1907年6月，考古探险家斯坦因从敦煌藏经洞带走了29大箱文物。斯坦因离开敦煌时的一幕场景集中显现了藏经洞文物的流散命运：斯坦因已经预知他将在欧洲得到他梦想得到的荣誉，那个藏经洞的发现者王道士则除了用斯坦因给他的捐款修整寺庙，还要忍受着内心的种种矛盾，这一点是斯坦因观察到的，同样被斯坦因记录下来的是他在敦煌城外受到了敦煌地方官们的盛装欢送，他们根本不知晓斯坦因带走了什么，即使知道了对其意义没有概念。此后，法国、俄国、日本等国的在中国新疆的考察队都没放过藏经洞。《敦煌史话》记，敦煌文物中国现存2万件，流散到世界各地的总数大约为5万卷，主要流散到英国、法国、俄国、日本以及德国、美国、丹麦、德国等。
藏经洞文书经卷及艺术品呈现的是敦煌的一度辉煌。自汉武帝，汉朝的版图扩大到河西，随后在张掖、武威、酒泉、敦煌设河西四郡，长城修到了敦煌西面，设立了玉门关和阳关。敦煌成了从西域进入中原的大门。北宋的海上丝绸之路繁荣之后，这个地区相对萧条下来。明王朝在肃州西筑嘉峪关，敦煌被置于嘉峪关之外，从河西走廊通往西域的道路改从嘉峪关到哈密，敦煌就不再是东西交通的中转站，到嘉靖十八年（1539年）又封闭了嘉峪关，敦煌彻底荒凉，甚至渐渐被遗忘。到清雍正三年（1725年）重新设置了敦煌县，敦煌才稍有复苏。
世界上影响深远的文明体系有四个，中国、印度、伊斯兰和希腊，季羡林先生曾说，这四大文明唯一的一个交汇点，就是敦煌和新疆地区。敦煌及西域的文书文物发掘，复活了中国及世界许多被忘怀的往事。而藏经洞里秘藏千年的文书、经卷、典籍、方志、信札、契约、户籍、账簿、曲子等，都是印刷术使用之前的手写珍品，这些文书的书写时间大约从5世纪至11世纪，除汉文、藏文之外，还有大量已经不再使用的古老文字。导致藏经洞封闭的原因虽然还没有定论，但这些文书对复活一段历史的意义斯坦因就已经明确，只是当时中国的文人官僚们对此没有意识。
藏经洞文物流散是在一个大政治背景下开始的。19世纪末，中亚和中国的西北地域是一个政治敏感的地区，邻近的印度和阿富汗已经成为英国的殖民地和保护国，沙皇俄国的实力已经扩展到里海，这两个大国都在为争夺新疆这个还没有被瓜分的地区做各自的准备，中亚的探险热潮在这个背景下展开。斯坦因在《考古与探险》中叙述的状况是：“英国和俄国互相监视，日益怀疑对方向新疆扩张，全把眼睛盯着衰老的中华帝国”，俄国觊觎的是新疆西部的绿洲地区，而英国人理直气壮地把新疆西南部看作是英国的势力范围。以收集文物著名于世的斯坦因在新疆考古时也有附带的任务，就是绘制地图，考古挖掘时，他常常是在勘探遗址后，命助手和雇工挖掘，他本人则带着测绘员离开现场几天甚至一个月，对周边地区地形地势，水文地理，交通道口等进行勘测绘图。
1902年，“中亚和远东考察国际协会”成立，一个瓜分的狂潮来到。这些考察队从这个荒凉沉寂的地方不断地发出惊人的消息，埋藏在这里的文明遗迹和文物牵涉到久远的时代，那些汉简、罗马金币、波斯银币和文书上的多种文字都暗示着很多被丢失的记忆。当时在这块土地上来来往往着各种探险队、考察队、测量队，从1876年沙俄军官普尔热瓦尔斯基到罗布泊考察，50年间进入中国西北名目不一的考察队大约有42支，其中仅斯坦因考察队就来过四次。
藏经洞文物流散过程中，斯坦因并不是第一个人，王道士也是被谴责的主要人物，从1900年6月22日王道士发现藏经洞，到1907年斯坦因来到藏经洞，7年当中已经有进卷通过王道士散落在地方官绅的手中。关于王道士，我们现在所能看到的记载基本来自王道士的墓志铭和斯坦因书中的记录，王道士把藏经洞遗书交给斯坦因的过程并不是一个简单的愚昧、贪婪所能描述的。从1907年到1928年外国考察对几乎没有受到任何限制地从藏经洞带走文物，一批又一批的外国学者不远万里来到探宝时，中国的官绅文人们对这些文书价值的认识并不高于王道士。被斯坦因称为潘大人的潘震，在斯坦因第一次到新疆时，这个温厚的潘震虽然知道斯坦因的护照是游历护照，他给斯坦因提供的各种帮助都却超出了游历的需求，当他看着斯坦因把一箱箱文物运走的时候，只是留下了一个不解的疑惑：“为什么要把这些古代资料要运到西方去？”
他确实不懂。藏经洞发现之后，王道士向当地官方报告了藏经洞之事，也为他们送去了宝物，却没有得到斯坦因那样的重视，即使是翰林院编修，一代名文人叶昌炽，时任甘肃学政，1903年他手里就有了藏经洞的佛像、经卷，但他并没有兴趣走一趟，他眼中经卷佛像只是收藏品而已。
斯坦因把藏经洞文物展示于大英博物馆，向世界宣布了这个密室宝物，紧随其后，法国东方学家伯希和又运出一批，他到达北京时，消息已经传出，伯希和只得把随身带着的部分卷子在六国饭店展览。罗振玉每日到其寓所抄录，同时上书学部，敦促政府清点藏经洞的劫后残余，运回北京。1910年清政府才作出决定，把剩余的敦煌卷子全部运往北京保存。但在运送的路途中又遭到了一次严重流失，一路上几乎每到一处就失窃一部分，而窃取的文物无非是拿去求官，或拿着卖钱，或纳入私囊。
文革抄家时竟还有经卷被抄出。最后移交京师图书馆时为18箱，整理编号8697号。但敦煌遗书究竟有多少，很难有精确数字。这些封存了900多年的文书、经卷以及纺织品、绘画品在1900年被发现时究竟总数是多少，我们在不同的研究著述中得到的数字都不尽相同，原因之一是以斯坦因为例的收集整理方式打乱了藏品原有的秩序，如经卷与包裹经卷的帙被无知的分离，导致了很多难以复原的混乱，其二是在其流散的途径头绪杂乱，尤其是为了掩盖减少了的数量而把文物拆分几份以充数，更使复原困难倍增。
这里之所以要强调这些事实，是要说明，藏经洞文物的流散对中国学界是个惊醒，关于历史学的概念从此发生了现代转化。
王国维把殷墟甲骨文、汉简、清内阁大库档案及敦煌藏经洞唐人文书视为中国现代历史学的四大发现。但在这些历史文献被发现的时候，中国学人们大多表现的反应迟钝，而不知其历史学的价值。最早收藏甲骨的人，只知秘藏从未想到刊布于世以供研究，如叶昌炽于敦煌文物；清内阁大档刚被翻出来时，险些被焚毁，罗振玉听说后把它弄到了学部保存，辛亥革命后移到历史博物馆，因为经费短缺，其中3/4的档案被卖了废纸，又是罗振玉在街市看到被贩卖的档案后，追到纸场用3倍的价钱才买了回来。王国维说：对这些神物“举世莫知，知亦莫之重也。其或重之者，收集一二供秘玩，斯已耳”。
一战时各国在中国西北的探险考察由于战争而中断，
1924年1月美国哈佛大学福格艺术博物馆的华尔纳组成了哈佛大学考古调查团来到敦煌莫高窟，
藏经洞已经没有足够他满意的东西，他就在石窟剥离下26块壁画，搬走了一尊菩萨像。但这时的中国已经经历了5·4运动，启蒙了中国的现代意识，华尔纳第二年又到敦煌时，他带了两马车用于剥离壁画的胶布，但已经再难动任何手脚。华尔纳被迫离开敦煌的情景与斯坦因第一次离开敦煌时的情景已经有巨大的区别。1928年在学界的敦促下成立了古物保管委员会。1930年，斯坦因再次拿到中国考察的护照后，古物保管委员会向南京政府呈文，反对斯坦因在新疆甘肃的旅行，请新疆政府把斯坦因驱逐出境。迫于各方的压力，《古物保存法》在此期间公布，依照《古物保存法》斯坦因即使得到护照，没有古物保管委员会的文件，发掘文物也属非法，如此才能最终扣留了他又一次的收获物。
但是对古物主权意识的认识之后才带动了对其历史价值的认识。40年代初，画家张大千到敦煌临摹壁画，因为洞窟中的壁画有很多是多层壁画，绘制于不同的年代，而张大千崇拜北魏隋唐风格，为了临摹，他不知轻重地剥离了西夏、宋元的外层壁画。由于他根本不具备现代知识概念和相应的能力，经他剥离的外层壁画完全被破坏。他的愚昧与王道士虽有不同，但性质无异。当时北京大学教授向达正在此地考察，愤怒之至，在给中央研究院的信中说：“张大千氏以一江湖画家，盘踞此间，……做临摹工作，任意勾勒原画，以便描摹，损坏画面，毫不顾惜，且以洞窟作为家人卧室，……尤其令人愤恨者，为擅自剥离壁画”。1942年10月，向达《论敦煌千佛洞的管理研究及其他连带的几个问题》连载于重庆《大公报》，呼吁将千佛洞收归国有，交由学术机构管理。这个呼吁“逐渐化成舆论，到43年5月，张大千离开敦煌时几乎是被赶走的。
1944年元旦，以常书鸿为所长的国立敦煌艺术研究所成立，而藏经洞文书在日后成就了一门敦煌学。
