第一章:
“什么，还没到啊？我都等了那么长时间啦~”
“好啦，我马上就来了啊！”主角（イ－サン．ウェ－バ－）接到妹妹的电话后，使用滑板加速移动，在到一个十字路口时，被一辆高级轿车撞了下，主角的腿扭伤了，车上的大小姐，立刻走下来。查看主角的伤势，然后用魔法将其的伤治疗好了。主角被这位女骇脱俗的气质所萌到时，保安将女孩带回到了车上，离开了。
主角来到妹妹身旁，之后发生传统的＂妹妹式＂剧情，开始先去４Ｆ（电梯在正前方）
来到４Ｆ后，继续向深处走，有条通路，进去后，一人醉熏熏的走来，撞了下主角的妹妹，警觉的主角立刻发觉那人是个贼，立刻追了上去，但是小偷跳上电车，试图甩开主角，主角哪里肯放弃？立刻拿出了自己的滑板，追了上去。
主角用滑板追上小偷后，被猥锁三人众以妹妹为人质所制压，此时兽人大叔（レオ）出场，救了主角一行人．但是主角并不是很接受这位兽人，主角称自己对付那三人没什么大的问题．
主角和妹妹来到祈祷所现场．在众人为巫女所倾倒的同时，主角发现这个被称为巫女的女孩就是刚才他撞到的女孩。
在祈祷进行的中途，不知是何方的攻击向太阳系联盟（我方）发动致命的攻击，许多战舰被击沉，而主角也和妹妹在疏散途中被从天花板的大石所隔离了．
主角只能找人求援，一路上各人都在忙着救援工作，（向后方亮绿灯的门移动）．在门的另侧，主角发现了刚才救过自己的兽人大叔（レオ），主角此时只能向他求教，レオ了解情况后，立刻呼叫了救援部队，就在主角安心的同时，他头上坠落了一个奇怪的宇宙怪物．レオ拔枪时被其攻击所受伤．主角在捡起枪后立刻消灭了怪物，但这时レオ已经受伤无法动弹了，レオ把自己的装备交给主角后，就位主角做起支援的工作．主角出门后，就发现大量的宇宙生物，一路砍杀过去后（途中的宝箱里用大剑和恢复药）发现之前的猥锁三人众的其中二人，二人宣称与自己的大哥在刚才的震荡中走散了，就这样，主角获得了第一个任务，（任务有时间的因素，时间用的少，评价就越高）来到之前的地铁站后，发现了三人众中的最后一人，三人用奇怪的方式道谢后就匆匆离开了．
之后继续向前走，在石堆里的人会向主角求救，这时使用墨镜（用X键来装备，按“口”来使用）在发现蓝球的地方会有红光一闪后，再装备武器，就可以攻击石块了。
之后一直用这个方法向前走。解决几个杂兵后进行BOSS战。（BOSS不是很强，只要注意HP的恢复就能轻松解决）
解决BOSS后，兽人大叔带领救援队出现，将主角的妹妹救出后，向主角发出了加入“ガ－ディアンズ”（守护者）的请求，主角就这样加入了这个组织。
第一章结束第五章：
主角和校长正在进行格斗训练，不久主角败下阵来……主角从梦中醒了过来，也许是训练时太辛苦的原因。
修加告诉主角这次的任务是有关保护巫女的事，让主角立刻来5F的“ガ－ディアンズ”总部。
到了那里之后，从校长那里得知，原来幻视的巫女收到了恐吓信，所以在内部造成了不小的轰动，守护者组织更是派了200名成员来保护巫女的生命。
幻视的巫女所在的行星是ニュ—デイズ，没有许可证的话，是不能去的（许可证在和接待MM米那ミ—ナ对话后得到）
来到四F时，主角又遇见了妹妹露弥亚，她又吵着让主角给她带土特产……在看到卡琳教官时，露弥亚不由的发出“姐姐你和巫女阁下长的好像啊~”的感叹，但是卡琳却好像有些不舒服，就匆匆离开了，露弥亚认为是自己说错什么话的原因，主角却认为卡琳只是想去方便才离开的……
来到ニュ—デイズ的中央广场正好赶上巫女的出游，主角和修加发现一个形迹可疑的男子，正当该男子要使用枪射杀巫女时，主角扑上前将其制服；但是该男子突然自爆了，主角受了很严重的灼伤。
情急之下修加想让身为新人类的卡琳使用回复魔法，但是教官的回答着实让人感到失望，她说她无法使用魔法……此时，巫女走了过来，帮助主角进行疗伤，恢复元气的主角很高兴地和巫女聊了起来，他们已经是第二次见面了，但巫女话未说完就被人“保护”起来了……虽然这样，但还是造成身为教徒的修加对主角的巨大的羡慕……骚动后，一位身材娇好的女性新人类走了过来，原来她是卡琳的姐姐——玛亚（マヤ）说着，她就把妹妹一行人带到位于ニュ—デイズ的“ガ－ディアンズ”分部，原来她是隶属“ガ－ディアンズ”的科学开发部，而卡琳也是一改正经的脸孔，和姐姐有说有笑的攀谈起来，主角和修加发现，卡琳和玛亚长的并不是很象，头发的颜色，眼睛的颜色，耳朵的生长方向……不一会玛亚姐姐拿着自己新开发的点心来招呼大家了，说是“要是能获得人类的认同的话，发行就没什么问题了”，但是主角和修加在品尝的时候可没那么轻松了……（唉，漂亮女人作出来的料理啊……）
正当主角和修加面对人生最大危机（玛亚又端出一大盘新开发的点心）时，校长发来紧急通信：巫女缩乘坐的穿梭机坠落了，而且下落的地点还是被SEED侵蚀的地方，众人立刻展开行动。（玛亚也成为同伴了）
从支部出来后，左边是フラィヤ—ベ—ス，再向左走就是商店了（多补给下恢复道具之类的，武器这里也有些不错的）
进入ミズラキ保护区后，修加和主角发现卡琳的样子有些反常……
到BLOGA4时，面对出现的テンゴウゲ卡琳却突然倒下，她梦见了儿时与母亲在这片森林所发生的事情：卡琳的母亲被一只怪兽抓走了……
打BOSS的推荐方法：使用单手剑，装备上单手剑的技巧，就是可以将敌人打到空中的那个……一旦BOSS战在面前就使用单手剑的技巧攻击，其就会后退并倒地，这时便趁机猛砍……无伤的确是很简单的。
打倒BOSS后，玛亚告诉大家，这片森林对卡琳来说有着特殊的意义，而她当初就是在这片森林里找到卡琳的。BLOGB1时，众人又遇见了同盟军的フルエン．カ—ツ，这次他的态度比上次更加强硬，说什么也不让主角过去，但是在玛亚姐姐的“色诱”之下，还是让主角过关了。
BLOGB2：这里的景色由于SEED的侵蚀现在变得像冬天一般。
这次的净化方法是戴着眼镜找附近的红橙色圆圈，找到之后，站在上面使用玛亚姐姐带来的新开发的雷射枪进行攻击周围的冰块。
（这里的怪物会使用冰魔法）
解决4个SEED后，进入了オンマゴウグ巢穴地区（C1~C2）场景恢复成秋天的感觉。
（这里的怪物不旦会使用冰魔法，居然还会火魔法）
在迷宫的最深处，众人发现了巫女正在进行最后的抵抗，正当巫女力量用尽而倒下，众人正要上前的时候，卡琳再次昏迷而倒下，玛亚为了照顾妹妹，暂时不参加战斗。
BOSS战
推荐打法：一开始只有主角和修加二人，BOSS喜欢在空中进行攻击，只要挑整好自己的视角，回避不是件难事。
一段时间后，玛亚会加入到战斗中。
只有在BOSS落地后才能给其伤害，所以还是使用大剑。本次真正的难点其实是考虑怎么样才能使NPC不受到BOSS的飞石、吐火，落雷攻击……
战后，巫女的父亲乘着飞船来了……（来的真是时候）他发现苏醒后的卡琳的手心印有他们一族的族印……
在巫女的官邸，巫女向各位致谢；当她到卡琳面前与其握手时，一边说着：“你是我的……”没说完便失神晕过去了……
卡琳留在巫女那里寻找自己的真正身份，而主角、修加、玛亚先乘着小飞船回去了。
第五章完。第六章：
开始时校长给了主角和修加最后的研修任务，一旦完成后，他们两个就是真正的守护者成员了。
自卡琳离开已经有2周了，到现在一点音讯也没有……心情郁闷的主角回到房间后和女仆机器人对话完毕，就可以去3F的服装店去买衣服了。
这时修加发来消息说，新的教官已经来了，他现在在中心庭院的喷水池那里等……
主角来到喷水池附近只看到修加，这时突然有人将主角的衣服给偷走了，主角很快就就抓到了“小偷”，在兽人大叔（レオ）的解释下，主角很难接受这个小豆丁居然是他的新教官，小豆丁的名字是“多尼奥（トニオ．リマ）”。
多尼奥让主角立刻去5F的“ガ－ディアンズ”总部拿渡航许可证，他们三人先去モトゥブ星的タグオラ市的“ガ－ディアンズ”分部汇合。
モトゥブ星的商店里有卖魔法，只不过魔法一定要有魔法杖后才能使用。
主角来到モトゥブ星的タグオラ市的“ガ－ディアンズ”分部后，接待娘玛娜（マナ）告诉主角，这次说明任务的人已经站在他的身后了。
没想到这次说明人委托人竟然是之前在总部里见过的露舞（ルウ），以前这位女性智能机器人对主角总是冷淡加冷漠，知道现在她的态度依旧如此。在会议室，她向大家介绍了多姆林（トムレイン）博士，多姆林博士是一位专门从事研究Aフォドン的科学家。他这次来主要是拜托各位调查科学家同僚的失踪事件的，他认为这事件和宇宙海贼（ロ—グス）有关；在他所给出的失踪人员名单里，主角发现了“沃林．达凌”（ウォレン．タレン）博士。在多姆林博士从主角那里得知达凌被玛格西（マガシ）杀死后，情绪有些波动，在露舞的搀扶下离开了。四人来到カレニガレ溪谷开始这次的任务。
BLOGA1到B1中的敌人大多都是火属性的，同样会使用火球魔法，敌人一般是五个一起出现，独自站在中间是比较危险的作法。
在成功潜入后，大家来到了カレニガレ的碳坑。
这之后要用眼镜来看附近的隐藏陷阱，然后用枪将其击坠。
来到BLOGB2的最深处，主角会和猥琐的三人众再次决战。
推荐对付BOSS的方法：还是先攻击会使用恢复魔法的老大，之后的就简单很多了。BOSS的合体技比上次见面多了一着：召唤出一阵旋风，然后从中飞出许多雷电球来攻击主角，但是雷电球并不是跟踪的，所以并不要慌忙躲避，站在原地看清雷电球的飞行轨迹再回避即可。
胜利后，利娜（リィナ）的出现让多尼奥（トニオ．リマ）吃惊不已，在解决军队的BUG中多尼奥化身为巨兽与其战斗。
战斗后，利娜独自跑向洞窟的深处，多尼奥同样的追了上去，主角担心其安危，也一同跟了上去……
原来虽然利娜是多尼奥的妹妹，但并没有任何的血缘关系，因为以前他俩是同一所孤儿院的，而且多尼奥一直很照顾利娜的……
在多尼奥和主角有没有动坏脑筋的时候，两人误中了海贼的陷阱，晕了过去……
在迷糊中，主角似乎看见两个人正在交谈些什么……一个好象是玛格西，另一个似乎是海贼的BOSS泰拉（タイラ）……为什么军队会和海贼有来往？上次不是海贼偷走了Aフォドン的么……正在纳闷的主角发现两人走出房间，立刻喊醒一旁的多尼奥……但两人却无法打开自己的手铐，这时，利娜走进来帮两人松了绑。
为了证明自己所喜欢的泰拉是清白的，利娜带领二人去海贼船的仓库一探究竟
BLOGC1这里的大多敌人是BUG……没什么比较复杂的。（利娜成为一起行动的NPC）
来到仓库后，发现玛格西在拿到Aフォドン之后，立刻开始攻击泰拉，原来他的目的是使人不注意时得到Aフォドン，所以之前才要求海贼抢夺运输列车ミレ—ト4号，好让世人认为Aフォドン已经丢失……
主角看到处于下风的泰拉时，立刻上前去援助，玛格西为了让自己脱身，召唤出三台战斗机器人（グリナビ—ト）……
BOSS战：三台机器人的移动速度很快，要是不注意很容易被三台机器人夹在中间，被给于致命的攻击。
对付BOSS的方法：一开始只有两人，但之后修加和兽人大叔会过来帮忙，所以反击的时候最好就是四人同时攻击同一台机器人，武器推荐单手剑，配合好特殊攻击往往效果比较好。
战胜グリナビ—トX3后，多尼奥追上了玛格西，但是就算是巨兽化的多尼奥仍然还是不敌玛格西……
虽然很担心以前照顾自己的哥哥，利娜还是回到了泰拉身边，乘着飞船离开了。
醒来后的多尼奥为自己没有能为利娜做些什么而感到十分的懊恼。
主角回到寝室，他现在终于是真正的守护者组织的一员了……但是这时玛亚（マヤ）紧急联络主角：卡琳突然行踪不明！
第六章结束第七章：
主角回到寝室，他现在终于是真正的守护者组织的一员了……但是这时玛亚（マヤ）紧急联络主角：卡琳突然行踪不明！
主角十分震惊，答应玛亚立刻赶往ニュ—デイズ星。通讯刚结束，就有人按门铃，原来是多尼奥（トニオ．リマ）和兽人大叔（レオ）为了庆祝主角终于成为正式成员而来。但是主角现在没有时间搞这些活动，他当面就拒绝了两位的好意……
在出门不久，就看见妹妹露米亚（ルミア）在门前等着自己，原来，她也是和之前两人同样的来意，但是她想开个PARTY来庆祝，主角来不及和她解释，匆匆的道了个歉就直奔宇宙月台了，这使妹妹气得直跺脚。
到达ニュ—デイズ星“ガ－ディアンズ”分部后，主角看见修加（ヒュ－ガ．ラィト）和玛亚已经在等他了，听修加说，这次委托人又是大来头，原以为又是校长的主角进入会议室后，惊奇的发现站在面前的不就是卡琳（カレン．エラ）教官么！？但是主角很快就发现，这位“卡琳”的瞳孔的颜色和真正的卡琳不同。
原来她正是幻视的巫女弥丽（ミレイ．ミクナ），她其实是卡琳的孪生妹妹，她告诉三人，姐姐卡琳被带到了シコン群岛，希望三人能将自己刚重逢的亲人找回来……而这次诱拐的黑手就是自己的父亲——ドウギ．ミクナ……
四人来到シコン群岛后，战地商人布鲁丝（ブル－ス）带来了玛亚所要求的带步机器（相当与摩托艇）第一个区域就要靠这东西穿过，水中的黄色小凌型方块是加速装置，想得到高评价的话就一定要将其全部一口气得到。
BLOGB1：弥丽说起了这两周同姐姐过的日子，她俩虽然刚刚相认，但是聊得十分投机，经常聊到深夜，对主角，卡琳也是经常提起……但是修加的话就相对很少了……
BLOGB2：要将途中的箱子破坏，敌人才会出现。
BLOGC1：对之前救巫女时的BOSS——オンマゴウグ
BOSS：连名字都没换，打法也同样不变；在它扔石块石应该躲在其身后，这样等它降落后可以一阵猛砍……
战后，弥丽有些不适，说是感到了姐姐的感受，所以才有这种情况。
BLOGD123：主要是注意区域中的双剑骑士，其攻击的冰冻效果实在是比较无耻（被冻住的可能性十分高），要是没有很好的耐冰装备的话，就在其出招前离它一定距离吧（出招前它会向上小跳一下）
接着四人来到了“旧ハクラ寺院”，据弥丽说现在这里是研究魔法的设施。
BLOGA1、2区域：主要是些会自爆的机器人，最好使用速度快的单手剑，大剑虽然能造成敌方多处伤害，但是速度慢的致命弱点在这里一定会使人吃苦……
BLOGA3：修加拖住警卫人员，主角三人继续向前走去。
主角来到ドウギ的书房，弥丽发现了父亲与海贼之前秘密买卖的记录，这使她感到十分的痛心，她认为自己只是一个为父亲赚钱的机器……BLOGB1：众人离开房间后，正好撞上巡逻的警卫，弥丽虽然亮出真身，但是警卫根本不相信她的话；没办法，只好硬上了。
BLOGB1，2：有些通路在边缘的地方。
BLOGC1：众人终于赶到卡琳的所在地，而这时弥丽的父亲ドウギ．ミクナ正在做奇怪的仪式，卡琳渐渐的浮了起来……大家上前试图阻止ドウギ，但是ドウギ告诉众人，世界上的巫女只能有一个；如果有两个的话，她们的力量就会被平分。所以他现在要杀死自己的女儿卡琳，使其的力量转给弥丽。
但是弥丽完全不同意这种惨无人道的做法，主角更是不允许这种事的发生！在冲突过程中，ドウギ竟然对自己的女儿弥丽痛下杀手。这时，修加带着星零的神官卢慈（イズフ．ルツ）赶来，要求ドウギ立刻就范。但是被私欲缠绕的ドウギ坐进了机器人里，和主角进行最后的挣扎！
BOSS：ドウギ机器人，会瞬间移动，但是攻击力不是很高。
对付BOSS的方法：在其出现的时候立刻饶到其的身后，让它卡住角色；这样，不管它怎么转，主人公总是在它的身后，攻击中一直按着R1不放，用单手剑以及特殊攻击攻击它，很快它就撑不住了。
战后：ドウギ机器人倒下了，随之而倒的不只有ドウギ的野心，弥丽的生命也即将逝去……刚刚清醒过来的卡琳无法平静的接受这个遗憾的事实，在其妹妹的美好祝愿后，弥丽永远的闭上了眼睛，尽管卡琳失声痛哭，但是那个可爱的妹妹却再也回不来了……
过了些日子后卡琳辞去了守护者的工作，因为这里不能没有“幻视的巫女”，而妹妹又是为了自己而死，在确认主角的实力后，她放心的离开了……
但是“从今天起，卡琳．爱蓝已经不在了，现在的我只是幻视的巫女弥丽。”这句话深深地印在主角的脑子里。是放心，还是失落？主角的心情渐渐地又复杂起来……
第七章完第八章：
这天晚上，有只SEED从宇宙深处撞击到了殖民星上……
此时的主角已经是个正牌的守护者了（ガ－ディアンズ），他现在正在执行清除食料区域的SEED蠕虫。通过BLOGA1后，在BLOGA2和兽人大叔（レオ）和多尼奥（トニオ．リマ）会合。
将BLOGA3中的SEED蠕虫全部清除后，任务就完成了。就在主角离开时，听见了“实验成功了……”之类的话语，当他凑过去才发现，通话的是竟然是老校长，ルカィム．ネ—グ。
回到寝室后与机器人比特对话后离开，在门口遇见妹妹露米亚（ルミア），她称自己要去参观巫女的出行……
主角想让修加（ヒュ－ガ．ラィト）一同前往ガ－ディアンズ本部，但是他称自己有事脱不开身不能来了……
主角来到5F的ガ－ディアンズ本部，发现校长正在这里，主角立刻上前质问上次的神秘通话事件，校长并没有直接告诉他答案，而是让其去总裁室、直接与总裁奥贝尔（オ—ベル．ダルガン）交谈。
来到总裁室，发现多姆林（トムレイン）博士也在这里。多姆林博士向主角承认，昨天晚上的事故的确是一场实验。实验证明了SEED是受了Aフォドン的吸引而过来的，为了证明自己的假说，多姆林博士要去バルム星的废墟之城去做个更大的实验。但是主角很反感这种被人当作实验老鼠的做法，不过在博士和总裁的邀请和从大局的角度来考虑，主角最终同意了参加这次行动。
原来奥贝尔总裁是主角的父亲以前的同伴，而这次任务意味着他多年来的研究结果，同样决定着グ—ラル太阳系的未来。第二章：
主角早上被自己的女仆机器人（璧特）叫醒，由于自从上个事件已经过去了3个月，而主角在这段时间通过了新兵训练，这次要去“ガ－ディアンズ”总部报道。
“ガ－ディアンズ”总部在殖民卫星的5F。
注：殖民卫星的各层楼安排。
1F：大厅，以及主角休息的地方。
2F，3F：商店街
4F：宇宙艇月台
5F：“ガ－ディアンズ”总部
主角来到接待处，一阵寒暄后，接待MM给了主角去バルム的许可证。来到4F的右上角（面对楼梯时），就是开往バルム星的宇宙艇的月台。
主角来到バルム星后发现虽然这颗行星曾经受过致命的攻击，但是仍然发展成了高科技的现代化行星。首先去城市的东区，到最深部的“ガ－ディアンズ”分部去报个道，接待MM说主角的搭档已经在城市的西区（商店街）等着他了。
来到城市的西区，发生剧情后，カレン．エラ（卡琳）和ヒュ－ガ．ラィト（修加）成为同伴。（当然要上前去选“邀请加入队伍”这一项）
主角（イ－サン．ウェ－バ－）三人来到位于东区的フラィヤ—ベ—ス（门前有个CAST妹妹站着的就是），从这里可以选择要进行的任务。
一段CG过后，众人来到来风（ラフォン）草原，发现一辆卡车，里面装着些饲养的家禽，此时任务主诺露菲（ノルフィ）出现在大家的面前，她（它？）告诉主角一行人，在SEED的攻击后，牧场里的家禽有些被侵蚀了，变得狂暴化，原来牧场的主人也在上次的灾难中不幸去世，而现在是原牧场主的儿子咯拉姆（カラム）不见踪影，心急如焚的她只能向ガ－ディアンズ求救……众人在了解情况后立刻出发了。
BLOG—A区的敌人只是些变种的家禽而已，只会进行普通的攻击。出门前，露舞（ルウ）要求主角让玛亚（マヤ）参加这次行动，自己先去バルム星的分部等他，说完就离开了。
主角来到四楼发现自己的妹妹正和修加走在一起（原来之前所谓的没空就是指这个啊），主角试图阻止自己的妹妹和修加一起去约会，但是最终没能成功……
在月台前的主角发现露舞从里面走了出来，好奇的他上前询问的时候，回答却是一如既往的冷默和奇怪“有什么事情的话，就去问那边的露舞好了，我还有调查任务……”在说完这莫名其妙的话后，露舞就离开了。
主角来到バルム星的东区，遇见玛亚后两人来到ガ－ディアンズ分部，这里的露舞声称自己很早就在这里等着他们两人了。
这次的任务是去旧メルヴオア市街，（旧メルヴオア市街曾经是非常繁荣的城市街道，但是18年前的未知性的大爆炸[メルヴオア．エクスブロ—ジュン]使这里成为一座名副其实的死城）以及保护好多姆林博士和他的实验正常进行。
补给好装备就可以去フラィヤ—ベ—ス了。
三人先是来到了メルヴオア市街的郊外，这里是和另一名同伴会合的地点，第四名同伴的名字是コウ．タラギ，是玛亚以前的导师；但两人的关系看上去并不是那么简单的师生关系，从玛亚与其说话的语气，主角感到这之间一定有些故事。
地下通道BLOGA1：タラギ教授说自己虽然从事研究多年，但从来没有来过这里的地下设施。
地下通道BLOGA2：タラギ教授和玛亚边走边说些主角完全听不明白的话，而露舞只是一昧的催促大家尽快赶路；这时突然出现有个机器人，而这些机器人タラギ教授认为是エンドラム机关跟踪他，而设下阻止他们前进的。攻破后，进入BLOGB1地区。BLOGB1：打开附近的9个制御开关。（有些开关藏在箱子的后面）
BLOGB2：同样打开附近的9个制御开关。タラギ教授口中的小声唠叨，被玛亚所察觉，她认为博士一定有什么东西在瞒着自己。
BLOGC1：主角一行人以为终于走到安全地带时，却发现前面的路完全被突然出现的军用机器人所挡住了。正当主角要将于其开战时，露舞使用了自己的秘密武器——从殖民星上直接传送武器，火力全开、将敌人一并消灭干净。回答了主角的问题（你那个超酷的武器是从哪里变出来的啊？）后，还不忘反嘲主角一下：“你的话，是不可能做到的。”
BLOGC2：击倒SEED蠕虫就可以突破这里了；这里的SEED蠕虫多了“潜地”的攻击方式，还会使用火球攻击我方，单手剑的特殊攻击能给它带来比较高的伤害。
走出地下通道的主角一行人，来到了テネス湖畔旁，这里就是18年前那场大爆炸的中心地点。
而在这テネス湖的底部沉睡着“雷利克丝（レリクス）”遗迹。为了和多姆林博士合流（现在有守护者的其他成员保护着），众人顺着采掘通道来到了遗迹。
进入BLOGA1区后，要尽快和在动力制御室多姆林博士会合，所以路上所遇到的怪物最好是速战速决，大剑的特殊攻击的等级要是比较高的话再配和双头剑的更换，的确能给我方赢得更多的时间。
突破BLOGA2后，主角众人终于赶到了动力制御室。
博士认为雷利克丝遗迹本来就是为了对抗SEED而建造的封印装置，而其中心则是被称作デニゲア之门。
博士在此时向主角解释了一些有关这次实验的问题。原来，在18年前，多姆林博士和沃林．达凌（ウォレン．タレン）博士还是同伴的时候，就在这里研究Aフォドン这种能量了，在当时，这种能量被称为“新能量”来研究的（而现在却在雷利克丝遗迹里大量出土），在很长的一段时间里，在那地下通道里作出了Aフォドンリアクタ，当时就在要启动实验的时候，一人一时的大意，能量流入过多，使装置超负荷运转而最终导致其失控，就造成了当时的惨剧。（18年前那场大爆炸メルヴオア．エクスブロ—ジュン）。
博士他们所在的研究所设有强力的保护罩，所以才躲过一劫；为了不引起过大的事端，官方称其是一场爆炸原因不明的事故，将知情人全部软禁起来，而有的象达凌博士那样的被监视，还有的则是被暗杀；多姆林博士由于被守护者所救所以才能够活到现在。
然后，制御装置终于被启动了，SEED的着陆引起了不小的震动。看来SEED们果然是受了Aフォドン的吸引才过来的，SEED蠕虫会向能量中心点不断的进攻；为了能使デニゲア之门启动，多姆林博士决定去中央制御室进行对能量的直接操作，将能量全部集中起来。タラギ教授和露舞则在原地保证能量的正常输出。
记录点附近有战地商人，而且这时向记录点反方向的门走去，是可以回到ホルテス市的。回来时只要选第一个任务就可以从这里（动力制御室）继续任务的。
BLOGB1、2：在狭窄道路里的大块头剑士，不容易和它迂回作战，多多利用双头剑的特殊攻击，可能会轻松许多。
BLOGC1：记录点
BLOGC2：BOSS战BOSS：是一只冰火属性的双头龙。口中的冰块很容易将人物给冻住，其尾部的攻击力虽然不是最高，但是一旦是被冻住的情况下的话，那就比较危险了；其地震攻击，会使角色一段时间内处于“硬直”状态，除了离开些距离外没什么特别的方法。
推荐方法：龙的脚后跟（中间的那跟指头附近）是它的盲点。不论是冰块还是火球，一般都不会打到这个位置，躲在这里攻击唯一麻烦就是——在其进行旋转（地震）时，要溜得特别快……
终于抵达了中央制御室，博士一边操作着，一边解释着，其实博士一直在研究Aフォドン、SEED、雷利克丝遗迹三者背后的关系，而被称作デニゲア之门的东西也埋藏在这里……这时候怪物突然出现，而博士则认为他的假说成立的话，“封印”的力量会救出大家的。突然，从テネス湖的底部伸出了一个巨型的建筑物，其发出的波动使怪物消失了。这就是博士所说的“封印”的力量么……
等三人回到刚才的动力制御室，发现这里谁也不在了，主角在地上发现了露舞的帽子……难道说他们遇到了不测？主角的心不由的揪了起来……
可是多姆林博士认为是エンドラム机关将众人捉走的。因为身上所持有发信机，而多姆林博士拥有接收定位器；很有可能是タラギ教授故意被其带走，通过自己的发信机告诉他人自己所在的位置。而其的所在地很有可能是和被拐走的其他研究Aフォドン的科学家所在的地方……听到这里，玛亚不禁黯然泪下……
第八章完第九章：
玛亚（マヤ）接过主角手中的接收定位器，独自一人前往信号发源的地方，去营救タラギ教授……她拒绝了主角同行的请求，因为这是她自己私事、和守护者组织的任务完全没有关系，而且这时主角有新的任务——帮助多姆林（トムレイン）博士。不知道这次多姆林博士又有什么新的实验？
先回到殖民星中主角自己的房间，与机器女仆对话后来到5F的“ガ－ディアンズ”总部。
之后向接待MM对话，弥娜说多姆林博士和露舞（ルウ）已经在会议室里面等着了。露舞？她不是和タラギ教授一起被エンドラム机关的人捉走了么？怎么会在里面等着？主角带着一堆疑问走进了会议室。
走进会议室，主角惊喜的发现露舞真的站在自己的面前，欣喜的主角正为她的安然无恙而高兴时，露舞则是表现的和往常一样，“你好，初次见面……”这句话使主角更加奇怪了，怎么会是“初次见面”呢？刚才还是一起战斗的伙伴啊……
露舞告诉主角，露舞是一种量产型的CAST，站在这里负责说明的是256号露舞，被捉走的则是178号露舞，而现在失踪的露舞（178号）发出的救援信号是在モトゥブ星的沙漠中，而タラギ教授则在一开使就与其被分开了，而那边的露舞的体内中有博士需要的数据，而且现在她的机能似乎出现了故障，与这里的露舞失去了联系，如果不尽快回收的话，其将物理上的毁坏，无法进行维修了；所以博士让主角这次来就是要让主角去モトゥブ星的沙漠把失踪的露舞尽快带回来。而这次几个队伍的成员已经在タグオラ市的“ガ－ディアンズ”分部等着主角；这里的露舞（256号）是负责说明的；在タグオラ市的露舞是负责战斗的……和露舞对话后得知，她们心中的数据以及信息都是共享的，当然也是即使更新的；不过就是由于这点，处理信息量太大；如果还要处理“感情”这项究极复杂的数据的话很可能导致自己当机（也就是死机），所以在设计的时候，就没有将这项功能放在露舞体内。（那就怪不得露舞说话时总是那么按逻辑，那么冰冷了……本来就没那功能么）
和门口的露舞对话，她会帮助主角联络タグオラ市的露舞，叫其加入主角的小队。
来到モトゥブ星的タグオラ市的“ガ－ディアンズ”分部，发现兽人大叔（レオ）和多尼奥（トニオ）以及这里的露舞已经等候多时了。（和露舞选择对话可以了解到这里的露舞是905号，但其机体真正的数量是作为秘密，所以不能告诉主角……）
之后大家来到了フラィヤ—ベ—ス，选择“搜寻露舞”的任务。
快到目的地的各人所乘的飞船突然受到了エンドラム机关的攻击，眼看就要被击坠时，海贼船ランディ—ル号突然出现，尽管有ランディ—ル号的强力反击，主角所乘的飞船还是受到了损伤，迫降在茫茫的沙海中；而ランディ—ル号也同样受到了一定程度上的伤害……
BLOGA2：摔的够呛的主角困难的站了起来，不过想要在这么炎热的沙漠里前进恐怕是比较困难的，这时候多尼奥建议大家捉一种名叫ルンガ的野生动物，这种动物生性比较温和，容易被人亲近，但是要骑上他的前题是……要先捉到它。
BLOGA3：要点是仔细注意大地图。
BLOGA 4：向可爱的ルンガ挥手告别后，露舞接收到了失踪的露舞所发出的救援信号，只要穿过面前的这群山洞就到了。东ク—グ沙漠，洞窟BLOGA1：没什么很特别的怪物，都是以前遇见过的。如果看见小型飞龙的话，当它两脚发出红光后就意味着它要降落了。
东ク—グ沙漠，洞窟BLOGA2：基本对怪物和前面没有什么太大的差异，遇见小型敌人时可以使用大剑进攻。
出口：发觉岩石后面有人的动静，凑近一看，原来是猥琐的三人组，他们好象正在找人，当从他们口中得知利娜（リィナ）在刚才的攻击中失踪的情报后，多尼奥不顾“无心娘”（露舞）的反对，立刻与三人寻找利娜的下落去了。
少了多尼奥之后，就只有3人一同行动了；但此时露舞感到有敌人……将那几个废柴料理后，露舞认为已经十分接近救援信号发源地了……她催促着众人立刻行动。
东ク—グ沙漠BLOGB1：敌人大多都会进行火魔法的进攻，但是还没有达到“疯狂”的地步。在迷宫后期的巨型双角兽的重拳是有吹飞效果的。但是用双头剑的特殊攻击对付它却是很不错的一种方法。
东ク—グ沙漠BLOGB2：敌人的数量明显比上个区域的要多，被围在中间的时候最好能够使用一下子突出重围的攻击技巧或是能攻击周围一圈的敌人的攻击技巧。
经过一段漫长的徒步战斗，终于来到了东ク—グ沙漠BLOGB3，而露舞也确认失踪的露舞就在这里。主角向周围环视了一下后，发现这里除了些飞行器的残骸外，没有什么特别的东西了，难道178号露舞已经被解体了？
露舞指向不远的沙堆，“就在这里”。话音刚落，主角和兽人大叔立刻用手在灼热的沙子寻找遇难的露舞……很快，两人似乎发现了什么，他们加快了挖掘的速度。没错，的确是露舞，从少了帽子这个角度来看，她的确就是上次与主角一起保护タラギ教授的那个露舞……虽说从外观看，没有什么异常的，但是其内部的回路实际上已经是一团糟了，如果不尽快维修的话，她体内的数据不但无法传输，连其本体可能也成为一堆废铁。露舞回收了178号露舞的BODY后，传来了多尼奥的通信，原来他那边人手不足，希望有人可以去支援他一下。热心肠的主角立刻答应，但被满口规矩的露舞拦了下来，她告诉众人，如果他们现在不离开的话，生存率是十分低的……刚说完，天空中出现了エンドラム机关的战斗机器人，其向主角进行了炮击……虽然大家没怎么受伤，但是露舞似乎有些得意“瞧，我说的吧，不回去的话，生存率是十分低的……”；当然了主角根本不会去理会这些，同伴有需要的时候，怎么能不伸去自己的援助之手？尽管露舞无法理解众人为何如此执着，尽管她口中如何的碎碎念，她还是和大家一起去了……
东ク—グ沙漠BLOGC2：大家看到多尼奥四人正在推一块飞船残骸时，都纷纷上去帮忙，而露舞只是在一旁冷冷的看着……她并不是真的冷血，而是她发现利娜其实倒在了另外的残骸下面……
在救出利娜后，大家正庆幸利娜没有受伤的时候；露舞告诉大家，非得回殖民星不可了，因为刚刚回收的露舞体内的记忆单元开始不稳定起来……不过主角所乘作的飞船在刚才的袭击中已经坏了，主角提议将露舞带到海贼船ランディ—ル号上进行维修。但是露舞却说守护者组织的人上海贼的船是一种违反规定的做法，但是在这种关系到同伴的生死的情况下，可能只有遵循倒规的CAST（机器人）才会认为这样做不合理吧？
正在露舞犹豫不决的时候，刚才出现的战斗机器又出现了，兽人大叔以及猥琐三人众负责引开它的注意，好让主角立刻护送露舞去海贼船ランディ—ル号上进行维修。
现在同行的人是多尼奥，利娜以及露舞。
东ク—グ沙漠，洞窟BLOGB1：露舞告诉主角，178号露舞的后备电源本来还可以撑几个小时的，但是在这种山洞里，可能会变得十分不稳定，成功将其送达到目的地的机率十分低……但是她的话被主角打断了“你怎么可以对你那需要救助的伙伴说什么成功率很低的话？这个时候你应该对她说“放心，没关系！加油，挺住！”之类的话。”而露舞却不以为然，她说作这种“非科学”的事情是毫无意义的。“如果连自己都不能相信的话，那么就不可能去改变什么吧？”主角的话使露舞感到很不可思议、因为在她的记忆库里，还没有谁对她讲过这样的话呢……
通过东ク—グ沙漠，洞窟BLOGB2后，四人终于来到了海贼船ランディ—ル号上……将露舞安顿好后，本来想让多尼奥和利娜单独聊聊的ョ此时海贼的头领——泰拉（タイラ）走了进来，刚和主角打个召呼后，发现之前エンドラム机关的战斗机器人。主角发现原来是玛格西（マガツ）在操作着这台大型机器人。
BOSS战：BOSS和之前打过的ドウギ机器人一样会瞬间移动。但是它具有两种形态，需要注意的是在第二种形态时它的底盘是有攻击判定的。
推荐打法：在其第一形态时和上次一样，饶到后边进行攻击。在其到第二形态时只能攻击它的手臂了，而且手臂只有在它进行发炮时才能攻击到，所以选择速度型的双头剑的特殊攻击，以及双手剑的特殊攻击都是不错的办法。战后
失败的玛格西从中间跳了出来，试图与主角进行最后的死斗，但它怎么可能是主角和泰拉的对手？在其被利刃穿胸后，以自爆结束了自己的生命。
178号露舞的电源被接通后，将体内的资料由面前的露舞转传给了在殖民星上的256号露舞……“178号露舞你已经完成了你的使命，不久你将会被处理……” 露舞说出这句残酷的话触及了在场的每一个人，特别是利娜，她完全不可理解，为什么要把自己好好的同伴就这样处理了呢？“别理她，不论你怎么对这个CAST说，她都是不会改变的！”多尼 奥一边拦着生气的利娜，一边也在埋怨这个冷血的家伙。主角想知道为什么非得这样做不可，而露舞直爽的回答让他感到哭笑不得“她体内的有用的数据已经完全上传，她的使命已经完成，为什么不把她处理掉？”主角也知道露舞是量产型的，维修一台没有使用价值的机器人的确是一种浪费……在主角离开房间后，躺在桌子上的露舞可能是机体内部破损的缘故，也可能是知道自己可悲的一生的缘故……流下了她生命中第一滴、同样是最后一滴眼泪……905号露舞为其拭去了泪水之后，又轻轻地合上了她的眼睛……“辛苦你了，请你好好的休息吧……”也许在刚才那一刻，心灵相通（数据共享）的露舞感受到了178号的露舞的心情的缘故，心中也在隐隐作痛吧。
第九章完。BLOG—B区的敌人明显变多，开始难缠起来，有的小型飞龙一旦飞在空中就很难攻击到了，只能等其降落后才可进行攻击。
三人在行进途中遇到了在这里执行清除的CAST部队，其队长对人类和新人类并不是很友好。但在卡琳教官的要求下，他还是同意让主角寻找走矢的孩子——咯拉姆（カラム），继续往前走，空中突然坠下了SEED，整个牧场突然变成了一片火海。此时卡琳教官告诉主角净化SEED的方法。
使用之前就有的墨镜，找出SEED周围小的黄色小球（黄色小球只有在墨镜下才能发现）发现后，同样是红光闪过后才能净化，不过使用的道具是教官刚给的电磁枪（在道具箱里，选中后放到预备装备栏里，然后按“X”装备）电磁枪NPC同样拥有，也可以将NPC带到黄球旁，其就会自动使用净化了。
主角此时发现了叫作“雷利克丝（レリクス）”的遗迹。
BLOG—C这里的怪物有的会使用火焰魔法。
净化几只SEED后，众人终于发现咯拉姆的踪迹。但是咯拉姆似乎误会了众人来意，以为主角是要将他父亲的家禽全部杀死，他没有理会主角，一个人向牧场深处跑去了。
主角在牧场深处发现了一个巨型的怪兽，好象是因为被SEED侵蚀过于份，所以变得异常残暴。（推荐使用大剑，一次可以攻击敌人三个位置，但是要时刻注意它的攻击，其震飞攻击的范围有些霸道……要回避的话，尽量趁早）
战斗结束后，咯拉姆哭着跑着来护着变种怪兽，但是变种怪兽根本无视咯拉姆的存在，主角此时立刻将怪兽引开，将其使撞到石壁而死。
就在咯拉姆伤心时，雇主诺露菲（ノルフィ）来到大家这里，想安慰下咯拉姆，可是咯拉姆完全不接受这个智能机器人（CAST）的感情；诺露菲对自己无法成为咯拉姆的亲人而内疚，在卡琳的劝说后，她终于将咯拉姆抱在怀里，任其在自己的怀里放声哭泣……
第二章结束。第十章：
机器人主持人ハル正在主持她的新闻节目（太空频道5，SEGA，你是故意的吧），这次新闻的主要内容有：
守护者（ガ－ディアンズ）组织的总裁，奥贝尔总裁（オ—ベル．ダルガン）将同盟军的エンドラム机关的绑架研究Aフォドン的科学家的内幕全部都公布，而同盟军的官方人物则说这起事件和它们完全没有关系，因为它们在很久以前就已经解体了。它们现在和エンドラム机关的人毫无瓜葛。
第二条消息是关于太阳黑子的急增的，有关科学家认为这个现象与バルム星上出现的被称作デニゲア之门的东西有直接的联系。
露舞（ルウ）从房间里出来告诉了主角178号露舞没有成为预想中的那样被处理，而是被再生修理了。在主角感到欣慰的时候，露舞向主角道谢；这使主角很意外，原来露舞也会向别人表达自己的感受的时候啊？但是露舞的解释又让众人乍舌“我刚刚所做的不过是形式上的说说而已，并不是来自内心的感受”，其实主角可以理解她的这句话，因为就象露舞自己说的那样，她是没有“心”的。
这时候露舞接收到了新的信息，她告诉主角，叫他立刻回殖民星上的总裁室，奥贝尔总裁有些事情想找他商量。主角想既然总裁室那里也有露舞，而其的数据又是互相相通的，何不现在就问问其本人关于这次去总裁室的目的？但是露舞很抱歉的声称不能告诉他，虽然数据是共享的，但这终究是秘密任务，所以详细的信息只能到了那边才能告诉主角……虽然露舞的连续的“请原谅，很抱歉”让主角不太适应，但是他觉得露舞尽管有道歉的癖好，但也是她可爱的一面。主角来到回殖民星上“ガ－ディアンズ”总部，和接待员MM对话后就进入了总裁室，在这里果然遇见了露舞，她告诉主角自己是24号，而且现在应该是与总裁对话才对……奥贝尔总裁告诉主角，在バルム星和モトゥブ星都找到了遗迹，但是在ニュ—デイズ星上还没有发现；他希望能够借助“幻视的巫女”的能力将遗迹找到。但是星灵主长卢慈（ルツ）不太可能会同意，因为这么做可能会影响巫女大人的身体健康。所以奥贝尔总裁想拜托主角，以个人的名义去请求卡琳完成这项能够拯救グラ—ル太阳系的任务。而能说动卡琳的只有主角一个而已。而且这个任务一定要尽快完成，因为一旦错过“合之时”之后，一切的计划都将成为泡影。
什么是“合之时”？主角对这个新名词很好奇，这时奥贝尔总裁请出“万能资料库”——露舞，来解释他的疑问。
守护者组织在18年前的大爆炸后就将多姆林（トムレイン）博士保护了起来，他就从那时开始研究Aフォドンリアクタ，在SEED袭来后，他分析了雷利克丝（レリクス）的内部资料。结果发现在遥远的过去，那时候的文明就有使用过Aフォドン的记录了；而且还有用其对抗SEED的记载，那场战争被称作“封印战争”，而封印战争里的主要装置——封印装置就是之前从テネス湖的底部伸出的一个巨型的建筑物，它被称为“ナノトランス”三颗行星上各有一台这样的装置，而这个装置拥有极大的力量，可将SEED蠕虫一并送到歪曲空间里。如果是三颗星球上的ナノトランス同时运转的话，就可以在其中央做出个巨大的歪曲空间，将グラ—ル太阳系中的SEED全部封印在里面。只不过，只有在三颗行星运转到其互相间的距离相等时（等边三角型）才能启动这个究极的封印装置。而这，就是所谓的“合之时”，而那个时机就是在下个月。如果错过这次时机的话，那么又要等上好几个世纪了。
奥贝尔总裁告诉主角，请他务必要说服星云主长，主角向他诚诺，他一定会保护好グラ—ル太阳系的。刚从本部出来的主角，在门后发现了自己的妹妹露弥亚（ルミア），她说自己是来递交入伍支援书的；因为她不想单单地坐在那里被保护，她也想和大家一起去保护グラ—ル太阳系；但主角害怕她受到伤害和遇到危险，所以绝对不允许她作出这样轻率的决定。但是妹妹不了解哥哥的心情，一气之下扭头就跑。
主角来到ニュ—デイズ星。
来到グラ—ル教团．升空殿（门前有粉红色的环的建筑物）
进入后主角和星灵主长卢慈（ルツ）开始商量这个问题。但是卢慈完全不同意这种做法，这个时候カレン．エラ（卡琳）走了过来并说服了卢慈，她就前往グラ—ル的圣地。（就是要进行幻视仪式的地点）
主角出来后，立刻与露舞进行了通信，告诉她自己成功的拜托了卡琳后。露舞随即将这条信息上传给位于殖民星上的24号露舞，她告诉主角她会和多姆林博士将在グラ—ル的圣地前与他回合。
与门口的露舞对话，可以邀请24号露舞加入自己的队伍。
去フラィヤ—ベ—ス选择任务。
来到アガタ群岛后，与卡琳合流，主角和卡琳、露舞一起行动。
アガタ群岛BLOGA2：这里的敌人差不多都是冰属性的，如果HP到一半的话就是一件很危险的事。因为一旦被冻结后，就会被敌人猛砍。
アガタ群岛BLOGA3：主要要小心里面的双剑骑士，其的地震冰属性攻击更是让人叫苦不迭。
アガタ群岛BLOGA4：这里的敌人在快要被消灭时（HP即将为0时）会疯狂使用吹雪攻击。
突破森林地区后，来到了コクラ寺院。主角一行人发现原来适合人们居住的寺院现在由于SEED的侵蚀已变成一片冰天雪地的世界，卡琳告诉主角这里本来是为了欢迎从远方而来到圣地朝拜的人所修建的，但是没想到会变成这个样子；圣地的名字叫アガタ．レリクス就在这所寺院的后面，只要穿过这里就能够到达了。コクラ寺院BLOGA2：这里的敌人还是会使用吹雪攻击，如果一旦被包围，最好立刻使用能突出重围的特技（例如双头剑的钻头冲刺等）
コクラ寺院BLOGA3：这里有长得象剑魔的大型怪物，在它进行旋转攻击时最好能离开他一定的距离。
穿过这里的冰雪之寺后，终于来到了グラ—ル圣地。多姆林和露舞先要进去做些准备的工作。主角终于有时间和卡琳单独相处了；卡琳见主角和自己对话时有些拘束，为了让他能自然点，就告诉主角在只有他们两个人的时候，可以称呼她为卡琳而不是“巫女”大人……两人开是聊一些日常工作的事情，似乎卡琳这些日子过着和过去完全不同的生活：安抚受到惊吓的民众，以及会见政客高官之类的……这次任务主角他不仅仅是为了保护“巫女”，主角他保护的还有这个太阳系的未来，更是在保护对他来说最重要的人……在他俩聊的开心时，一只カガンバリ跳了出来。
BOSS战：カガンバリ并不强，在它展开防御罩时，不要轻易地靠近，它那五角型的防御罩是具有攻击判定的。
推荐打法：个子大的BOSS（不会飞）一般都有行动缓慢的弱点。而正面就是它的强势所在，不能和这种怪物拼HP。而在它展开防御罩时，只有饶到它的背后攻击才会有效果。武器的特殊攻击吹飞对其无法造成跌倒的效果；所以能在短时间内造成大伤害的攻击是值得使用的。
战后：主角在战斗中发现卡琳已经能使用魔法了，而卡琳称自己正在训练使用魔法中，而她也承认，穿这种衣服真的不适合进行刚才那种剧烈的行动。
两人来到遗迹内部，看来一切博士都已经准备好了，卡琳走到仪式地点中心。换上了仪式专用的服装。开始了“幻视的仪式”……但是此时屏幕上显示了SEED从天而降，造成突然来的地震。博士认为情况不妙，立刻要求中止仪式，但是卡琳并没有采纳他的意见，而是坚持的站在那里，进行着仪式。因为她明白：一旦现在停止或是撤离，这次行动就会变的一点意义也没有，所以她要坚持下去——为了这个星系的未来，就算是付出自己的生命……
主角向卡琳保证，一定会保护好她的，不会让可恶的SEED把侵蚀的魔爪伸向这里。说完后，他与露舞一齐离开了遗迹。
アガタ群岛BLOGB1：刚才这里还是和谐的自然景象，而现在则成了茫茫的火海。这是火之侵蚀所造成的结果。露舞当机立断地将身后的门锁住，虽然知道SEED的侵蚀突破这里只是时间上的问题。突然露舞接受到了行星轨道上的卫星发出的通信，这次SEED的侵蚀速度是前无仅有的快，这样下去的话，这里就会变得十分的危险。向这个地区飞来的SEED核心一共有6个，如果全部将其净化的话，可以有效的抑制其侵蚀。但是这么多SEED核心集中在一起降落在同一个地区是不多见的，露舞认为这是有人在背后操纵这一切。
操纵SEED？怎么可能啊？主角心中并不同意面前这台会讲话的计算机的结论。SEED是远古的未知生命体，怎么可能会有人能操纵它？但是这些问题主角不想去考虑，而现在的当务之急是将区域中的SEED核心给净化掉。
アガタ群岛BLOGB1：2个SEED核心（每只核心附近都有四个隐藏的小核心，一般都比较分散，找的时候要抓紧时间，否则评价就会比较低了）
アガタ群岛BLOGB2：3个SEED核心
アガタ群岛BLOGB3：1个SEED核心好不容易将所有核心全部净化完了后，远处从天上落下了个不明物体。在其落下后，博士随即发来了通信，原来在博士那里也出现了SEED，请主角立刻赶回来进行支援。
正当主角要原路返回时，露舞阻止了他；她告诉主角，从这里可以走条近路、以便更快的到达目的地。
アガタ群岛BLOGC1：在这里主角意外的发现了战地商人布鲁斯（ブル—ス），原来他也是来支援卡琳的，当然了，以“他的方式”。
国桥后发现的敌人不是被SEED感染的原生怪物，而是エンドラム机关的战斗机器们！这是为什么？难道エンドラム机关和SEED之间有什么联系吗？而エンドラム机关的队长玛格西（マガツ）不是在上次的战斗中被主角他们所消灭了吗？
带着诸多疑问，主角穿过了这个区域。来到了アガタ群岛BLOGC2：忽然从空中飞来什么东西，主角定睛一看，原来是玛格西！它居然没有死？难道上次的爆炸没有给它带来致命的伤害吗？而且它现在身体有些奇怪，似乎和以前不同了，主角突然想起有人对他说过，如果人一但被SEED侵蚀的话，身体会起很大的变化……这么说来玛格西是被SEED侵蚀了？正在主角发现答案的时候，玛格西（SEED）已经向他扑了过来。
BOSS战：SEED后的玛格西，虽然其攻击力不强，但是速度还是比较让人心烦的。
推荐方法：虽然对方的块头不大，但是不能作出冲到跟前与其硬拼的作法，毕竟人家HP的优势是摆在那里的。最好就是打阵地战，就是在回避其攻击后，立刻使用特殊攻击给其造成较大的伤害，而在战斗后期，玛格西会使用“旋转突击”的方式攻击主角，虽然回避不是件太简单的事，但是有的特殊攻击是可以抵消它这种攻击的（比如说双头剑的特殊攻击就可以将其化解）再次落败的玛格西撤退了，看着扬长而去的它，主角的脑子里一片乱，他一股脑儿的将自己的问题扔给了露舞：刚刚的那家伙的身体到底是怎么回事？它的目的是什么？SEED是以它的意识而落下的吗？
而露舞的回答更是让主角泄气：抱歉，我不知道；抱歉，我不知道；抱歉，我不知道。气愤的主角让露舞偶尔也稍微思考下，但是露舞则表示自己只能说出正确的事情，对这种胡乱的猜测和臆断她完全帮不上忙；而且她让主角冷静下来，因为现在主要的不是研究敌人的本尊，而是保护好“巫女”。
恢复冷静的主角和露舞赶回了祭坛，正巧赶上仪式结束。
而在山下，数以万计的SEED原生怪物正和遗迹的护卫机器正在进行大混战，两个阵营的战况暂时看不出高下……
回到主角那里，遗迹的数据和资料源源不断出现在主显示屏上，这一切都是卡琳的功劳。可是，卡琳的状况有些不对，摇摇晃晃的，终于、她倒了下来；她一定是用尽了自己的全部力量，所以导致身体的机能急剧下降才倒下的吧。见势不好的主角立即上前将她扶着坐了起来，在主角的呼唤下，卡琳恢复了些意识……“弥丽（ミレイ）要是在的话，她也会高兴的吧……”在卡琳缓慢的说出这句话后，再次合上了双眼。任凭主角如何的呼唤，卡琳都没有醒过来……
卡琳到底是生是死？
第十章完。第十一章：
“HI~大家好，这里是太空频道5……”主持人哈璐（ハル）又开始她的新闻节目，在这期的节目里他向观众介绍了：
1、在ニュ—デイズ星上突然出现的被有关科学家称为“封印装置”的建筑；它的出现导致了SEED原生怪物的大骚动。
2、是有关被通缉的海贼——泰拉（タイラ）的。泰拉是被政府公认的极具危险的人物之一，其曾经多次抢劫国家的机密物品。而这次他被指认和エンドラム机关的人有内部的联系，为什么海贼会和军方的人物扯上关系？有关部门正在全力调查此事……
画面一转：回到了アガタ．レリクス圣地，正当卡琳（カレン．エラ）气力用尽而倒下时，星云主长卢慈（ルツ）来到了众人的面前。他肯定也是担心巫女（卡琳）的安危才赶过来的吧，在他确认巫女的情况后，要求立刻让主角等人将巫女立刻还给他们……望着被抬走的卡琳，主角此时是多么渴望一直陪在卡琳的身边啊；“请你以后不要再和巫女见面了” 卢慈说出这句让主角悲痛的话后便扬长而去了。
“以后再也不能和卡琳见面了？”主角不愿意接受这么残酷的事实，他要尽一切可能去争取，在他要去上前拦住卢慈时……主角从自己的床上翻落下来，“又是这个梦吗？”主角自嘲式的反问，他一定后悔当时没有拦住卢慈吧……自上次的事件以来，完全没有来自グラ—ル教团的消息。“卡琳现在的身体情况怎么样了；有没有苏醒过来；恢复精神了吗；等等等等……”正当主角烦恼时，他想起了之前女仆机器人可以为他搜集情报的事情，他立马向璧特咨询；而璧特并没有太让他感到希望：在发生上次那个事件后グラ—ル教团对外宣布，巫女由于接受ガ－ディアンズ的邀请而进行仪式。但是在单方的要求下，巫女过于疲惫而倒下了；グラ—ル教团对于这件事情感到非常的遗憾。虽然没有提到卡琳的身体状况，但从グラ—ル教团向外界所公布的语气，可以确定卡琳没有生命危险。主角在想到这里时也就稍稍地放了心，接着他又询问起其他的情报。
还有条新的情报是关于旧文明的：经过多方面的研究显示，大约在1万2千年前，SEED曾与旧文明之间展开过声势浩大的战争。虽然旧文明依靠三座封印装置（デニゲア之门）完全地将SEED封印在歪曲空间内，但是其自身也神秘的突然灭亡了。“神秘的突然灭亡？是因为太过依靠Aフォドン的技术？”主角正在沉思时，老校长（ルカィム．ネ—グ）发来通讯，关于封印装置的防卫任务，有些事情想找他谈谈，让他立刻来到5F的“ガ－ディアンズ”总部。
来到5F后，主角发现自己的妹妹露弥亚（ルミア）。她告诉主角自己的志愿书被回绝了，原因是年龄不够，她现在才13岁而主角告诉她守护者组织的最低年限是14岁。露弥亚显然不是很高兴，她不能帮助主角等人一起保护这个星系的未来；但是主角语重心长的告诉她：这个世界上有许许多多的事情等着她去做，比如说在战后的建设工作，教育工作等等……那些事情往往比战斗更加重要。在主角耐心的，露弥亚似乎想通了，她同意了主角的说法，认为自己的确是该以学习为重了。和接待员弥娜对话后进入会议室。
修加（ヒュ－ガ．ラィト）、兽人大叔（レオ）以及多尼奥（トニオ）已经在这里等候多时了，见到主角来到这里后，校长向大家解释了这次任务的原委。
校长让他们去モトゥブ星保护好那里的封印装置，如果失败的话グラ—ル太阳系的文明将被SEED完全吞噬。而现在守护者组织将自己的队员全部派出去保护三颗行星的封印装置了。
俗话说“福无双至，祸不单行”。正在这个缺少人手的情况时，独自一人去寻找タラギ教授的玛亚（マヤ）发回了紧急求援，原来她已经找到了タラギ教授的救援信号的发源地，是在一个远离グラ—ル太阳系行星轨道外的一颗人造小天体上。那里本来是同盟军制造的，现在单独靠她一人无法将里面被困住的人救出；所以她想让校长来派人去支援他。主角自告奋勇向校长请示，要求去帮助玛亚；但是修加却阻止了他，并且想代替他去。他认为他一个人去就已经足够了，而且主角应该有更加重要要保护的东西才对。在得到了校长的许可后，修加便转身离去。
校长继续他的讲解，他要求主角、多尼奥，兽人大叔前往多姆林（トムレイン）博士所在的モトゥブ星的封印装置那里，然后尽一切可能保护其正常运转。在三人正要离开会议室时，校长告诉他奥贝尔总裁（オ—ベル．ダルガン）有事找他相谈。多尼奥和兽人大叔则会在モトゥブ星的タグオラ市的“ガ－ディアンズ”分部等主角过去会合。第三章：
早上，ヒュ－ガ．ラィト（修加）来找主角（イ－サン．ウェ－バ－），说是有关上次主角发现的那个“雷利克丝（レリクス）”的遗迹的事。结果，主角仍然在睡觉中，被女仆机器人叫醒之后，主角匆匆来到5F的“ガ－ディアンズ”总部，在了解了转职和自由任务后，发现修加不在这里，向接待员MM问时才知道，他在4F的宇宙艇月台的附近和女孩子聊天……
主角来到4F时，发现和修加聊天的女孩是自己的妹妹。主角上前称自己妹妹的年龄太小（13岁），不适合约会，结果把妹妹给气跑了。
修加给了主角一张队伍卡片（以后只要有这张卡片，就不需要找到本人，直接就可以邀请在个地区的NPC成为同伴了）
来到バルム星的ホルテス市的中央广场，和カレン．エラ（卡琳）对话后得到她的队伍卡片。
来到东区的“ガ－ディアンズ”分部发生剧情。
这次的任务委托人是东松博士（ド－ソン），据他所说考古调查小队进入“雷利克丝（レリクス）”遗迹后都神秘的失踪了。所以想要亲自去调查，但考虑到人手不够，所以就来委托“ガ－ディアンズ”（守护者）这个组织了。
主角一行四人再次来到来风（ラフォン）草原，东松博士也加入了战斗的行列（小心保护好博士，他的生死决定评价的好坏）
主角来到上次的临时军队营时，发现这里已经没有人了，但是其建筑还留在这里……
在来到BLOGE-1时卡琳有一丝不好的预感略过。再往深处去，就是BOSS战了。就象卡琳说的那样，这里是ディ．ランガ（BOSS）的巢穴。来到了总裁室，奥贝尔总裁告诉主角星云主长卢慈向他发来了抗议，但是巫女并没有什么生命危险，叫主角安心下来。但是主角回想起卡琳倒在自己怀里的一幕，他认为自己什么都做不到，卡琳当时那么需要帮助而自己却什么办法也没有，主角对自己的无能为力感到十分的痛心。看出主角心事的奥贝尔总裁问主角，什么是他真正能够保护的？“什么是我真正能够保护的？”主角同样在问自己这个既简单又复杂的问题。奥贝尔总裁继续说了下去，他也知道主角对卡琳的心意，也很想去保护她、不让她受到伤害。但是如果封印装置被SEED所侵蚀，グラ—ル太阳系就不会再有明天。
“是的，如果グラ—ル太阳系被SEED所侵蚀，保护自己重要的人也会成为一句空话”主角明白了奥贝尔总裁的意思。
“我会尽全力保护好封印装置的，请您放心”主角向奥贝尔总裁至意后离开了房间。
主角来到了モトゥブ星的タグオラ市的“ガ－ディアンズ”分部，和接待员マナ对话后进入了作战会议室。
其实这次的任务说起来十分的简单“将多姆林博士带到封印装置，再与同盟军一起保护好装置”。
来到フラィヤ—ベ—ス选择任务。
由于这里有大量的SEED原生怪物，所以飞行器根本无法安然无恙飞过这一带沙漠，所以大家只内在安全的地方下船，之后再走过去。
“走？用徒步走过这片灼热的人间地狱？”主角不太相信自己能平安的走过这里。但是多尼奥和兽人大叔让他不要那么紧张，他们并不是徒步过去；他们守护者组织已经向同盟军借了台战机。又是个类似赛车的小游戏，在加速的同时要时刻达开全地图来观察自己的前进反向是否正确。不然的话，可是会浪费过多的时间的。
西ク—グ沙漠BLOGA1~A2（为赛车小游戏）
西ク—グ沙漠BLOGA3：到达。
到达目的地的众人却被门口的两名CAST所拦了下来，因为他们并没有收到任何的通知。虽然多尼奥很不服气，但是对方可是手持武器、不能轻举妄动啊。正在双方处于胶着状态时露舞（ルウ）从里面走了出来，告诉了两名CAST现在的情况。那两名CAST在接到指令后，立刻让众人进到装置区域内部了。
“那个家伙，还真能从任何地方冒出来啊……”多尼奥从之前就不是很喜欢CAST这个种族的，虽然这次露舞帮了大家的忙，但他还是向主角这样小小的抱怨了一下。
在装置区域内部，多姆林博士随即开始对封印装置的调整，而在这段时间内，SEED会拼死地向这里进攻。他拜托这里的各位能与同盟军一起保护好这里。此时露舞加入了主角的小队，她告诉大家，先到同盟军的临时驻扎营地与大部队合流。
西ク—グ沙漠BLOGB1：这里的敌人大都是火系的，被群怪放火的感觉肯定是不好的，特别是要小心“灼伤”状态。
西ク—グ沙漠BLOGB2：真正让人心烦的不是那些体型NB的怪物，而是那些喜欢在远处搞偷袭的家伙，在对付一堆敌人时，首先将其消灭可以省去一大心事。主角四人来到同盟军的临时驻扎营地，发现这里正在播放奥贝尔总裁的演讲，其实也就是鼓舞士气的动员演说。“……我们只要将デニゲア之门开启，SEED就会完全的被消灭，我们美好的未来就指日可待了……我相信，只要同盟军的各位与我们守护者的成员联手合作、就没什么做不到的！”。但是与其激昂热血的演讲的不协调的是CAST并不把人类放在眼里。同盟军的大尉カ—ツ走了过来，他表示感情这种东西是种多余的东西，并且他们不需要这中有感情和欲望的人类与他们并肩作战；他们已经和SEED战斗了已经超过一百年了。
多尼奥听后十分生气，他把气撒到了同是CAST的同伴——露舞身上，“你这家伙是不是和他有同样的想法啊？！”
“虽然同样是CAST，但是功能是完全不一样的，请不要把我和那个人相提并论。”露舞的话听上去有些委屈。此刻突然响起了战斗警报，是SEED原生怪物杀过来了！
从远边的地平线上有许多的小点在动，那些小点越来越大，原来是SEED原生怪物以排山倒海之势向这边的封印装置冲过来了。一时间，空中的敌人、地面上的敌人好比千军万马，势如破竹地冲向同盟军的阵地；同样地，同盟军已经摆好了阵型，等待开火的那一刻时机。
露舞突然收到了来自卫星上的消息，现在这里的封印装置被从四面八方的SEED团团包围。为了对抗SEED，不是装置受损；上级决定各小分队分头行动。主角他们一行人被划分到区域A，去抵抗已经凶暴化的原生怪物和SEED蠕虫，数量大约在一个大队左右（150只）。“四人对一个大队？”除了露舞外的其他人无不感到棘手。并且她还告诉各位，经过她的分析，他们成功击败SEED的胜率是6.25%。虽然这个数字比较难以使人接受，但是如果一旦失败，SEED侵蚀这里后，则大家的生存率为0%；所以主角他们已经没有选择的余地。
各人来到エリアA（区域A），发现这里完全不是沙漠该有的景色——一片北国的银装素裹的样子，没错了，这里已经被SEED的“冰”侵蚀了。
エリアA1：消灭75个敌人。
エリアA2：消灭75个敌人。
要点：可以说在这里和150只怪物对抗是“无比艰辛”的，许多怪物都会使用冰系的魔法，稍微一不留神就可能被其冻成冰块。而且如果敌人在处于濒死状态时（HP所剩不多时）会进行近乎疯狂的系魔法攻击，要千万小心。一旦自己HP成一半的时候最好就能进行恢复，那样虽然比较浪费恢复道具，但是这样做比较安全。（反正后面还有补给的地方，有用就用好了）
胜利将敌人击退后，露舞收到了来自总部的消息：让这里四人可以返回总部了。但此时她又收到了来自区域B的救援信号。区域B是与SEED正面对抗的激战区，在那里的大多都是CAST部队，而且队长就是之前同盟军的大尉カ—ツ；多尼奥听到这个消息后，认为那个家伙纯属活该。正当主角要立即前往时，总部又发来了新的信息：放弃区域B！放弃区域B，就意味着将区域B还生还的人全部抛弃。主角根本没有理会从卫星上发来的撤退命令，而是率领自己的小队向区域B冲去……多尼奥一开始并不同意，他试图依靠只会遵循命令的露舞来说服大家，可是露舞却说自己同样是“守护者”组织的一员，她站在多数人的那边。最终多尼奥跟上了主角一行人，向区域B前进。四人回到临时驻扎营地已经是晚上了，而且经过刚才的激战、各人身上的装备已经用得差不多了。正在大家为补给品发愁的时候，战地商人布鲁丝（ブル－ス）出现在大家的眼前。（此地有记录点）
エリアB1：这里的敌人和刚才的敌人的属性正好完全相反。
エリアB2：敌人全都是火属性的，虽然没有刚才“冻结”状态那么棘手，但是被火球烧到的话，所受的伤害是很可观的。
突破重围的主角等人，终于来到了救援信号发源地。这里俨然是一片刚经历过浩劫的景象，许多同盟军的CAST都已经倒在地上；几乎没有一个幸存者，露舞告诉主角，救援信号并没有中断。在露舞所指的方向，主角在一辆站车的下面发现了受重伤的カ—ツ。伤痕累累的他十分意外的发现竟然是他最看不起的人类来营救自己。但是他并不接受，他让主角等人立刻回去，这里就交给他一个人就可以了。尽管自己被军队所抛弃，但是他仍要在这里阻止SEED的前进；他和主角同样明白，要是在“合之时”来临前，封印装置被侵蚀的话，这个太阳系就完全被SEED所吞噬。作为一名军人，他就算丢掉性命也不能使这种事情发生。但是他已经是遍体鳞伤了，主角正与他争执时，从远方飞来了这片沙漠中最凶狠的怪物——ディマコラス！
BOSS战：ディマコラス。
推荐打法：其实和之前オンマゴウグ没什么两样，攻击方式，也是老样自，在它在空中时，只要在它的身后，就能回避它的许多攻击，一旦它降落，就用特殊攻击招呼它。ディマコラス倒下了，但是在主角面前又出现了成百上千的怪物。这时候カ—ツ走到主角身旁，要求主角立刻撤退，这里就交给他自己。因为与SEED战斗是CAST同盟军的义务，但是主角说自己是为了帮助同伴而来，现在怎么可以中途就逃回去？放弃同伴是他最不希望发生的事情。
“而且”主角面对着步步逼近的怪物，掏出武器继续说道“大家要一起活着回去！”
突然一阵轰鸣，天空中出现了蓝色光芒。不只主角的所在星球，在グラ—ル太阳系中的三颗行星上同时出现了三道光柱。以中心的太阳为三角形的中心，形成了一个极其庞大的魔法阵！“合之时”开始了，一瞬间魔法阵中的光芒将三颗行星完全笼罩，其所过及的地方无一疏漏地将SEED一扫而净！
SEED被完全地送进了异世界，当主角他们正为封印装置的威力感慨时，カ—ツ取下了自己的头盔，他向主角正式且真心诚意的表示自己之前所对主角做的事感到愧意，同时表达自己的感激之情；并声称自己以后会和人类友好的相处。
“也要和兽人友好的相处哦！”多尼奥生怕那机器人突然变挂。
カ—ツ转过身，微笑一下“那当然。”
“以后CAST也要多多关照呀。”露舞的这句话把大家都给逗乐了，虽然她自己没有发现这句话有什么不妥，但是看见主角众人都在大笑的时候自己总觉的有些奇怪。
主角回到了多姆林博士所在的封印装置那里，博士显得非常高兴，正在众人想要庆祝下这万分辛苦才换回来的胜利时，修加发来了紧急的通信。
他所在的小行星上发生了不得了的事情，他已经和玛亚会合；但是发现这颗小行星居然是SEED的巢穴！虽然主角这里的封印装置成功启动了，但由于这里远离于グラ—ル太阳系行星的轨道；所以封印对他这里根本起不到任何的效果。玛亚还告诉大家，除了タラギ教授被关押在这里外，其他被绑架的科学家也在这里……突然，通讯被忽然而来的攻击打断了，修加和玛亚究竟是安是危，还有在那里的科学家又是怎么样的情况呢？
第十一章完第十二章：
从“合之时”已经过去三天了，经过多方面的确认；远离グラ—ル太阳系行星的轨道的小行星中确实存在大量的SEED幼体和成体，就是说那里是SEED的据点。现在给了那颗小行星定下了名字：HIVE（蜂房）。HIVE是以前同盟军的エンドラム机关将原本的小行星改建而成的存放大量武器的军用仓库；同时在那里还存放了大量的Aフォドン．リアクタ—的地方，并且SEED在侵蚀了Aフォドン．リアクタ—后，其外形会发生非常大的变化。为了不使SEED大军卷土重来、军队准备在7天后出动大量的攻击型宇宙船，同时向其发动大规模的攻击；使其在瞬间灰飞烟灭。
计划可以说是看上去再正常不过了，但是主角并不这么认为。因为修加（ヒュ－ガ．ラィト）和玛亚（マヤ）仍然还被困在那个地方。而且他们的生命维持装置也在继续运转着，这就说明他们还没有遇到不测，但是如果放其不管的话；他们就会必定成为同盟军炮火的牺牲品。主角来到总裁室，试图说服奥贝尔总裁（オ—ベル．ダルガン）。他告诉总裁，修加他们的救援信号仍然在不停地向这里发出，他们希望自己的同伴能够将自己救出那危险的地方，主角希望总裁能用他的权利将进攻的时间推迟几天。
几天？这完全不可能，SEED的再生能力是十分惊人的。哪怕是几个小时，SEED就可能向グラ—ル太阳系发动第二次的全面进攻，那一次结果就不会象这次这么乐观了。奥贝尔总裁拒绝了主角的请求；然后告诉他，他也希望能去救自己的部下，但是如果一旦拖慢了进攻的进程，SEED就可能直接向三颗星球发动总攻击。他也是出于无奈，为了考虑到广大的平民的安全，现在只能将修加他们的救援请求无奈的拒绝了……“那样的话，我根本做不到！如果您实在不同意的话，我自己会想办法去的，失礼了，告辞！”主角说完就转身离开的总裁室，他不能容忍在同伴向他求助时，自己却见死不救！首先，他要找到能陪他一起同生共死的伙伴。
首先离开房间后，第一个遇见的是兽人大叔（レオ）和多尼奥（トニオ）。他们很爽快的答应了一同与主角参加这次堵上性命的行动。但是困难也是摆在面前的：毕竟是要去遥远的人造卫星，如果没有总裁许可，他们是无法得到飞行器的、他们就无法到达HIVE那里；而且远远不只是没有飞行器的困难：如果想到达那里，还需要大量的武器、而这些都不是能轻松得到的。如果是专门从事对抗SEED的同盟军的话，他们的战舰应该是能承受SEED的攻击的。兽人大叔问主角是不是可以向カ—ツ去借上一艘呢？主角认为这是个不错的主义，但是カ—ツ现在人在哪里？他是同盟军的人，就先去バルム星的同盟军本部找找看吧。
主角来到バルム星的ホルテス市的西边区域（同盟军本部就在GRM社的对面）,这里有一座看似堡垒的建筑物，这就是同盟军的总部了。主角想进去找カ—ツ大尉商量下情况。但是门口站岗的机器人并不同意主角擅自进入；正当两人正在互不相让的时候，カ—ツ正好路过这里。很顺利地，他就让主角进入了内部。
两人寒喧过后，主角表达了自己来此的真意。カ—ツ立刻去帮主角察看是否有空余的飞船……但是结果很令人遗憾。因为是全体总攻击，所以现在他这里已经没有多余的战舰了。而且他告诉主角，他并没有接收到任何有关在HIVE上还有等待救援的人类的消息。上级只是给了他攻击的命令，他作为一名军人不得不违抗命令。所以他也很抱歉，而且攻击的时间已经定下来了，他也不能私自篡改命令。主角并没有怪罪他，自己在道谢之后，又无奈的走到了街上。“没有了军队的战舰的支持，我怎么能才能去到那么远的地方去？我到底该怎么办才好……”主角闷着气，来到了街口。
“イ－サン（主角的名字），我接到命令，让你立刻回到殖民星的总裁室去。”主角的思绪被突如其来的话语所打破了。原来是露舞（ルウ），但此时的主角怎么可能回去？难道要向那个抛弃自己部下的总裁低头吗？当然不！
看着主角没有吱声，露舞问主角不回去的理由；主角告诉她自己在找到去HIVE的方法之前，是不能回去的。露舞却以为主角的意思是在知道去的方法后就会和她返回殖民星。她就开始了她的分析：HIVE是SEED的大本营，所以在接近其周围时，它会射出大量的SEED作为武器，所以要有强力的防御装备的宇宙船才可以胜任。露舞认为军方的战舰就符合那个条件……主角很快的打断了她的分析，“没用，没用，同盟军那里我已经去问过了，他们那正好缺少装备呢”
露舞并没有理睬主角的话，饿是继续说了下去“……还有海贼船ランディ—ル号也是按照那个标准来设计并建造的。”
对啊！还有海贼船这一条路，虽然主角曾经与其首领泰拉（タイラ）为敌，但是也有很多次共同作战的经历，主角认为事不宜迟，他这就要离开这里去モトゥブ星的タグオラ市……
“好了，既然你知道了答案；现在你可以回殖民星的总裁室了吧？”露舞拦住了主角。
而主角既然已经知道了方法，就要立刻行动；不能回到那个地方浪费时间。“抱歉，我还有急事呢，先走了。”望着“逃跑”的主角，露舞无奈的摇摇头，“这个骗子。”
主角立刻来到宇宙空港，乘上了去モトゥブ星的飞船。
虽然已经来到了モトゥブ星的タグオラ市，可是泰拉的海贼船可不是那么容易就能找到的，前两次也可以说都是偶然。这么大个星球，主角要到哪去寻找呢……
正当主角苦难的时候，从他身边擦过一名年轻人，他好像被人殴打过了，在主角的询问后；他告诉主角，在ガイ—ク酒吧、来了三个打扮奇怪的人，没说几句，就把他打成这样了……主角在象他确认了那三个打扮奇怪的人的确就是猥琐三人组后，就直接向酒吧跑去了。
ガイ—ク酒吧在右边的最深处。
刚进酒吧，主角就发现那三个人了，原来他们因为刚才在这里闹事，所以现在被利娜（リィナ）被罚在这里打扫卫生……利娜是个非常直爽的女孩子，在听到主角的同伴有生命危险，而现在紧缺飞船时，她爽快的答应主角带他去见泰拉。
来到了海贼的藏身地，泰拉很明白主角现在的心情。他认为在到达那小行星之前，ランディ—ル号会成为SEED攻击的目标，以现在的状况是很难接近HIVE的。不要说去救同伴了，连自己人的生命都可能在达到那里之前就牺牲了。
但是他最近听说グラ—ル教团在研究一种专门对抗SEED的防御罩，如果有那个东西的话，就能考虑营救计划了。对付的BOSS方法：还是推荐使用大剑，一次就可以造成BOSS三处伤害。在BOSS飞在高空时，暂时无法攻击，（用小枪居然也打不到）等他飞下来后，在它的后办部进行攻击，只要小心它的火焰和尾巴以及吹飞，其他的伤害对玩家来说都不是很大。
BOSS战后来到了“雷利克丝（レリクス）”遗迹门前，发现这里有战地商人布鲁丝（ブル－ス），可以在这里补给下恢复药之类的。
从东松博士那里得知“雷利克丝（レリクス）”已经有1万年以上的历史了。
BLOGA1—BLOG2区一般是些杂兵，但有种黄色的生物喜欢退到里玩家很远的地方在进行跳跃进攻，对付它最好使用手枪类武器；值得一提的是在最深处有两只体系比较大的怪物，防御能力很高，不能硬碰硬上。
BLOGB1要打破一个很明显的箱子后，怪物变会出现，全灭后即可通过。
来到BLOGB2发生剧情：博士告诉主角，道路两旁放着的石象是雷利克丝的守护神（スタチィリア），此时怪物出现突袭了博士等人。
记录点过后，就是BOSS战了，这次BOSS就是刚才摆在两旁的石象スヴ—ル。
对付的BOSS方法：BOSS行动能力比较慢，玩家可以绕到BOSS身后进行突袭，但是这次要选择的武器是速度快的单手剑，这样在进行连击后可以有时间撤离BOSS的四周从而回避BOSS的“无双乱舞”主角回到了城市，他现在唯一的希望就寄托在グラ—ル教团能将那种装置借给他……但是，真的有那么容易吗？
上次拜托グラ—ル教团时，还是“合之时”之前。当时由于卡琳体力耗尽而倒下，所以现在造成主角很难向星云主长卢慈（ルツ）再次开口要求什么了。现在主角管不了这种尴尬的情况了，能救出同伴才是最主要的。
带着这种心情，主角来到了ニュ—デイズ星。主角直奔“升空殿”，门口的伺卫将他拦了下来：“很抱歉，上面有过指示，请您以后不要与巫女大人见面了。”
当主角表示自己只是来找星云主长卢慈的时候，他的要求很快就被答应了。在内部，主角见到了卢慈。主角开门见山的告诉他，自己还有同伴被困在HIVE那里，现在如果没有グラ—ル教团新开发的防御罩的话，是不可能实行营救的。卢慈听后大吃一惊，他不是为了HIVE上的人而担心，而是认为主角怎么会知道他们教团最高机密——对抗SEED的防御罩的防御罩的事？他十分肯定的告诉主角，对抗SEED的防御罩是他们教团的最高机密，不可能随便向外人展露，更何况借出了！遭到拒绝的主角，问他自己能否见上卡琳一面。可能是卢慈同样也知道一旦卡琳得知自己的姐姐和学生被困在那里，就算是刀山也会和主角一同赶去的缘故；卢慈便冰冷的回答主角：“巫女大人是不会再和你见面的了，请您回去吧！”
一切的希望似乎都已经破灭了……主角沮丧的走在广场上“我…居然什么也做不到…”
主角回到了殖民星，坐在暸望室里，一声不吭。也许他心中现在有股无名之火，在他体内激烈的燃烧着，这会使他很痛苦、使他煎熬……这种感觉就是在人们真正遇到困难，但是却没人能够帮你，仅靠自己又远远不够的自卑感。兽人大叔和多尼奥找到了主角，但是看到他这个样子也知道事情不是很顺利……正在他们三人发愁的时候，利娜跑了进来。
众人对此时利娜的出现实在难以理解，利娜并没有解释，而是让众人向窗外看去……窗外是一片灿烂的星空——这是在也不过平常的了，突然间、一阵小小的震动，海贼船ランディ—ル号出现在众人的眼前！
在那一瞬间，主角无法相信自己的眼睛：泰拉是被通缉的海贼，他怎么可能明目张胆的出现在这里？还有，他不是说过，如果没有强有力的防御措施，而直接去往SEED的大本营是一种自杀行为吗？难道，这一切，都是自己的错觉？还是所谓的“奇迹”？
在主角还没回过神的时候，利娜就催促着众人上舰桥去了。指挥室的门一打开，出现的不是泰拉，而是露舞！？
她向众人解释，ランディ—ル号能在这里入港，多亏了奥贝尔总裁的许可。原来是得到了总裁的支持，原来总裁之前叫主角返回是为了这个原因啊，看来主角错怪奥贝尔总裁的了。
此时多尼奥在欣喜之余还不忘小小的讽刺下露舞，他轻声对主角说“瞧，我早说过了吧？那家伙（指露舞）不论从哪里都能出现。”
泰拉告诉众人，在主角从他那里离开不久，就有人从グラ—ル教团提供了那种防御的装置，现在可以随时出发。
这次去到HIVE的中途是无法返回到城市里的，主角将补给品准备充足后，和众人一起开始向SEED的巢穴——HIVE前进了。
（4楼左边的出口，选“守护者的使命”这个任务）飞行过程中主角发现了一位グラ—ル教徒打扮的人，经过泰来的介绍，她是过来操控防御系统正常工作的。
虽然这次行动的成功率只有5%（道歉癖露舞那里得知），但是主角完全不担心失败，因为和他在一起的是他最信赖的伙伴们，他相信他一定能将困在HIVE的修加和玛亚顺利的救出的。虽然这之前没有遇见卡琳有些小小的遗憾，要是遇到不幸……不，怎么能想到自己会遇到不幸？一定要活着回去，而且一定要再次见到卡琳；主角暗暗在心中默念着。
向全员对话后，ランディ—ル号已经来到了SEED的攻击范围内，大量的SEED向这里如同子弹般飞了过来。
“立刻展开ラテイスシル—ドSYSTEM（防御罩的名字）。”泰拉果断的下达了命令。
许多小球飞在飞船的周围，其互相联成一片，渐渐展开成一张巨大的保护伞，将SEED抵御在外边……
看到グラ—ル教徒努力的保持着防御罩的稳定，主角走过去为她加油。“多谢你的大力支援，你尽可放心，不论发生什么情况，我都会保护好你的。”
但是那人却宛然一笑，“真的吗？”
正当主角没有反映什么情况的时候，“教徒”把自己的伪装撤下；主角更是看傻了眼，原来是卡琳！
“你怎么会在这里？”主角十分惊喜的问道。
卡琳说是从卢慈那里听说了修加和玛亚被困的消息，因为她不能眼睁睁的看着自己的姐姐和学生被抹杀，所以就找到了泰拉。原来泰拉开始就知道她是卡琳，却把主角一直瞒在鼓里……
防御罩需要更多人的力量，卡琳请大家聚集到一块，把大家的力量集中到防御装置上，在利娜拉着最初认为自己是CAST不会做这事的露舞后；在众人齐心下，ランディ—ル号终于突出重围，直接撞（强行登陆）进了小行星HIVE的内部。主角众人从飞船上下来后，发现这里完全看不出是人造的卫星了——他们所在的地方好象完全被SEED侵蚀了一样，连四周的建筑物都会不停的蠕动、呼吸。简直就好象置身在一个巨型的生物的体内。众人决定分头寻找被困住的两人，因为在这种四周景色都差不多的环境中、很容易迷路，分头行动的话可能会效率高些。
就这样：兽人大叔、多尼奥和露舞一组；主角，卡琳一组向着不同的方向前进了。
HIVE内部A2：这里的中型体积的敌人和之前反而下降了个档次，虽然登记提高了，但是不能使用冰系魔法了，取而代之的是小型体积的敌人会使用冰系魔法。这里出现的“大法师“的HP则是比较高的，最好有光系武器，对付此类敌人有特效。
来到HIVE内部A3时，卡琳发现收信器有反映了，不一会儿两人就发现了发出救难信号的房间。这里是个实验室，主角发现修加和玛亚被关在一个容器中……好在是两人看上去没有什么大碍，可以一同行动了。玛亚表示タラギ教授就在这里附近，而且救援信号没有消失，所以四人立刻赶往另一个信号发源地。
HIVE内部A3：有着巨型的SEED蠕虫，其还会进行火属性的攻击。
HIVE内部A4：从这里会出现小型的飞龙。其HP也不是随便两下能打倒的。
HIVE内部B1：这里有个记录点……继续往前走的话，有条路是通向C1区，不过那里面没有什么值得去的，几大恢复药而已；而且里面的敌人又多，总觉得进去有些不是很合算的感觉。HIVE内部（实验设施）：众人来到实验设施后，发现救援信号就是从这里传出来的。四人发现タラギ教授同样被关在一个容器里面，将其救出后，他告诉主角，要去中央制御室把开关关上，就可以将其他科学家救出来了。之后他将中央制御室的MAP DATE上传给了主角……正当主角前往时，タラギ教授忽然开始发狂起来，全身开始进行剧烈的变化！原来他已经被SEED侵蚀了，现在SEED将其完全的融入到自己的体内了！
BOSS战：BOSS一般只会向前狂冲后，进行一阵攻击。
推荐方法：先找个墙角，引BOSS冲过来，有很大的可能他会卡在角落里。这时候就尽情的攻击吧。当它冲出来后，继续引他上当。
怪物最终倒下了，タラギ教授也恢复了原状，玛亚悲痛的走到自己的恋人的跟前……
“现在说喜欢你也太晚了……所以我只能这么说了。玛亚，你一定要幸福的生活下去哦……”悲痛的玛亚竭力呼喊着タラギ教授的名字，但是也无法再使他睁开眼睛了……
主角回过身，不想目睹这悲剧的一幕。此时，来自露舞的消息，更是让他心急如焚。虽然那边三人找到了被绑架的科学家，但是等他们过去的时候，科学家们已经被SEED所侵蚀了；而且更令人泄气的是他们三人在进入个房间后，门却意外的锁上了。露舞仍然很平静的告诉他：同盟军的总攻击马上就要开始了，虽然遗憾、但是还要请主角他们先离开，不要管他们三人了。这时多尼奥也很例外的同意了露舞的做法，他认为落个这种下场是自己的粗心大意所造成的，主角没必要，为了他们而白白牺牲自己……
“开什么玩笑！”主角立刻打断了多尼奥的话，“我们是来援救同伴的，如果要牺牲同伴的话，那这次行动还有什么意义？”主角看了下身后的悲伤的玛亚，继续说“悲伤的表情已经看得够多的了，如果不是全员一起回去，我们还能被称为同伴吗？！”主角立刻讯问露舞将他们关住的门打开的方法，多尼奥试图阻止露舞把这资料告诉主角，以便不让主角冒这个生命危险来救自己。虽然被多尼奥称自己为“失控（暴走）”的机器人，但她还是平静地告诉多尼奥：她是露舞这个巨大系统中的一个小分支而已，如果在这里将两人牺牲的话，就肯定会遭到其他露舞的责问；而这，就是她最无法忍受的情况。
256号露舞继续告诉主角，他们面前突然关住的门，明显是有人故意关上的。其控制的场所就是中央制御室，只要将那里的装置破坏，他们所在的地方就可以通过了。
看到希望的主角立刻准备行动，修加十分担心处于悲伤状态的玛亚，他认为将她先送回ランディ—ル号才对。所以主角再次和卡琳两人开始向中央制御室挺进了。
退回到刚才B1的记录点，现在那里有武器商人，布鲁斯声称是听到泰拉有困难，所以他就一起来了。真是雪中送碳，主角身上的恢复道具正好用的差不多了，赶快补给一下。
HIVE内部B2：这里的敌人不是很多，因为刚才补给过道具的原因，可能会简单些。
HIVE内部B3：多多使用武器的特殊攻击。大法师的瞬间移动不象前作PSO中不可捉摸了，只要看清小地图就可以发现他的行踪了。
HIVE内部B4： 记录点
在主角通过门的时候，门却自动锁上了，将卡琳一隔在了另一端。此时露舞发来通信，告诉主角他的面前就是中央制御室了。只要将那里的装置破坏的话，就可以将所有被锁住的门打开了。
主角告诉卡琳，千万不要离开那个房间，自己很快就会将装置破坏，将同伴们救出。在得到卡琳肯定的答复后，主角只身一人来到了中央制御室。主角看见了制御装置，就在他要将其破坏时，玛格西（マガシ）出现了。原来将门强制锁住，都是他的勾当。他将主角的同伴为诱饵，就是要让主角来到这里。他要亲手将主角杀死，说着他向主角冲了过来，主角开始匆忙应对突然的攻击，显得有些力不从心；一个疏忽，竟然手中的武器被玛格西夺了过去……主角被其逼到了道路的一侧，身后就是万丈深渊。此时，马格西将主角打翻，主角径直向下落去！好在主角的反映神经不错，在抓住了道路的边缘后，一个后翻、重新站在了马格西的面前。主角又拿出了一把剑，从他的眼神可以看出，此时他比刚才冷静多了（明镜止水？）。第二次交手时，玛格西完全处于下风的位置。主角夺回了自己武器，而且反将敌人手中的武器甩飞。主角已经完全占有了主动权，在一个漂亮的回避动作后，主角将玛格西刺成重伤。在玛格西怨念的哀嚎下，他坠入了深渊，他的吼身越来越远，然后，听不见了。
主角立刻将制御装置破坏后，多尼奥，兽人大叔和卡琳向这边跑了过来，他们告诉主角，露舞已经去做脱出的准备了。就在他们准备凯旋的时候，突然间，所站的地方传来了巨大的震动……
“休想逃走！”从深渊中传来了像是恶魔般的声音。
原来是玛格西！看来在他体内的SEED可能是接触到了他刚刚坠落到的Aフォドン．リアクタ—，现在它的体型看上去那么样的巨大！是的，它的名字是暗黑佛！
BOSS战：久违的暗黑佛。其攻击方式是嘴部的光束和尾巴。
推荐打法：虽然是BOSS，但是其攻击力的低下，HP的贫乏；可以说是在诋毁BOSS的形象。只要注意不要在它攻击的时候走到他正对面，或是它用手防御时不要攻击他的身体，否则伤害只有0；此时可以攻击它的尾巴。只要一直用特殊攻击轰他，想在1分钟内消灭他也不是不可能的。主角和同伴将这个大家伙打倒后，玛格西再次摔落下去，但紧接而来的事情让主角他们吃惊：自己脚下突然出现了一个巨大的魔法阵！他闷四人处于一个奇妙的空间中，但是他们没有那么多时间去考虑这个，因为暗黑佛再次“站”在了他们的面前。
BOSS战：暗黑佛第二形态。其攻击方式为冲刺，魔法……
推荐打法：虽然其飘在空中，但是它的尾巴上有太多的弱点，在他进行冲刺的时候，只要一直向其他地方跑就不会被撞到。他尾巴的攻击是带有感电效果的，但是没有了冰属性的威胁，这些根本不算什么。虽然它的HP比上个形态多了不少，但是武器装备为光系（枪）时，对其的伤害还是很可观的。
暗黑佛倒下了，众人也回到了刚才的中央制御室……露舞飞奔了过来，告诉大家了个不好的消息：同盟军已经就在外边了，攻击已经进入倒计时了！大家立刻向ランディ—ル号赶去，时间一秒一秒无情的走过，每过一秒对露舞来说无疑是最痛苦的，因为她的“生物钟”肯定是最准确的。
露舞心中一怔：啊！攻击的时间到了！在大家准备承受冲击时，并没有发生什么奇怪的事情……“奇怪，已经过了预计的攻击时间啊；而且也没有接收到任何的推迟攻击的命令啊……”
虽然大家搞不清现在是什么样的状况，大家终于回到了ランディ—ル号上，泰拉立刻将飞船驶出小行星HIVE。在他们离开那里时，他们发现同盟军的舰队早已排好了架式。同盟军军开火了！还好的是那些炮火并没有命中主角所在的飞船，都是擦着边过去，击中的他们身后的HIVE……
“不要误会我是在等你们，我们只是准备的时间花的太长了！”从通讯机里传来了カ—ツ大尉的声音。原来是他运用自己的权力，使同盟军等到主角一行人脱出后才下令开火的。主角衷心的感谢了他的好意。
此时老校长和奥贝尔总裁看着凯旋归来的众人，“他们是这个时代的荣耀”，“是啊，可能种族间的隔阂，能被他们所打破吧……”
ランディ—ル号上：玛亚虽然失去了最重要的人，但是她会继续タラギ教授，从而从中体会教授的感受……
多尼奥终于鼓起勇气向利娜表达了自己的心情，但是他没有勇气去听利娜的答复，再主角向利娜确认她会考虑这件事而告诉多尼奥后，多尼奥十分高兴……（拜托，人家只说“考虑”吧……）
泰拉责是坚定地继续他的海贼生涯，用他的话来说，“我们明天可能就是敌人了”
而兽人大叔则可以好好的陪自己的妻子和孩子们了。
修加觉得自己能有主角这样的同伴是非常值得骄傲的事。
256号露舞则开始注意到“心”的重要了。
但是这里并没有看见卡琳，她去哪了？从玛亚那里得知，卡琳刚刚独自一人出去了。主角出门后不久，就在暸望室找到了卡琳。卡琳一定有什么心事，主角从她的眼中看得出来；卡琳说从这里向外看，是十分美丽的景色；要不是主角能阻止SEED的侵蚀，可能这一切都会改变了。主角突然想起，卡琳现在是“幻视的巫女”，只要一回到殖民星，他们两人就会再次分开……“我会去保护这个世界以及对我十分重要的人；也许会分开一段时间，但是我回继续保护下去。为了我最重要的人，为了你、卡琳……”
グラ—ル太阳系的三颗行星继续饶着太阳转下去，而主角和卡琳同样希望，他们两人能过继续这样抱在一起，能在一起交往，直到永远。
完BOSS终于倒下了，从其碎片中滚出了一个黑色的小球。东松博士在得知这小球的真正身份后表现的后悔不已，原来“东松”是他的假名，博士的真正名字叫作“沃林．达凌”（ウォレン．タレン），在他手上的小球被现在的人叫做“Aフォドン”，他是专门做这个东西研究的。他原本认为，这种东西是未来的未知能量，能带给人们更多的进步，但是，他在这遗迹里却发现，原来早在1万年前的雷利克丝就将这种技术（Aフォドン）运用的比现在的人好的多，然而值得讽刺的是雷利克丝却突然灭亡了。博士认为这中间一定和Aフォドン有某种联系……
这时，其他的石像也开始活动了，卡琳教官让主角立刻将博士带离这个地方，自己和修加来拖住这些石像……
（此时只要往前冲即可，完全可以无视路上的杂兵）
达凌博士在撤离的时候不慎将手中的Aフォドン丢失了，突出重围的主角和博士二人刚来到洞口，却被一阵强光照的睁不开眼睛……
对方的队长叫做玛格西（マガシ），他试图让博士回到它那里去继续进行研究工作，但是博士却一口拒绝。遭到拒绝的玛格西启动了博士体内的开关，博士立刻被他体内装置中的剧毒所击倒，奄奄一息，赶到的卡琳阻止了气愤的主角，而玛格西根本不把“ガ－ディアンズ”（守护者）这个组织放在眼里，留了主角一条命后就离开了……
主角郁闷的坐在飞艇上，回想着博士咽气前的一句话：如果不阻止他们的企图的话，世界就会灭亡了……
第三章完第四章:
这几天主角的精神一直比较萎靡……这时主角的妹妹露弥亚（ルミア）到了休息室的前面，主角这才想起前几天答应她和她去买东西的事情。
首先到3F服装店，接下来露弥亚没有找到喜欢的衣服，拉着哥哥出了店，主角只好带着她来到2F的防具店之后是武器店最后是合成屋……最后主角有些累了，在商店外边等着，不一回露弥亚还是没有买到什么东西，说是缺少一个叫“合成キツド”的道具，所以不能合成……主角二话不说立刻给妹妹钱买那个东西，可是露弥亚没有接受哥哥的钱，而是说了句“我知道该买什么了”之后有跑进商店里了……出来时将“合成キツド”送给了主角。
原来露弥亚这次来购物并不是给自己买东西，而是为了庆祝哥哥加入ガ－ディアンズ所买的礼物，主角完全没想到这点，在妹妹的鼓励下，主角重新打起精神，为了成为像他父亲那样的守护者而努力。
主角回到寝室后，女仆机器人安装了“合成”的功能。以后就可以合成道具了。
离开房间后，卡琳发来消息说，新的任务已经下来了，立刻到バルム星的ホルテス市的“ガ－ディアンズ”分部报道。
这次任务是保护好运输列车ミレ—ト4号，而运输的“Aフォドン”已经在15年前就已经开始研究了……而这些货物，宇宙海贼早就虎视眈眈了。
这次同样会有一名新的NPC与主角一同行动，而这次一同行动的人就是主角所在研修学院的校长。
在中央广场众人找到了这个有点好色的老校长，ルカィム．ネ—グ。他交给主角队伍卡片后，就去车站附近了。（这次任务开始点就在城市西区的记录点那里的车站）在车内主角和校长两人一组从4号车厢巡视到1号车箱，途中主角和校长聊到了自己的父亲（オルソン．ウェ－バ－），校长称赞他是个很了不起的人。
来到一号车厢时出现宇宙海贼所丢下的怪物，主角向后方车廂赶去调查情况，一路上砍掉三个刚才的怪物，来到4号车厢与卡琳、修加会合。再赶往一号车厢……一段猥琐三人组被校长轻松摆平的剧情后，主角和修加以及校长一起向车的最后尾赶去。
现在的敌人参杂了海贼，其速度比较快，配和那种机器人（就是打倒后自爆有伤害判定的那种）实在是比较麻烦，很难控制回避动作。
在4号车厢大家有发现了战地商人布鲁丝（ブル－ス）正好可以补给下恢复道具……在7号车厢，校长突然进入假死状态，从通讯器里的卡琳解释道说那是校长的老毛病了，只要过一段时间就会自动恢复了，突然间通讯那头的卡琳被奇怪的烟雾所笼罩，一会便失神倒地了，主角立刻向一号车厢冲去……
现在队伍里只有主角一人，可以说是比较危险的，一旦被敌人包围那就不妙了；所以最好使用挥剑速度快的单手剑和手枪，穿过4号车厢后就是BOSS战了。
BOSS是之前被打倒的猥琐三人组（早就看他们不爽了，没有理由不扁他们）推荐方法：因为是以寡敌众，所以总体来说就是小心不要被包围，其中他们的老大（用魔法的）会拼命的使用回复魔法，所以我们最好一开始就盯着他，由于单手剑的攻击力比较低，所以使用一下可以攻击多个敌人的大剑是不错的选择；他们在放合体技的时候（象某摇滚歌手登场时的烟花）只要保持一段距离遍可躲过……可是一旦冲入敌人群中攻击时就很容易被造成比较大的伤害，所以时刻要注意自己的HP。
一旦加血的主被作掉后，另外两个就是要多弱有多弱了。
再向前进时，发现海贼的BOSS泰拉（タイラ），几招下来，主角明显不是其对手，但是泰拉并没有向主角下毒手，其在助手利娜（リィナ）的协助下，将货物一并带走了……
确认卡琳没事的主角显然是安心了许多，但是机器人玛格西突然出现在两人面前，它对这件事情十分气愤，试图杀死主角，在卡琳的及力袒护下，主角终于逃过一劫。
第四章结束
第四章结束后就可选额外模式（エクストラモ—ド）在这个模式下，玩家可以自己创建自己的喜欢的人物来进行游戏。
