从80年代中期以来，台湾非常重视其防空系统的更新与完善。在建立了“强网”系统的同时，又从美国购进了先进的“爱国者”导弹系统，以加强原来由“霍克”导弹系统组成的中低空防空系统。在台湾防空体系中，“爱国者”导弹系统最重要的使命是反导和拦截大陆发射的弹道导弹。
“爱国者”防空导弹系统1965年开始研制，1970年首次试射，1982年投入批量生产并开始装备美军，用以截击飞机和导弹。导弹弹体长5.31米，弹径410毫米，超过当年美国海军“密苏里”号战列舰主炮口径，弹重1吨，最大射程100千米，最大作战高度24千米，可截击80千米内的飞行目标。当目标飞行速度为4马赫时，单发命中率高达90%。系统抗干扰能力非常强。虽然至今为止依旧是世界上最先进的防空导弹系统，但价格昂贵。台湾采购时，仅导弹的单价就高达110万美元。在1991年的海湾战争中，因拦截“飞毛腿”导弹成功率较高引起了全世界对这种导弹的关注，同时也开创了导弹拦截弹道导弹的先河。
图1：台湾爱国者导弹部队合照
“爱国者”导弹在成功的同时也暴露了问题。由于“飞毛腿”导弹是整体再入，最后命中目标的不仅有战斗部，还有整个弹体，因此再入稠密大气层后的导弹体积很大。“爱国者”导弹主要针对拦截反射面积很大的飞机而设计，其遭遇段、近炸引信以及火控雷达的精度能够适应拦截“飞毛腿”导弹，其所能拦截导弹的最高速度为10马赫左右。在1991年的几次拦截中，高爆破片战斗部虽然成功地击毁了导弹弹体，却没有摧毁战斗部，造成被击中的导弹落地后，依旧发生了爆炸。台湾第一批引进的“爱国者”PAC-2型导弹就是采用高爆破片战斗部。
解放军大量部署的东风11和东风15型短程弹道导弹与伊拉克老式的“飞毛腿”短程导弹有很大区别，发射进入大气层后，导弹的再入战斗部与弹体分离，再入舱体积远远小于整体再入导弹的体积。1991年美国声称有几枚没有拦截成功的导弹属于改进的“侯赛因”导弹，而这种导弹同样是在“飞毛腿”导弹基础上改进为战斗部与弹体分离，仅有战斗部再入大气层。对此，财大气粗的美军对策是采取多发导弹齐射进行拦截，以增加拦截成功率。第一次海湾战争中，经常出现2至4枚“爱国者”同时发射升空的景象。而对于台湾来说，拦截一枚大陆射来的导弹，就要付出220至440万美金，而且还未必奏效，这个代价是非常难以承受的。很有可能“爱国者”导弹所要保卫的目标本身也未必值这么多钱。
图2：
1991年海湾战争结束后，美国针对反导拦截问题发展了“爱国者”PAC-3型导弹。PAC-3计划是美国当前列为重点发展的“核心”战区导弹防御计划之一，将作为未来双层陆基战区导弹防御系统的低层防御系统。最初选用了两种导弹试验，一种仍为PAC-2系统所用的“爱国者”导弹，通过继续改进提高性能，另一种为洛克希德·马丁·沃特公司研制的动能拦截弹。经过多次测试后，1994年2月16日，美国陆军选择“增程拦截弹”作为新型PAC-3系统的拦截弹，并于1997年完成研制和飞行试验。但这种导弹到PAC-3的第三阶段改进后才能使用。
PAC-3计划的第一阶段改进结果称为PJLC-3／l型，已于1995年装备部队。第二阶段改进结果称为PJLC-3／2型，目前首批产品已装备美军9个“爱国者”导弹营的2个。为了演示新部署的PAC-3／1型和2型系统的作战能力，美国专门从国外购买了“飞毛腿”弹道导弹作为靶弹，并在1997年2月和3月进行了试验，“爱国者”成功地拦截了“飞毛腿”导弹。目前的PAC-3系统实际上是指当前正在研制的PAC-3计划的第三阶段产品，是采用直接命中体制的PAC-3动能拦截弹系统，被称为PAC-3／3型，其首批产品在1999年下半年开始装备部队。该系统将由新的拦截弹和改进的PAC-2系统的控制站、雷达和通信系统等组成。
PAC-3拦截弹由一级固体助推火箭、制导设备、雷达寻的头、姿态控制与机动控制系统及杀伤增强器等组成。全弹长4.635米，弹体直径为0.255米，起飞重量304千克，助推火箭关机后的重量为140千克，弹头与助推火箭在飞行中不分离，作战距离30千米，作战高度15千米，最大飞行速度6马赫。为了增大拦截目标的有效直径，以便靠动能摧毁目标，PAC-3拦截弹上有一个称为“杀伤增强器”的装置。该装置放在助推火箭与制导设备段之间，长127毫米，重11.1千克，上有24个214克重的长杆构件，分两圈排列在弹体周围，形成以弹体为中心的两个破片圆环。当杀伤增强器内的主装药爆炸时，这些破片以低径向速度向外投放出去，等于增大了拦截弹的有效直径，从而使目标或被整个拦截弹击中，或被破片击中。
图3：“爱国者”导弹防御系统
由于PJLC-3导弹的直径比PJLC-2缩小了0.155米，在一部只能装4枚“爱国者”导弹的发射车上可带16枚PAC-3拦截弹。一个“爱国者”导弹连共有8部发射车，只需对其中3部进行改进就可发射PAC-3导弹。这样，一个“爱国者”导弹连就可以根据不同的目标类型，发射不同的“爱国者”PAC-2导弹、GEM导弹、PAC-3导弹，可分别对付射程500、600、1000千米的来袭导弹。
2003年3月，美国政府官员以及军火工业界以“台湾面临大陆导弹威胁”为由﹐不断敦促台湾当局积极发展导弹防御系统，尤其是购买改进的“爱国者”PAC-3导弹。华盛顿方面认为台湾不应以“国防预算”不够为借口﹐而应该调整预算﹐设定优先级，并且建议将购买PAC-3型作为优先考虑。美国的建议并非完全站在台湾的防御立场上，更多是出于全力应付伊拉克战事，让台湾牵制大陆的立场。台湾舆论认为，陈水扁公开表态台湾发展导弹防御系统越来越迫切是在响应五角大楼的敦促。台湾导弹防御系统以台湾北中南三个都会区，部署总共9套系统﹐估计花费将高达美金32亿﹐这无疑将对其他“国防”预算有排挤效应，而1993年9月订购3套“爱国者”系统和200枚“爱国者”PAC-2导弹已耗资5.65亿美元。花费如此高昂的代价，新系统的有效性依旧难以确定。
台湾军方对“爱国者”导弹系统的反导作战效果不能确定也是不断拖延采购的原因之一。2002年4月3日，台“国防部”副部长陈肇敏在“立法院”受询时，亲民党“立委”林郁方问其台军目前防御弹道导弹的能力以及“爱国者”导弹的拦截能力怎样。陈肇敏回答现在已经部署的“爱国者”反导弹系统“勉强可以”，并解释导弹防御需要获得先期预警资料，包括弹道轨迹、弹道地点等，台军正在构建这些设备，以能先期获得相关信息情报。在回答“爱国者”导弹的拦截率时，陈肇敏回答“爱国者”导弹的原始设计是“执行反制飞机”的工作，若要执行反制导弹的任务“拦截率可能小一点”。
2004年2月，台湾当局决定编列千亿台币的预算采购“爱国者”PAC-3导弹。现阶段的导弹防御筹建目标是“建立局部防护能力，争取较长预警时间，使损害减到最低”，而未来将以外购或自制的方式，积极筹建台湾全岛的导弹防御体系。“汉光18”演习之后，台军更是声称其防空导弹密度已是“世界第一”，规划向美国采购的“爱国者”PAC-3型导弹部署在中部和南部的都会区周边。目前已完成中、南部“爱国者”PAC-3机动导弹阵地的勘测与选定工作。“爱国者”PAC-3导弹有机动部署的功能，平时可以隐蔽在洞库或加固的掩体中，战时可以在预定区域内机动，防止解放军导弹的跟踪打击。台湾的防空导弹阵地本身也是解放军弹道导弹的打击目标。
图4：东风-15导弹的发射车为自行设计的国产多轴卡车
中国的战术导弹中，最受台湾关注的是短程地对地战术弹道导弹。在1996年对台湾的恐吓性军事演习中，从江西和福建发射的东风15导弹击中了紧靠台湾的目标海区。目前解放军对台部署的短程导弹主要是M7、东风11、东风15三个型号。
M7战术弹道导弹是唯一以倾斜方式发射的短程导弹。这种导弹由老式的“红旗”-2地空导弹改装而来，因此沿用了“红旗”-2导弹的倾斜发射装置，是一种飞航式导弹。“红旗”-2导弹的库存数量很大，在解放军大量换装新型防空导弹后，从1986年开始将其改装为地对地短程导弹使用。M7导弹的射程为200千米，战斗部重500千克，使用履带车或者轮式汽车为运载发射平台，机动性好，适合野战。这种导弹造价极其便宜，而且数量据称有数千枚，从福建发射的射程能够覆盖整个台湾西部地区。由于这是数十年来大陆的积累，因此大量使用这种导弹并不会增加现在的实际付出成本。
图5：起竖中的东风-11甲型导弹，其起竖装置较东风-15自动化程度更高
东风15弹道导弹在国际市场上称为M9导弹，解放军装备编号为东风15。这型导弹在1984年开始设计，1988年定型生产。导弹射程600千米，据称有一种增程型射程高达1200千米，战斗部有效载荷为500千克。据称采用了再入舱矢量推力末制导技术，命中精度极高。由于再入舱与弹体飞离，而且弹头表面有非金属材料，雷达有效反射面小，难以捕捉，会造成“爱国者”系统误差增大。这对于采用直接命中体制的PAC-3型拦截弹是非常致命的问题；而装有高爆战斗部的PAC-2导弹杀伤破片，很可能根本无法摧毁这种弹道导弹的再入弹头。1996年射击台湾近海靶区的就是这种导弹。
东风11弹道导弹射程300千米，有效载荷500千克，正好在MTCR的限制范围以内，国际上称这种导弹为M11，解放军中的编号为东风11。东风11的制导系统与东风15导弹基本相同。在再入弹头尾部还有小鳍，国外消息称这种导弹很可能有在大气层内的弹道调整机构，因此判断导弹有末制导装置。由于再入飞行通常使导弹出现“黑障”，在4至5万米高度“黑障”消退，对于速度相对较低的短程弹道导弹，“黑障”消退高度更大，因此东风11导弹进行大气层内末制导能够达到很高的命中精度。东风11导弹从1985年开始设计研制，1992年定型生产。这种导弹采用类似俄罗斯“飞毛腿”导弹的MAZ543发射车发射，与中东国家拥有的“飞毛腿”导弹发射车相同，主要是考虑出口东风11导弹极为有利。据称，虽然东风11导弹系统在MTCR规定的300千米射程限制范围内允许出口，但是中国仍然严格限制这种武器出口。1999年中国展示的东风11安装有稳定尾翼，而2002年公开刊登的精度更高的东风11甲型导弹则取消了弹体的尾翼，改用燃气舵，因此可以推断，这种改进的导弹弹体分离高度更大，而且在稀薄大气层的弹道部分还有调整能力。
图6：
解放军弹道导弹的战斗部有很多类型。1996年主要是采用高爆战斗部对台湾近海进行威慑性打靶。实际上大陆军工企业有相应的各种集束子弹药配套，其中包括杀伤子弹药、反装甲子弹药、燃烧子弹药、温压战斗部和温压子弹药、地雷子弹药、钻地战斗部等。反装甲子弹药有末敏寻的型号。在100千米以上的远程火力作战中，导弹和子弹药的结合，是最为有效的打击手段，比远程火箭炮要有效得多。这也是解放军对一些厂家生产的远程火箭炮迟迟不定型的主要原因。
1996年底，美国卖给台湾的5个“爱国者”PAC-2防空导弹系统运抵台湾。这5个PAC-2系统共配备导弹320枚。按照美军对弹体分离的“侯赛因”导弹拦截率估计，需要发射6至10枚“爱国者”导弹才能拦截一枚“侯赛因”导弹。《简氏防务评论》估计东风11导弹的造价大约为40万美金，东风15导弹约为45万美金，而M7导弹改装费用可能只有10万美金。这就意味着台湾必须花费660万至1100万美金，去应对大陆每次只有40至45万美金成本的攻击，而且这种拦截只有百分之三十的成功可能性。根据陈水扁称解放军在东南地区部署有430枚导弹，这些导弹总成本在2亿美金以下，而台湾要对这些东风导弹的攻击行动付出28亿美金的成本。如果计入对解放军M7导弹的拦截成本，台湾需要的“爱国者”导弹数量可能达到惊人的程度。
图7：台湾防空导弹部署以及拦截范围示意图。图中可见，尽管有很多导弹连，但实际承受大陆导弹打击的地区只有少数防空导弹阵地
中国大陆相关的生产厂家目前开工并不足，而且很多配套厂几乎处于停产的边缘。一旦进行战争，这些厂家将全力开工，解放军获得的导弹数量会更多。台湾没有任何手段阻止或破坏大陆的生产能力，而大陆却能够采取攻击台湾全境和封锁，使台湾获得“爱国者”导弹更加困难，成本急剧上升，且数量急剧减少。
导弹拦截的成功率与攻击强度和分布有关。台湾的不利之处在于“爱国者”导弹必须分散部署在各个重要地区，而解放军的导弹集火射击能够随时集中打击任何一个地区。结果是台湾部署在其他地区的“爱国者”导弹鞭长莫及。这样使得少数“爱国者”导弹系统要承受解放军全部打击，雷达系统将迅速饱和失效。遭受打击地区的“爱国者”导弹的能力无法应对弹如雨下的导弹攻击，最终连同自己也将被摧毁，从而使得台湾整个防御体系被撕开巨大的拦截缺口。解放军继续实施对缺口地区的战场遮断作战，则将使台湾无法在缺口地区重组有足够能力的拦截防御体系，导致失去拦截防护的地区其他系统在解放军的导弹和航空兵的连续打击下相继瓦解。如此，即便台湾还有相当数量的“爱国者”导弹，但面对解放军的攻击也无能为力。大规模连续攻击最终导致台湾在缺口地区的防御遭到严重削弱，当削弱到一定程度后，解放军的登陆作战就将开始，台湾在这个地区的残余力量会彻底崩溃。