2004年3月，国家发展改革委员会下发了“发改高技[2004]408号”文件，同意依托中科院昆明植物研究所建设中国西南野生生物种质资源库，并将该项目列入国家重大科学工程建设计划。
中国西南野生生物种质资源库项目包括野生植物种子库、植物离体种质资源库、DNA库、微生物种质资源库和动物种质资源库，以及野生生物种质资源信息系统和种质资源库等。该项目建设目标是通过就地保护与迁地保护相结合的方式，以西南地区的野生生物种质资源保护为重点，兼顾周边地区，重点收集稀有濒危种、特有种、有重要经济价值及科学价值的物种，为我国野生生物种质资源的保护、研究、开发及合理利用提供技术支撑条件和决策依据。建立保存野生生物种质资源的科学研究和技术支撑体系、种质资源信息系统和技术支撑体系，成为国际上有重要影响的野生生物种质资源保护设施和科学体系，保障我国的生物战略资源安全，为生物技术产业和生命科学研究的发展提供种质资源材料和信息的支持。
中国西南野生生物种质资源库项目总投资14800万元，其中国家知识创新工程二期专项投资11700万元，云南省投资2800万元，中科院投资300万元。该项目由中科院和云南省政府共建共管的方式进行管理，建成后中国西南野生生物种质资源库作为非独立法人机构，实行理事会领导下的主任负责制，建设地点为云南省昆明市，建设期为5年。