搜索引擎优化和搜索引擎广告都是搜索引擎营销的基本方法，两者的主要区别在于，前者主要基于搜索引擎自然检索结果的排名位置而获得用户的注意，后者则通过向搜索引擎付费的方式获得在搜索结果中被用户发现的机会。搜索引擎优化和搜索引擎广告的区别不仅仅在于表现形式的不同，而且还表现在投资收益率方面的差异。美国知名的搜索引擎营销服务商iProspect和市场研究公司JupiterResearch联合调查发现，超过1/3的企业认为，从投资收益（ROI）的角度来看，他们的搜索引擎优化比搜索引擎广告获得的赢利更大。实际上，很多企业委托专业的搜索引擎营销服务商为他们进行搜索引擎优化（SEO）的同时也在进行搜索引擎关键词广告的投放，因为企业希望通过搜索引擎营销策略获得尽可能大的收益。
iProspect和和JupiterResearch对138个企业营销负责人的调查反馈信息发现，有35％的被调查者认为，搜索引擎优化的投资收益率要高于搜索引擎广告，不过同时也有11％的被调查者给出了相反的回答，另有9％的被调查者则认为搜索引擎优化和搜索引擎广告获得的投资收益率没有明显差异。下面是详细调查结果:
美国企业搜索引擎营销的投资收益率调查（被调查者百分比）
搜索引擎优化的ROI高过搜索引擎广告 35%
搜索引擎广告的ROI高过搜索引擎优化 11%
二者ROI不相上下 9%
资料来源：iProspect & JupiterResearch,2005.8
iProspect的总裁Robert Murray说：“这么多网络营销人员将搜索引擎营销效果归功于搜索引擎优化，的确让他大吃一惊，要知道，现在每天听到的都是pay-per-click, pay-per-click, pay-per-click（搜索引擎关键字广告的点击付费）……”有些搜索引擎广告提供商甚至将按照点击付费的搜索引擎营销模式称之为“按效果付费”的网络广告，不过将点击作为网络广告的“效果”直接上并不一定确切，且不说在网络广告点击中有相当比例为欺诈性点击，即使是潜在用户正常的点击行为，离真正的收益效果之间还有很大的距离，点击是否能转化为最终收益，还有太多的不确定因素（当然这不能完全归结为搜索引擎广告的问题）。
目前国内搜索引擎营销市场同样存在搜索引擎广告（包括各种按点击付费的竞价广告和固定位置、固定收费的各种广告形式）和搜索引擎优化两个领域，由于搜索引擎广告服务商数量相对较少，并且大都采用了地区代理销售模式，因此在市场经营方面相对规范一些，而事实上已经有相当规模和影响力的搜索引擎优化市场则处于非常混乱的环境之中，许多从事搜索引擎优化的服务商要么本身没有多高的专业水平，达不到真正意义上的优化效果，要么采用各种作弊手段以欺骗搜索引擎的方式获得在搜索引擎中短暂的排名靠前，从而以“保证搜索引擎排名效果”的承诺获得用户的认可，但这只能让搜索引擎优化市场混乱不堪，不仅严重损害了企业用户的利益，也让国内的“SEO”服务基本上成为制造搜索引擎垃圾信息的同义词。
