倒下的杰奈西斯又扯了一堆叙事诗LOVELESS和命运等等的深奥话语后变掉落深渊不知死活了，扎克斯走出基地，却发现曾和克劳德都不见了踪影，无奈之下，他只好决定先奔赴本次出行任务的目的地——莫迪奥海姆……
顺着山路前行到达冰雪村,进入村中的废屋(有很多道具可拿，听取全部留言后左边有一道具可拿),在深处又发现了安吉尔复制体,战斗避免不了,这个小BOSS非常爱用沉默魔法,最好之前装备防御沉默的防具,让它的沉默魔法失效后就容易多了.战胜它后上楼,发现了受伤的曾和克劳德,曾告诉扎克斯安吉尔正在等他让他先去。继续深入，终于见到了安吉尔……
令扎克斯没有想到的是，这次安吉尔对他又是刀剑相对，“其实杰奈西斯真正想对付的是我”安吉尔说到，“而你，扎克斯，你该完成你的任务了（神罗公司下达的除掉安吉尔的任务）”。正在此时，霍兰德大摇大摆的走了进来，他竟然是安吉尔的父亲，而当谈到安吉尔的母亲已经死了的时候，霍兰德异常冷漠，原来安吉尔的母亲也是霍兰德的实验品，代号：“project 茱莉叶”，从霍兰德的话中扎克斯得知，安吉尔的母亲体内含有古物种杰诺瓦的细胞，而杰奈西斯和安吉尔正是靠移植和分裂安吉尔的母亲体内的杰诺瓦细胞而诞生的。“我不得不承认，杰奈西斯是个失败品，但你，安吉尔，你是完美的！你真正继承了杰诺瓦的力量！”霍兰德说到这里时兴奋不已。
有了西斯内赠送的神罗制摩托车，两人行动快了很多，可就在扎克斯高兴的时候，杰奈西斯和他的复制体突然出现在了他面前，而由于疏忽，还未动手扎克斯就已经先被制服了。“你想干什么？啊，好疼啊，不要拽我的头发！””[当怪兽让这个世界的战争终结时，灰色的天空将会有女神飞舞降临，展开光与暗的翅膀，将人们引向幸福，和“礼物”一起……]杰奈西斯在说着老台词的同时，眼神望向了扎克斯身边士兵的手。“啊！我的头发！”原来刚才那阵疼痛是因为一撮头发被拔了下来，此刻那撮头发就在旁边杰奈西斯复制体的手里。
“听说宝条拿你做了实验，用杰诺瓦·S计划对你进行了加工使你继承了杰诺瓦的力量。”“真的发生了这种事吗……”扎克斯其实自己也不太清楚他昏迷的那段时间到底发生了什么。此时，边上的杰奈西斯复制体突然将扎克斯的那撮头发吞了下去。“不是吧？你吃了我的头发？！”
“这个细胞就是我所说的[女神的礼物]，它可以阻止我的退化。”
扎克斯争拖开两名杰奈西斯复制体，“你到底想要干什么？！”“除了得到怪物的细胞，其他的一切都不重要。”“你自己不就是怪物吗！”
说完，杰奈西斯又念叨着《loveless》里一个新的片段离去了，而身后刚刚吞下扎克斯头发的杰奈西斯复制体却开始有了巨大的反应——他变成了一只怪兽……
BOSS战：获得了杰诺瓦力量的怪兽实力果然不一般，此BOSS的攻击频率较高，且范围大伤害大。不过还是有一定规律可循的，当扎克斯在他左边攻击的时候他就会挥动左边的爪子攻击，在他右边的攻击的时候则是挥动右边的爪子攻击，且挨一刀之后必定反击。玩家可利用这个特点，分别在两边攻击，以“砍一刀+向BOSS身后回避的频率攻击即可。BOSS没有什么厉害的魔法，但极限技还是会扣大量的HP的，请随时注意HP剩余量。
'安吉尔，究竟我该怎么办……”看着身旁中毒甚深的克劳德，无助的扎克斯此刻十分想念自己的前辈，但自己也只能坚强起来继续前行。
'哎？克劳德，我回到乡下了！这里是，空加加（コンがが，扎克斯的故乡）“。不过这里已经变成了废墟。为了确认安全，扎克斯将克劳德藏在一个相对隐蔽的角落，自己向村子深处走去（中间有三个宝箱需要破坏障碍才可得到，里面有一定几率是怪物）。
“你倒是什么都不怕，还到处乱跑”没想到在这里再次见到了西斯内，“你不知道他们很有可能在你的故乡等着你么？你是想来看你的父母么？”“哼，一般人回到故乡都会这么干吧。”
“我走了！”扎克斯转身想要离开，“小心点，从这以后的警戒又加强了很多。对了，除了你之外，还有人来过这里。”“谁？”“安吉尔。”西斯内特意拉了个长声。
“哦，是吗？”“是吗？他可是死于你的剑下，你听到他活着，就一点不惊奇？”“我从神罗公馆跑出来，多亏了那个家伙呢。”“原来如此。看来发送回来的目击情报是准确的。”
“不过，那家伙为什么会到这里来呢？”“除了想见你，还能想出其他的理由么？”
扎克斯突然转向天空，“快跑吧，安吉尔，塔克斯在这里守着呢！”
“我再给你十分钟，然后我就回塔克斯了。”“回去？”扎克斯听到西斯内不抓他而是回去有点意外。“是啊，我可不想报告给你父母让他们悲痛的消息。相比这些，你还是想想到时候怎么和你老婆说吧。”“胡说什么呢你！”“放心吧，你父母很好！”“是吗……那就好。”“对了，西斯内你的父母呢？”“是神罗把我养大的。”“呃……西斯内，不如什么时候让我们的父母认识一下吧，这样他们也许能成为朋友，平常在一起聊聊天什么的。”“呵呵，那就请多多关照了。”
两人扯了一会家常，西斯内就转身离开了。突然远处一个耀眼的白色翅膀吸引住了扎克斯的注意力，“安吉尔！真的是安吉尔！”扎克斯追了上去。
追到山顶，却没想到迎接它的是杰奈西斯复制体和另外一个怪兽。
BOSS战：两个小BOSS合在一起，也没什么可怕，不过还是要注意不要过于勇猛，如果两个同时发动攻击全数打在扎克斯身上也不是闹着玩的，何况两人都有极限技，所以还是要注意HP剩余量，以逐个击破为方针。此外，BOSS身上还可偷盗“沉默的冲击（普通攻击附带沉默效果的攻击）”等饰品。
刚刚击倒这两个缠人的家伙，却没想到又围上来两个，嘴里还不停的念叨着“S……细胞……”。正待又要动手，另外两人从天而降，“你是神罗战士，细胞已经经过处理而变质。”
“霍兰德？！你……也……”扎克斯看到了霍兰德的变化。“恩，是啊，在被杰奈西斯差点杀掉的时候，想要活下来只能这样了，我用了杰奈西斯的一点点细胞。”“所以，你也产生了退化现象……”“是啊，但是我并不悲观。”此时杰奈西斯插进话来，“[女神的礼物]——那些纯粹的S细胞就没有这些退化问题的存在了。”“纯粹？”杰奈西斯又举起了那个烂苹果转向了扎克斯，“你是和另外一个人一起跑出来的吧？那个和你一起逃出来的神罗的一般兵，就是最后的纯粹的S细胞的持有者。”
听完这话，霍兰德就带上两个怪物而去了，扎克斯知道他们的目标是克劳德，要上钱阻止，却被杰奈西斯拦了下来。“听说过，最终章第4节的内容么？”杰奈西斯又念起了《loveless》，“你说的这些我都没有兴趣！”“呵呵，这也难怪，这么美丽的诗句，连我都很难理解。得到[女神的礼物]最大的谜团就在于[水面]，也就是[生命之泉]，失落的最终章也没有正确的解释，但是，我相信我的解释就是正确的。”说完，杰奈西斯就离开了。
“很快就会见分晓的……”
“笨苹果因为土壤的原因只在巴诺拉有。”
“是啊，杰奈西斯总是拿着那苹果走来走去，要是早些想到就好了。”三人来到了巴诺拉。
“这里变了好多啊！”扎克斯环顾了一下四周，这里已经和第一次他来时没有什么共同的地方了。
“克劳德就交给你了。”“啊！”扎克斯将克劳德托付给拉扎德之后就出发了。
一直没有享受到迷宫探索乐趣的玩家终于能在这最后一章享受下逛迷宫的乐趣了。进入最后的迷宫立刻就可以找到一个“女神的マテリア”，可以先告诉各位，开启最后的最终战大门需要7个这样的“女神的マテリア”，分布在审判之渊和忘却之湖等地，比较显眼的几个我就不说了，标出其中几个比较隐蔽的位置，如下图：
'[我那用作复仇的灵魂，在苦恼的终结时终于实现的愿望，我的救孰—，就是你安详的睡去]”变回退化前原样的杰奈西斯说完了刚才说过的《loveless》中的文字。
“难道……你从一开始就……？”
“战斗吧！神罗战士1st 扎克斯！”杰奈西斯再次发出了战斗邀请。
“为什么，这么多的东西都要我来背负？！”扎克斯无奈的再次举起了剑。
BOSS战：杰奈西斯。这才是真正的杰奈西斯，普通攻击极其迅速且连续性强，一般都是5、6连斩，中了第一下之后就不好回避后几下了。CG中曾经用过的火球魔法是追踪效果极强的，还是用防御吧。剑型魔法的回避方法是趁他们合拢时向范围外回避即可，另外一种攻击魔法就是正面大范围，紧贴他向其身后回避就可以了。好在他的极限技不是很厉害，这场战斗是考验玩家普通攻击与回避技巧的，总体来说比刚才那场战斗容易很多，杰奈西斯的HP也不高。
被打败的杰奈西斯颤颤巍巍的走向了女神之像，在那一刻，他看到了真的女神……
“4年……为什么说是最后啊！”扎克斯一头雾水，“艾利斯，等着我……”(※注2)
说完，扎克斯扶起克劳德踏上了归程。“我一定要让你活下去……”
镜头转向一架直升机，里面传出了对话声：“这次我们是有重要任务的，那个人好象是我们的大哥呢。”“是吗。”“是啊，但是，他好象快不行了。”从直升机上走下两个穿着神罗士兵服装的人将杰奈西斯抱上了直升机随后离去了。
一张纸片从天而降……
“[即使在没有约定的明天，也一定会降临到你所在的地方。星星的希望化作细雨，在大地的边界，天空的彼岸，遥远的水面……]”一阵微风带着光辉吹过纸片，在结尾处留下了几个字母——loveless。
“完全没有找到，你那边呢？”
“一样。我现在正在赶往235点方向，你们去120方向吧。”
“了解。”驾驶员一掰方向杆，直升机向远处飞去。
在他们下方的某个角落，扎克斯将克劳德扶到了墙边休息。看着还是昏迷不醒的克劳德，扎克斯无奈的笑了笑，摸了摸克劳德的头之后转身离去，却完全没有注意到身后克劳德伸出的手……
不远处的山头上，数量多得夸张的神罗士兵出现在了扎克斯面前。
“真是的，看来自由的代价还是高呢！”扎克斯拔出破坏之剑，虔诚的对它行了一个礼，“持有梦想，无论在什么时候，都不要放下战士的荣誉。”说完，扎克斯向他们冲了过去。
枪声在耳边不断响起，子弹划破空气不断地落到身上，意识……渐渐在消失……而最后倒下前，脑海中……只有艾丽斯的身影……
而身在远方的艾丽斯好象也突然感到了什么……
……
难得的休假也被杰奈西斯复制体给搅乱了，玩家只好就地取材，以太阳伞为武器击退了这帮捣乱份子。不过还是从西斯内口中得到了些情报：原来艾丽斯是继承了具有特殊能力血统的“古代种”种族后裔，而因为这种力量她也被神罗公司盯上并一直处于被监视状态下。此时曾也赶来，告知扎克斯朱诺（ジユノン）被袭击了的消息，并要他和自己同去。
“那个孩子，不知为什么，看起来很悲伤……”，“你到底为什么来这里！”“恩，咱们做卖花的手推车吧！”“但是……”“来吧！”“好，我明白了，你给我在那里别动，剩下的就交给我吧！”扎克斯指着在上空盘旋的“安吉尔复制体”喊道。
接下来要为制造花车收集材料，可是刚出门，又有三个刚才闯进来的印有“神罗”标志的机械兵器出现，料理了它们之后，曾赶来，从他口中得知，这是新型的自走作战兵器，会感知怪物而自动进行攻击，主要是针对杰奈西斯复制体，配备于米德加鲁的兵器开发部门，是新型用于排除米德加鲁内的复制体而开发的。“但是，为什么要攻击我？他们难道分不清战士和怪物么？”扎克斯很不喜欢这所谓的新型兵器。“还需改进吧……”“还有，曾，我也不是很喜欢你，为什么要来监视艾丽斯？”扎克斯终于对此发了问。“如果你想和艾丽斯玩的话，我不阻止你，而我只是完成塔克斯的任务罢了。”“玩？我是作为战士来保护艾丽斯的！喂！等下！”曾没有理会扎克斯，独自离开了。
“恩？任务执行完了？”“啊，没有，现在有重要的任务要去执行，要离开米德加鲁一阵。”“原来是这样啊……那我可以给你打电话么？”“当然可以！我只是去执行任务嘛，很快会回来的！”“恩……能不能先陪我让斯拉姆到处都充满花朵呢……”
两人推着装满花的手推车来到街上，“恩，看起来很不错嘛！”看着推着手推车的艾丽斯，扎克斯说道。“大家，真的会来买花么？”
两人等了一会儿，不见有一个客人。“果然没有人啊……”“不会不会的，马上就会有客人来的。”扎克斯赶忙安慰道。“恩，果然是因为这个手推车太难看了吧……啊！客人”此时一个男子从附近走过，扎克斯见状，急忙跑了过去“哎！那边那个人，你要买花么？现在只收10GIL哦，这种价格简直就是放血啊，不买实在是你的损失！”扎克斯的举动着实吓了那个男子一跳，经过了一会儿交涉后，扎克斯又跑到艾丽斯跟前，“他答应5GIL买了！”“恩，多少钱到是无所谓……”“不，不能在这方面认输啊！我再去和他商量商量价格，7GIL，一定会成功的！”“恩……不过那客人已经……”扎克斯回头一看，那男子早已不见了踪影。“艾丽斯……对不起……”“怎么了？我很开心啊！和扎克斯一起……啊，扎克斯，有客人来了！”一个小男孩路过，艾丽斯急忙迎了上去。
在不远处，曾目睹了这一切，仿佛明白了什么。“放心吧！这女孩就交给我了！保护她的安全也是监视内容之一。”“恩，除了你也没有其他人可以拜托了……”曾看着扎克斯的样子，哈哈笑了起来。“你笑什么啊！那……她就拜托给你了！”。
镜头转到尼布尔海姆，原来这里也是萨菲罗斯的故乡，而当扎克斯问到萨菲罗斯的双亲时，他口中再次出现了那个名词：“杰诺瓦”，那是他母亲的名字。
来到旅馆门前，两人突然被一个名叫蒂珐的女孩叫住了。“你们就是前来调查的神罗战士？”“是啊，我是扎克斯。神罗战士1st知道么？那可是极少数的精锐才可以配的上的。他是萨菲罗斯。”此时蒂法好象要说什么却突然又忍住跑开了，“真是奇怪的孩子……”扎克斯一头雾水。
“很遗憾！你也是怪物！。”一个熟悉的声音响起，一个火魔法迎面袭来，萨菲罗斯防御住了，而扎克斯则重重得被掀到了地上，此时，杰奈西斯从天而降，“你是project 杰诺瓦所创造出来的最强的怪物。”
“杰奈西斯，你果然还活着。”“呵呵，如果我这个状态可以算做活着的话，就算是吧！”“project 杰诺瓦究竟是什么？”“project 杰诺瓦就是这些用杰诺瓦的细胞所进行的实验的总称。”“母亲的……细胞？”“可悲啊萨菲罗斯，根本没有见过你母亲，只知道这个名字，凭借着自己的想象来定义母亲的地位。”
“住嘴！杰奈西斯！”扎克斯在一旁喊道。
杰奈西斯没有理会，接着刚才的话说了下去，“那个2000年前在地下被发现的，怪、物。”
“借助你的力量，才可以阻止我的退化。神罗战士1ST，萨菲罗斯。”“杰诺瓦计划·G诞生了安吉尔，我也是这样被制造出来的怪物，而杰诺瓦计划·S，是践踏着这些失败的计划制作出的完美的怪物（意指萨菲罗斯）。”
“你现在和我说这些不觉得晚了点么？”
“你没有复制他人的能力，情报也不会扩散，所以你不会退化。所以，把你的细胞给我吧！”说着，杰奈西斯又念起了《loveless》里的片段，并将一颗已经腐烂的苹果（代表着退化）伸向了萨菲罗斯。
“扎克斯，怎么没见过你用那把剑？”克劳德问出了扎克斯曾经问过安吉尔的问题。此时，往日的情景又浮现在了扎克斯脑海里，“用了的话剑就会脏了、钝了，那样就太可惜了；和剑相比起来，还是你重要，那么一点点……”
“这是梦想与荣誉的象征，恩，就是那样吧，这是我曾经迷失过的东西。”想起安吉尔令扎克斯心情平静了很多，“谢谢你，克劳德。好了~睡吧！”
第二天早晨刚走下楼，蒂珐就跑来告诉扎克斯发现了萨菲罗斯在神罗大屋，赶忙赶去，出门却接到了艾丽斯的电话。
“啊！终于打通了！”“呃，不好意思，艾丽斯，我这里有点事情，待会儿再打给你吧！”“恩……不打过来也没关系的。”“我一定会去找你的！”“恩，我等着你……”“恩，就这么说定了。”
挂上电话来到神罗公馆，从二楼的右侧房间进入地下室，在这里每击破一个那种会吐水炮的敌人就可以获得一把钥匙，可以打开这里两个小房间中的棺材，而其中有一个棺材打开后扎克斯惊叹了一下便又合上棺盖了，细心的玩家应该猜到里面是谁了吧，没错，里面就是把自己被宝条改造看成是自己没能阻止露克蕾茜娅所受到的惩罚，而在神罗大屋地下进行长眠的文森特·瓦伦丁。
之后在里屋发现了正在专心翻看各种资料的萨菲罗斯。
“2000年前在地下被发现的假死状态生物，这个生物被曾经统管神罗科研部门的嘉斯特博士命名为杰诺瓦。X年X月X日杰诺瓦被确认为古代种。X年X月X日杰诺瓦计划被承认。魔晃炉一号得到使用许可……”萨菲罗斯一边翻看资料一边喃喃地读着上面的文字。
“杰诺瓦计划……我的母亲也叫杰诺瓦，这难道是巧合么？嘉斯特博士，告诉我到底是怎么回事……你是怎么死的……”
丢了魂似的萨菲罗斯完全没有注意到扎克斯的存在，就一直那样不停得翻看着各种各样的资料，而地下室的灯自那以后就一直没有熄灭过……
此时接到克劳德的短信，告知蒂珐已经和她父亲去追萨菲罗斯了。急忙赶到神罗魔晃研究设施，却见到了蒂珐倒在了地上，扎克斯想上前去看看她有没有事，“讨厌！我讨厌所有的神罗战士！”，看到蒂珐这样，扎克斯非常伤心，同时怒火也烧到了极限。
拔出破坏之剑，全力一击，刻有JENOVA的大门被粉碎，萨菲罗斯正站在面前，对着一个奇怪的生物说着什么，'母亲，一起夺回这个星球吧，我有一个很好的主意，我们一起去约束之地……”
“萨菲罗斯，为什么要杀害村民，为什么要伤害蒂珐！回答我！萨菲罗斯！”扎克斯愤怒的质问道。
“哼哼哼，母亲，那帮家伙又来了，凭借母亲优秀的能力和知识，本应该是这个星球的支配者，但是，那些家伙，那些一无是处的家伙，却从母亲的手里夺走了这个星球。不过不要悲伤，我们一起，去把它夺回来。”说完这话的萨菲罗斯将面前生物的盔甲摘掉，“终于相见了……母亲……”
面前，一片漆黑……“那就是战士么？”“这样可怜的战士不要也罢”那是……安吉尔！“安吉尔！”扎克斯喊到，可却感到自己被囚禁在什么之中，而安吉尔则好象没有听到扎克斯的呼唤一样，舞动白色片翼扬长而去。
一片白色羽毛，缓缓在面前落下，“那样的翅膀……也给我一个吧……”
