序章
阔别两年半，鸣人回到了木叶村，刚回村，便遇到了小樱。然后卡卡西出现，为了验证鸣人经历修业后是否有长进，他对鸣人和小樱进行了第一项测试——铃铛抢夺大作战。
STAGE1要点解说：在开始不久的一个牌子前，点下屏的口寄可以召唤蛤蟆老大可以跳上去。(注意这种牌子在以后的关卡中也有一些，都可以获得一些道具之类的东西)，之后一路前进即可。
鸣人和小樱利用卡卡西对《亲密天堂》的痴迷便假装告诉他大结局，以此分散卡卡西的注意力而成功完成了任务。
BOSS战：对付卡卡西没什么难度，利用跳击会比较保险，看准时机还可可以点击下屏发动ナルト連弾，击中对方后需要不断在触摸屏上下或左右(随机一种)滑动即可发动。
通过了第一个测试后，凯出现了，并且对鸣人他们进行第二项测试
STAGE2要点解说：一路前进即可，从地下水路走会比较容易点。对付凯的战斗也没什么可说的，全部技能一齐上就搞定了。
完成凯的测试后，鸣人，小樱，卡卡西组成了新的队伍，并且前往五代目处报告。
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第二章
见到綱手后，卡卡西班被派给了第一个任务，前往砂之国搜寻有关一名晓得成员已经潜入砂之国的消息，并提供援助。
STAGE1要点解说：这个树林的路多需要上下来绕行前进，中途可利用高空跳跃来缩短行程。
与此同时，在砂之国，我爱罗也已经开始了与晓的成员——迪达拉的较量。
STAGE2要点解说：这关总体路线是多利用浮空平台往上前进，由于路程还是比较长的，所以一定要求稳，保证血量，战斗都可以尽量避免。浮空平台处一般都有提示牌，注意就行了。
BOSS战：与迪达拉发生战斗，对付他主要先躲避他的攻击，然后等他停留在某处平台时看准时机发动奥义——砂漠大葬，发动3次消耗对方一半多体力即可结束战斗。
但是毕竟迪达拉毕竟是晓的成员，他最后还是利用阴招打败了我爱罗，并将他带走了。第三章
勘九郎和手菊正在为我爱罗被抓走之事而商议，此时卡卡西班也赶到了，众人决定去追回我爱罗。
STAGE1要点解说：一直向右前进即可，注意浮空平台的标志。其实类似本关这里类的关卡，可以在关卡开始时选择操作李洛克来进行，因为他的弹跳高，所以难度也会减小很多。
众人即将追上带走我爱罗的迪达拉，而此时小的另一名成员——蝎，也是和迪达拉一起行动的。此时勘九郎异常激动，一个人冲了上去。
STAGE2要点解说：刚开始注意躲避滚下来的大球，掉到下层后利用浮空平台继续向右前进即可。
BOSS战：和蝎的战斗还是比较简单的，利用奥义或者跳击即可，消耗对方一半体力左右战斗结束。
蝎让迪达拉先走，而自己留下来对付勘九郎。由于蝎毕竟是傀儡之父，而勘九郎的傀儡最初可都是蝎制造的，勘九郎自然不是对手，几回合下来便中毒倒在地上，而蝎对自己下的毒也很有自信——三天即可要对方命，所以也没有立刻下手便离去了。
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第四章
众人追上了勘九郎，此时手菊也带着砂忍本已隐居的千代婆婆赶来了。由于勘九郎中的蝎自制的一种特殊毒，千代婆婆也没有办法，而此时小樱利用自己跟随五代目学习的医疗技术成功的将勘九郎体内的毒逼出，成功的挽救了勘九郎的性命。于是乎，众人继续追向迪达拉和蝎，勘九郎也被送回砂国养伤。
STAGE1要点解说：同样是向右前进，本关要注意有粘人的小虫子一定要及时按攻击摔开，地面上也会有伪装成一滩泥的忍者敌人，注意观察。中段有间歇性会消失的平台，记得跳跃的时候动作要快。
众人在树林中追上了迪达拉和蝎，而蝎还是让迪达拉先走，自己对付卡卡西班，此时手菊则独自去追迪达拉了。
BOSS战：对付蝎，援助系统可以立刻就放掉，然后注意跳跃躲避蝎的冲击，看准时机发动奥义——木の葉昇風，消耗他大约三分之二以上体力时，战斗结束。
STAGE2要点解说：和第一部分差不多，还是向右前进，注意躲避某些地方的回移动的刺球即可。
手菊在追查迪达拉的时候遇到了迪达拉利用其能力作出的蜈蚣，借此来拖延手菊的时间。
BOSS战：这只蜈蚣有两种攻击方式——向前吐炸药和向上吐炸药，前者只要在适当距离蹲下即可躲避，后者则要注意炸弹从上空落下的位置来躲避。对付他的话只能用下屏发动口寄来打了，注意要里蜈蚣比较近的时候才会显示可以发动，最好是在蜈蚣向上吐炸弹的时候发动，不然可能会被打断。查克拉不够了就躲避等待恢复。
之后卡卡西班也追上了手菊，而手菊此时因脚受伤不能行动了，所以只能托付鸣人他们继续追我爱罗了。第五章
此时凯班也已经赶到并与卡卡西班会合，来到了国境处的一片草原。此时离晓的老巢也很近了，众人进一步加快了脚步。
STAGE1要点解说：刚开始就用利用浮空平台来前进，后段有一连串扔链球的人比较讨厌，还直接走人走人比较好。
此时晓的另一名成员——鬼鲛出现在凯班的面前，实际上很久以前凯和鬼鲛曾经战斗过，但是凯是怎么都想不起来了，这也令鬼鲛有些不满，于是众人展开了战斗。
BOSS战：对付鬼鲛比较简单办法就是与他拉开距离，之后他会从屏幕另一侧走过来，这时候发动奥义的话他肯定会中招，利用这点不停的和他打游击战就行了，无伤都可以搞定。注意他放奥义的时候与他保持距离就行了，别往他头上面跳。
打赢后鬼鲛暂时撤退，众人继续追了上去。
STAGE2要点解说：这关有一种持棍的敌人，手中的棍子会伸长，注意保持距离。另外这关经常需要在墙上行走，注意保持自己的查克拉的量足够再进入BOSS战。
BOSS战：对付鬼鲛的第二场战斗，由于站在两边的水中查克拉会被吸收，所以战场最好锁定在了中间的一块草地上。平时就利用来回跳跃，抓住他的4连击的最后一下的硬直用跳击打，发奥义的话最好是他从水中间跳出来落地的时候发动，肯定会中。
打败鬼鲛后，发现对方用了一种从未见过的忍数早将自己的真身转移走了，众人打败的只不过是一个傀儡。
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第六章
经过卡卡西和千代婆婆的一些说明，大家了解了原来晓抓我爱罗是为了将他体内的一尾守鹤引出来，而这种体内封印着尾守的人就被称为人助力，这就是晓的目标。必须要组织晓从我爱罗体中引出一尾，众人不得不争分夺秒。
STAGE1要点解说：这关空中飞的鸟会在一定区域内追着你，所以还是直接赶路无视它比较好。这关还有很多针板是会随着你的移动而移动的，所以最好用跑的来尽快躲避。最后一段是要在几个移动的浮空平台之间跳跃来前进，注意跳跃的时候要掌握好提前量。
这次，一个熟悉的身影站在了卡卡西班面前，晓的另一名成员——宇智波 鼬，他就是宇智波 佐助的哥哥。鸣人看到他自然是一肚子愤怒，冲了上去。
BOSS战：与鼬的第一场战斗还是比较简单的，奥义，援助一起上就行了，注意保持距离看准时机即可。
看到鸣人的成长，鼬也不免发出感叹，所以暂时撤退了。
STAGE2要点解说：本关地图中红色的各层之间是可以利用下跳和跳进行上下移动的，注意观察地图利用这点向右前进就行了。
众人追上了鼬，与其展开了第二次较量。
BOSS战：这次鼬会有两个分身，只有攻击到本体才能伤到他，但是我们利用奥义和援助的话，基本可以无视了，反正总会打到他的真身的。平时可以用来会的跑动攻击来蹭血，很快就可解决他。
击败了鼬之后，出现了与击败鬼鲛相同的情况，鼬的真身已经被转移，留下的依旧是个傀儡。而此时，真正的鼬与鬼鲛已经回合在一起，看来他们的任务是拖延鸣人他们的时间。第七章
途中，千代婆婆有些奇怪为什么鸣人为了追回我爱罗而这么拼命，经过卡卡西的解释，原来鸣人其实也是一个人助力，而体内封印的则是尾兽中的九尾。鸣人有着和我爱罗相似的成长经历，因此他更能明白我爱罗的感受，所以决不会眼睁睁看着我爱罗又因为晓而受苦。
STAGE1要点解说：这关主要是向上方前进，途中注意地上会间歇性突起的黑刺。沿途注意寻找打破一些写着“封”字的箱子，这样才可以开启浮空平台继续前进。注意看地图，可以发现一些缺口处有墙壁堵着，这些墙都是可以打破的，而那些箱子往往在这些通路中。
终于赶到了我爱罗被晓抓到的地点，可是又一个难题摆在了众人面前，入口处被晓用“五封结界”给封印住了。要想解开这个结界，必须将隐藏在附近地区的五张写有“禁”的封印符同时撕毁。此时宁次的白眼发挥了作用，很快便找到了五张符的位置。
STAGE2要点解说：注意在水面行走时会消耗查克拉，如果查克拉用完了则会溺水身亡，所以在查克拉满了以后再在水面活动比较保险。在右下角的区域打碎一个封印石头以后就可以打碎最上面被封印的大石头了。
虽然破解了五封结界，但是同时敌人的陷阱也发动了，凡是破坏封印符的人，都会遇到一个与自己一模一样的敌人。
BOSS战：由于对付克隆体，所以这和玩家操作的人有关，这里就不说打法了。如果之前购买了最强的三段奥义，那么用这个来给敌人重创无疑是非常好的方法。
破除了敌人的陷阱以后，众人终于要突入晓的老巢了。小樱一击怪力，将堵在敌方巢穴的大石击碎，本章结束。
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第八章
众人刚进入洞内，发现迪达拉和蝎已经等候在那里了。看着我爱罗已经躺倒在了地上，看来已经晚了，我爱罗的人柱力已经被抽出来了。这让鸣人更为愤怒，他的怒喊反而报漏了自己人柱力的身份。而迪达拉则想把鸣人这个人柱力也抓获，因而用他的鸟带着我爱罗飞了出去，而鸣人自然是追了出去。
STAGE1要点解说：由于本关几乎是一片漆黑，所以只能看着下屏的地图前进了，好在本关并不复杂，敌人也只有蝙蝠而已，注意躲避链球机关向右前进吧。
鸣人追上了迪达拉，在被告知了一尾一旦被抽去，我爱罗就会死的消息后，鸣人更是决定打败迪达拉为我爱罗报仇。
STAGE2要点解说：迪达拉会在空中放炸弹，所以从下往上跳的时候不要急，一步一步跳，看清楚炸弹的掉落位置再躲开，当然如果你击中迪达拉，可以让他消失一阵。
追上了迪达拉后，卡卡西发动了万花筒写轮眼，这样迪达拉小吃一惊，将迪达拉击落到地面后，鸣人与迪达拉展开了战斗。
BOSS战：与迪达拉的战斗还是挺简单的，奥义援助一起上，与他拉开距离，他会放出3只爆炸鸟，蹲下躲开，然后立刻跑过去用冲击打也是比较安全的，注意不要碰到版边的蜘蛛，不然会爆炸的。
战胜迪达拉后他便立刻撤退了。第九章
与此同时，洞里面千代婆婆也与蝎“寒暄”了起来，而实际上蝎正是千代婆婆的孙子。
STAGE1要点解说：注意写有“爆”字的石头打碎会发生爆炸，本关还是比较简单的，注意地图中红色的平台依然可以下跳的。
STAGE2要点解说：与第一关差不多，刚开始从下方道路向右前进，然后到下层向左走，利用下层的道路不停的向右前进即可。
鸣人和千代婆婆追上了蝎，而实际上，蝎现在的这个样子只不过是蝎的傀儡罢了，他的真身实际上隐藏在傀儡之中，不过千代婆婆马上就要把这个傀儡解决了。
BOSS战：与蝎的战斗和之前的变化不大，发动奥义的时候最好是在他放出地老鼠一样的会爆炸暗器之后，此时他的硬直比较大，实际上即使连续按攻击键也可造成可观的伤害。
打败蝎之后，他的真身显露了出来（关于长相我还是不多说了），他又招出了早已失踪的风影三代目，看来风影三代目的失踪也是蝎一手策划的，而如今，三代目已经成为了蝎的傀儡。
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最终章
STAGE要点解说：虽然是最后一关，可也没什么难点，利用浮空平台前进即可，总体走的路线是一个U字形，在右上方迎来最终BOSS战。
BOSS战1：首先是与风影三代目的战斗，刚开始他会有飞镖护身，所以要站在远处引诱他把飞镖放完，注意他的顺序是放两次快标在放两次慢标，原地跳跃即可躲过。之后就可以近身放奥义了，来回几个回合便可搞定。
BOSS战2：与蝎的战斗可以说要分成两部分，刚开始他会招出许多的死神，这时候要先以攻击死神为主，建议靠在左边，左一下攻击右一下攻击，这样效率高，不容易受伤，当然也可以直接利用援助来攻击死神。干掉所有死神后，蝎会立刻放奥义，此时远离他站在另一面即可。然后他会冲过来，此时直接发动三段奥义就会直接击中他。接下来继续打死神，留一个反复躲避恢复查克拉，然后如法炮制，第二个三段奥义便可结束战斗。
鸣人他们终于打败了蝎，但是战斗远没有结束，围绕着晓的一系列计划，大蛇丸的阴谋，佐助在哪里，一切的一切，还在等着鸣人。
通关之后可以选择保留存档，并开始2周目
