洗眼液中通常都含有少量防腐剂，经常使用对眼角膜、结膜健康不利；而且长期使用会使眼睛产生依赖性，本身正常的泪液分泌功能将会退化。
长期使用抗生素眼药水，有可能造成正常结膜囊内菌群紊乱，使眼内细菌产生抗药性，眼睛一旦出现感染，治愈起来更不容易。