输精管结扎术历史悠久，操作简单，是很普通的小手术。但若处理不当也会出现并发症。从近期看有出血、感染；从远期看，有痛性结节、附睾郁积症、性功能障碍和前列腺炎。常见的并发症有以下几种：
(1)结扎后出血，一般发生在24小时内。外出血型指血液向外流，易于发现；内出血型因积血部位不同，分为阴囊皮下淤血、精索血肿和阴囊血肿。出血程度有轻有重，处理要积极及时，更应注意预防。除医生需要注意外，受术者也应密切配合，如术后不能过早参加重体力劳动和剧烈运动。凡能使手术区受到过度摩擦、牵拉和使线头脱落致出血的活动都应禁忌。休息7天后才能逐渐恢复劳动。术后也需禁忌房事2周左右。
(2)切口感染和生殖系统炎症。切口周围有红、肿、热和痛等炎症表现。可分为切口感染、精索附睾炎、前列腺和精囊炎。
术后应注意保护好伤口，不要把包扎的敷料碰落或洗擦伤口。上述症状严重时应去医院就诊。
(3)痛性结节。有些受术者术后在结扎局部出现痛性结节。术后1个月以上在结扎部位仍有局部疼痛、压痛和结节，可诊断为痛性结节。这是创伤引起的组织反应，多数无自觉症状，主要原因是结扎线头和感染所致的慢性炎症、精液肉芽肿和神经纤维瘤样增生性结节。
(4)附睾郁积症。
(5)结扎后输精管皮肤瘘，阴囊前壁可见直径约4—6毫米的瘘孔，有精液和脓液外溢，挤压患侧睾丸时可见溢出增加，镜检可见精子、脓球、白血球。切除瘘管、结扎近端、还纳复位、放置引流条，很快就可愈合。
(6)个别人在手术后出现性功能障碍主要是心理因素所造成的。