 man named。
/etc/periodic/
每天、每周、每月定时要执行的设定，请 man periodic。
/etc/ppp/
ppp 的设定档，请 man ppp。
/etc/ssl/
OpenSSL 的设定档。
/kernel
开机时系统会加载的核心 (kernel)。在 FreeBSD 5.x 中，kernel 这个文件已被放在 /boot 目录中。
/modules/
Kernel 可以加载的模块，请 man kldstat。在 FreeBSD 5.x 中， 这个目录已被放在 /boot 目录中。
/mnt/
空目录，我们可以用它来作为暂时 mount 档案系统。
/proc/
系统执行中程序 (process) 数据，请 man procfs mount_procfs。
/root/
超级使用者 root 的家目录。
/sbin/
系统程序及管理工具的目录。
/stand/
这是安装磁盘上的指令。
/tmp/
暂存目录，许多程序都会需要暂存目录来存放数据。开机时会清除。
/usr/
包含主要的使用者工具及应用软件。您可以把它看成 Windows 中的 windows 目录及 program file 目录的集合。
/usr/bin/
一般的使用者指令及应用软件。
/usr/games/
一些小游戏。
/usr/include/
标准 C 语言的标头文件。
/usr/lib/
系统函式库。
/usr/libdata/
一些系统工具的数据库。
/usr/libexec/
系统服务程序 (daemons) 及工具。
/usr/local/
非 FreeBSD 所附的软件都会安装在这个目录下，我们在安装软件时最好都安装在这个目录。您可以将它视为 Windows 操作系统中的 program file 目录。这个目录中也有 bin sbin etc lib 等目录。
/usr/obj/
在编译 FreeBSD 系统时存放过程中暂存盘的位置。
/usr/ports/
FreeBSD ports 移植软件的原始程序目录，我们可以从这个目录中找到自己想要的软件来快速安装。
/usr/sbin/
可以让使用者执行的系统服务及工具。
/usr/share/
系统软件共享的数据库。
/usr/src/
放置 BSD 或其它软件原始程序代码的目录。
/usr/X11R6/
X Windows 的目录。
/var/
放置系统记录文件、暂存盘的目录。
/var/account/
使用者执行过的指令记录文件，请 man acct。
/var/at/
定时执行排程的数据文件。请 man at。
/var/backups/
系统重要档案的备份区。
/var/cron/
使用者排程的数据表，请 man cron。
/var/db/
重要的系统数据库。
/var/games/
内附的游戏纪录文件。
/var/log/
系统记录文件，我们可以在这里查看系统状况记录。
/var/mail/
使用者信件暂存区。
/var/preserve/
文件编辑时异常中止时，会将文件存到这个目录，请 man ex。
/var/msgs/
系统讯系的数据库，请 man msgs。
/var/quotas/
档案系统使用容量限制的记录。
/var/run/
记录系统开机后执行状态的暂存区。请 man utmp。
/var/spool/
列表机或邮件输出时的缓冲区。
/var/tmp/
系统暂存区，开机时不会清除。
/var/yp/
the NIS maps。
