巴基斯坦部队为什么此时要突袭红色清真寺，外界有不同揣测，但是其中原因之一，可能是与总统穆沙拉夫无法继续忍受激烈回教分子以中国人为攻击目标，伤害巴中双边关系。
《中国时报》11日报道，在三名中国工人8日在巴基斯坦白沙瓦市郊遇袭身亡后，中国外交部表示强烈谴责，并敦促巴国政府缉拿凶手，并采取切实措施保护在巴基斯坦境内所有中国人的安全。
此前，穆沙拉夫和总理9日发表声明，对袭击中国公民事件表示强烈谴责，巴基斯坦内政部长谢尔帕奥并公开对此袭击事件向中方致歉。
据《金融时报》报道，巴基斯坦政府对三千名在巴基斯坦境内工作的中国人，采取安全保护措施，并提供警卫保护他们的住所，并配备武装护送他们上下班。巴基斯坦外交部发言人阿斯拉姆于事发当夜指出，中国是巴基斯坦最坚定的同盟，此事件不会影响中巴关系，警察正在调查这起事件的动机。
事发后，中国媒体均有报道，除就事件本身进行报道外，对中巴关系并未做出过多评论。《新闻晨报》引述前新华社驻巴基斯坦记者孙翔宇的话说，他曾实地踏访过白沙瓦及其周边地区，认为当地人口构成复杂，因此在巴基斯坦尚未提供确切消息之前，“恐怕很难判断究竟谁是这起袭击事件的凶手。有可能是经济纠纷后遭到的报复，或是一些不法之徒进行敲诈勒索。”
《新闻晨报》还说，在经济方面中国对巴基斯坦援建项目众多，在政治上巴基斯坦与中国一直保持着友好关系，这也成为反巴基斯坦政府的极端组织，屡屡袭击中国人的原因之一，而且回教激烈分子也指责中国人把色情带入巴基斯坦，污染了伊斯兰文明。粗略统计，从2004年至今，已有二十余名中国人在巴基斯坦丧命。
穆沙拉夫攻清真寺是两面刃
巴基斯坦总统穆沙拉夫终于下令军队攻击红色清真寺，解救被押人质。此举对穆沙拉夫来说是双面刃，有其利处，但也有害处，而在危机不能再拖的情形下，他也只有如此了。
《中国时报》11日报道，红色清真寺的宗教地位很高，政治味道也很浓，巴基斯坦政府曾与其合作，曾利用它攻击在海外流亡的政敌，但这样的合作与利用却使红色清真寺有了质变，逐渐与巴基斯坦部落区的塔利班挂钩。
该寺教长艾济之且成为部落区塔利班的领袖，转回头来反对穆沙拉夫，以及穆沙拉夫与美国合作反恐的政策，甚且与反穆沙拉夫的派系暗中合作。
穆沙拉夫如果以军事力量铲除这个隐患，未曾不是有利之举，何况，红色清真寺与塔利班勾结，自然不为美国所悦，穆沙拉夫这样做，会得到美国的称许，美方即使不便公开喝采，也会暗自欣喜。
另一方面，这几月来穆沙拉夫始终投鼠忌器是因为红色清真寺的特殊结构，巴基斯坦宗教学校中，有不少学生家长是非现役军官，他们常到该寺祈祷，当朝的达官贵人也是这里的常客，穆沙拉夫采取强硬攻击行动自然会得罪这批人，难免失去些支持力量，何况军事行动势将导致人质伤亡，这又会引发人道主义者的批判。
红色清真寺危机已拖了五个月，批评者认为穆沙拉夫无能，但他一旦采取了行动，大约又会被批评为残酷，而孰是孰非，年底巴基斯坦大选时就可以看出民意依归了。
