美国病毒学家2003年6月中旬指出，引起非典型肺炎的冠状病毒可能多达12种以上，这就能够解释为什么世界一些地区的非典疫情会比另一些地区更严重。
冠状病毒是RNA病毒的一种，这种病毒极不稳定，很容易因环境的影响而发生变异。研究人员已绘制出12种以上的非典型肺炎病毒的基因图，经过初步分析后认为，它存在一系列的病毒变种。研究人员表示，尽管目前还不能判断病毒是通过何种方式传播，如何使人致病以及免疫系统如何识别等，但这些病毒变种可能解释为什么在诸如香港和多伦多等地区，非典型肺炎的传染似乎更快，患者也更容易死亡。
圣·裘德儿童研究医院的病毒学家韦伯斯特说，美国和加拿大的非典型肺炎差别很大，可能是由于存在不同种的非典病毒。美国卫生官员正在几十个州对200多例疑似非典患者进行研究，但目前美国还无一人死亡。此间媒体认为，可能性之一在于，传入美国的病毒是一种毒性不强的非典病毒。
世界卫生组织高级非典病毒专家斯托赫尔也认为，不同种的病毒可能导致各地疫情差异悬殊，而且病毒常常会发生变异，特别是当它们刚刚从动物身上转移到人类时。他说，世卫组织正计划建立有关非典病毒遗传信息的中央储存库，以从理论上分析为什么某些患者比其他人更易感染、为什么在某些地区非典发病率比其他地区更高等问题。
