中国航天工程总设计师王永志表示，继两年前中国首次将人送入太空后，这次的飞船发射“具有承前启后的重要意义，标志着载人航天工程新阶段的开端”。飞船系统副总指挥兼副总设计师秦文波说，研制神舟六号“为后续建设小型空间实验室和空间站打下了很好的基础”。
浓烟翻滚中，搭载神舟六号飞船的长征二号Ｆ型运载火箭，于北京时间早９时整，从中国西部戈壁滩上的酒泉卫星发射中心呼啸腾空。１０分钟后，４０岁的费俊龙和４１岁的聂海胜乘坐的飞船进入预定轨道。９时３９分，中国载人航天工程总指挥陈炳德宣布“飞船发射成功”。９点３５分，太空传来了两位航天员“一切正常”的报告。按计划，他们将脱下笨重的航天服，首次进入神舟飞船“主舱”——轨道舱——工作和生活。为此，飞船全面启动了环境控制和生命保障系统。“从这个意义上说，这是神舟飞船第一次全船启动。”飞船总设计师张柏楠说。与神舟五号相比，神舟六号除总重量增加外，从外观看并无差异。但后者的技术改进却达１１０项，涉及多个学科，主要为提高航天员在微重力环境下的安全与舒适。“神舟六号不是神舟五号的重复。”中国航天科技集团公司副总经理许达哲说。
神舟六号发射同时，中国还首次启动了酒泉发射中心内的副着陆场系统，以确保位于内蒙古草原的主着陆场在气象条件不理想情况下，仍能及时顺利回收飞船。
据悉，中国选拔新一批航天员以及第一批女航天员的方案正在制定中。中国航天员科研训练中心主任陈善广表示，未来的航天员名单中，除空军飞行员外，还将包括部分科研人员。“这将有利于更好地进行空间科学实验，推动太空资源开发，为全人类造福”。
