4月30日，卫生部宣布决定撤销牙防组。6月11日，卫生部举行新闻发布会，公布了对牙防组1997年到2006年间财务收支情况审计结果。卫生部认定，牙防组主要存在三方面违规问题：一、违规收取“认证”收入208.5万元；二、违规领取补贴；三、财务管理存在未经批准开设账户、对外贷款、奖金补贴和劳务费发放名目繁多等问题。
卫生部表示，根据审计结果，决定全额收缴牙防组收取的“认证”收入，鉴于牙防组已经撤销，卫生部将责成有关单位尽快彻底清理牙防组的遗留问题，并对相关责任人进行处理。
处理结果引起了诸多质疑。有媒体称，卫生部对牙防组处理只是“板子高高举起轻轻落下”——因为卫生部6月公布的审计结果，与今年5月卫生部规划财务司提交的《关于全国牙防组财务收支情况的审计报告》中所说牙防组从1997年到2006年“累计收入2769.76万元”有很大出入，对此，卫生部并没有解释清楚。舆论认为，牙防组事件不应由卫生部内部处理，而应由检察机关提起公诉。
“牙防组撤了，问题归问题，成绩归成绩，但对于牙防组的历史地位不能抹杀。”北京大学口腔医学院一位老医生表示，要历史看待牙防组问题。她认为，社会上包括媒体对牙防组还不是真的很了解。她说，通过包括牙防组工作人员在内的广大医生不断努力，10多年间我国儿童平均每人减少了一颗虫牙，牙病发病率不断下降。但对于记者提出的牙防组2700多万元收入问题，她也解释不清楚。
二
牙齿健康被世界医疗界认为是一个国家公共卫生发展程度的标志。上个世纪80年代，中国牙病问题突出，全国患龋率达到50％，平均一个人有两颗半虫牙，儿童患龋率更是高达80％，平均一个孩子有四颗半虫牙。
1988年，国际卫生组织在中国举办了一个有关牙防知识的培训班，介绍口腔保健经验。很多国内专家认为，中国应仿照国外的做法，在卫生部成立口腔卫生处。可当时正赶上我国精简机构，成立口腔卫生处是不可能的事情。
1988年秋，全国口腔专家座谈会在北京召开。专家们再次向卫生部提出建议，并希望卫生部的领导到会听取意见。时任卫生部部长陈敏章委派医政司司长张自宽代表卫生部参加了座谈会。针对国家精简机构的形势，张自宽提出了一个“三结合”的办法，解决了在当时十分棘手的编制问题——就是成立一个组织挂靠在一个医疗单位，由卫生部负责政策领导，但不给编制和经费。牙防组呼之欲出。
1988年12月16日，卫生部批准成立全国牙病防治指导组，张自宽担任组长，挂靠在北京大学口腔医学院并依靠医院的预防科开展工作。“当时专家们兴奋不已，几位老专家激动得热泪盈眶，仿佛已经看到了中国牙防的一线希望。”一位当事人回忆说。
牙防组成立之初，目的很简单，就是让每一个中国人“既要有饭吃，又要有牙去吃”。但是机构成立之后，第一个难题就是经费不足，因为卫生部不负责提供经费，但还要牙防组开展相关公益活动。
“当时我们搞一些牙病知识宣传活动，根本就没钱。老院长张震康就到天津等地一些牙膏企业请求支援，一般的情况下能给一万两万的，但十分艰难。”北京大学口腔医学院预防科王伟健教授回忆说。
