中小企业由于其产出规模小、资本和技术构成较低、受传统体制和外部宏观经济影响大等因素，使得其在财务管理方面常常存在着这样或那样的问题。
管理模式僵化
一方面，中小企业典型的管理模式是所有权与经营权的高度统一，企业的投资者同时就是经营者，这种模式势必给企业的财务管理带来负面影响。
中小企业中相当一部分属于个体、私营性质，在这些企业中，企业领导者集权现象严重，并且对于财务管理的理论方法缺乏应有的认识和研究，致使其职责不分，越权行事，造成财务管理混乱，财务监控不严，会计信息失真等。企业没有或无法建立内部审计部门，即使有，也很难保证内部审计的独立性。
另一方面，企业管理者的管理能力和管理素质差，管理思想落后。有些企业管理者基于其自身的原因，没有将财务管理纳入企业管理的有效机制中，缺乏现代财务管理观念，使财务管理失去了它在企业管理中应有的地位和作用。
资金严重不足目前我国中小企业初步建立了较为独立、渠道多元的融资体系，但是，融资难、担保难仍然是制约中小企业发展的最突出的问题。其主要原因：
1.负债过多，融资成本高，风险大，造成中小企业信用等级低，资信相对较差。
2.大多数中小企业是非国有企业，有些银行受传统观念和行政干预的影响，对其贷款不够热心。
3.中介机构不健全，缺乏专门为中小企业贷款服务的金融中介机构和贷款担保机构。
财务控制薄弱
1，对现金管理不严，造成资金闲置或不足。有些中小企业认为现金越多越好，造成现金闲置，未参加生产周转；有些企业的资金使用缺少计划安排，过量购置不动产，无法应付经营急需的资金，陷入财务困境。
2，应收账款周转缓慢，造成资金回收困难。原因是没有建立严格的赊销政策，缺乏有力的催收措施，应收账款不能兑现或形成呆账。
3，存货控制薄弱，造成资金呆滞。很多中小企业月末存货占用资金往往超过其营业额的两倍以上，造成资金呆滞，周转失灵。
4，重钱不重物，资产流失浪费严重。不少中小企业的管理者，对原材料、半成品、固定资产等的管理不到位，出了问题无人追究，资产浪费严重。
投资无科学性
1，中小企业投资所需资金短缺。银行和其它金融机构是中小企业资金的主要来源，但中小企业吸引金融机构的投资或借款比较困难。银行即使同意向中小企业贷款，也因高风险而提高贷款利率，从而增加了中小企业融资的成本。
2，追求短期目标。由于自身规模较小，贷款投资所占的比例比大企业多得多，所面临的风险也更大，所以它们总是尽快收回投资，很少考虑扩展自身规模。
3，投资盲目性，投资方向难以把握。
