日本国防部为加强保密机制，决定起诉泄漏日美军事机密、放出“中国潜水艇”消息的自卫队情报官。由于事件涉及中、日、美三国军情，加上日本政府加紧落实军事保密措施，日本媒体因此担心，今后报道军事消息将受约束。
根据报道，引起泄密情报官事件的是《读卖新闻》2005年5月31日的头条新闻，题目为“中国潜水艇，着火了?”
该则新闻说，日美两国国防官员确定，在台湾以及海南岛之间有一艘“明级”的中国潜水艇在南中国海着火，因故障无法运行。不过，日美双方后来确认，那并非一艘核子潜水艇，因此不会对周围造成影响。
据了解，报道刊登后，日方遭受到美方的谴责，认为报道内容触及军方的高度机密。日方深恐事情闹大影响日美的互信关系，不得不谨慎对应。调查发现，该情报官在友人介绍下，将有关情报告诉《读卖新闻》记者，犯了泄漏情报罪。
为整顿军纪，日本早在2001年10月，就已经通过一项称为“军事机密泄漏”的法律。其约束对象包括自卫队队员，以及提供军事设备的民间企业。而且，条文还注明，共犯可包括媒体记者。
这一案件使得主流媒体无不警惕，这可能会引发骨牌效应，使日本的新闻自由受到威胁。首当其冲的《读卖新闻》一连刊登多篇文章，批评政府的做法。它指出：“经社内调查，采访记者是以正当途径获得消息。报社不满国防部对报道取材途径进行搜查，因为此类行为，将使采访工作受到妨碍，影响新闻自由。”
评论也指出：“日本政府对报道机关，以及消息提供者进行搜查属于不寻常。其主要目的是要加强国防的保密态度，好向美方保证日方严守情报秘密的高素质。不过，这明显削弱民间的知情权。”