在雷神之锤2的结尾时，地球正在遭受一个外星种族的入侵。Strogg，这个种族的成员是一群生化人。他们的身体由机械部件和被其吞噬的其他生物构成。为了避免地球遭遇毁灭的命运，一群精锐的陆战队员被派往Strogg的母星发动反击。然而，突击队几乎在登陆时就全军覆灭，只有一名战士得以幸存。他成功地渗透破坏了Storgg母星的防御系统，消灭了Strogg的“主脑”和Strogg人的领袖Makron。地球方面以为这样沉重的打击足以遏止Strogg的威胁，但事实并非如此。
在《雷神之锤4》中，Strogg族人的部队仍在不断集结着。然而Strogg行星的防线已被摧毁，地球军即将实施一场最终的全面进攻。在这个时刻，你不再是孤单一人。你将扮演Matthew Kane，Rhino小队的一位精英队员，也是地球军下一股进攻力量的成员之一。而在这场星球之间的史诗般的战斗中，一整支部队的士兵将追随你而战，军火库内的武器以及战车也随你调用。