“十一五”国家科技支撑计划积极探索和推进机制创新，建立科学高效的支撑计划管理体系，在计划的组织实施和管理上主要有以下特点：
一、需求牵引，突出重点。支撑计划以国民经济社会发展需求出发，强调与国家目标的紧密结合，通过广泛征集部门、地方的重大科技需求，选择重大、重点项目，重点支持对国家和区域经济社会发展以及国家安全具有重大战略意义的关键技术、共性技术、公益技术的研究开发与应用示范。
二、突出自主创新。鼓励原始性创新，特别是结合国家重大工程建设和重大装备开发，强化以重大产品和工程产业为中心集成创新，从国外先进技术引进消化吸收再创新。
三、突出企业技术创新的主体地位，促进产学研结合。鼓励企业、高等院校和研究机构之间的合作创新，促进产学研联盟的建立。优先支持产学研联合的项目，把是否能形成产学研联合作为项目立项的评价指标之一。有明确产品目标导向和产业化前景的项目，必须由企业牵头或有企业参与，且企业必须有相应投入。
四、统筹协调，联合推进。充分发挥部门、行业、地方、企业、专家和科技服务机构等各方面的作用，实行整体协调、资源集成、平等协作、联合推进的机制，以项目带动人才、基地建设。进一步发挥部门、地方的作用。项目主要委托部门、地方组织实施。同时，在项目的组织实施中，要打破部门垄断和封闭，实现科技资源的有效利用，规定项目组织单位系统外的单位，承担项目任务的财政资金比例应不低于40%。
五、权责明确，规范管理。实行各方面权责明确、各负其责，决策、咨询、实施、监督相互独立、相互制约的管理机制。
六、注重发挥专家咨询作用，保证公正、公平。支撑计划将建立专家委员会，加强对重大战略问题和重大项目的决策咨询。对参与项目咨询和论证的专家选择，将实行随机抽取和回避原则，保证项目评审的科学公正。
七、加强评估、监督与绩效考核。进一步加强对项目的中期评估和过程监督，把中期评估作为滚动实施的重要依据，完善验收和绩效考评制度。
八、简化管理程序，提高透明度。简化项目申报环节，实行网上“一站式”申报，立项和验收信息实行公告、公示制度，促进计划成果信息的公开和共享。
来源:科技部网站