《X档案》分集剧情介绍：大结局
第1集 氯胺疑魂（上） Nothing Important Happened Today
Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。
第2集 氯胺疑魂（下） Nothing Important Happened Today II
Doggett发现政府利用在饮用水中加入经分子改造后的氯胺的方法来制造supersoldier。
第3集 撒旦回归 Daemonicus
一个研究撒旦的前大学教授现精神病人设计从精神病院中逃脱。
第4集 地狱旅程 Hellbound
一百多年前死去的一个人不停地转世，用剥皮的方法杀死由那一世里四个凶手转世的人。
第5集 镜像空间 4-D
一个人能自由地穿梭于平行宇宙，他在其中一个宇宙杀死了Monica，打伤了Doggett。
第6集 蝇 Lord of the Files
一个男孩因遗传而具有类似苍蝇的特殊生理结构，能招来虫子。
第7集 心灵捕手 John Doe
Doggett调查一个银行家来到墨西哥，他被清除了记忆。
第8集 信任危机 Trust No 1
Supersoldier骗取了Scully的信任，引诱Mulder出现，想杀死Mulder。
Scully和Doggett发现磁铁矿能杀死supersoldier。
第9集 心魔 Underneath
一个人具有双重人格，能化身为另一个人杀人。
第10集 天命（上） Provenance
一个FBI探员来杀死Scully的孩子，另一个崇拜UFO的组织绑架了William，企图保护他。
第11集 天命（下） Providence
崇拜UFO的组织绑架了William，Scully又找回了他。
第12集 幻想成真 Scary Monsters
一个小男孩会因为恐惧而产生幻想，这些幻想出的虫子能够真的把人杀死。
第13集 再生情缘 Audrey Pauley
一个医院的护工建造了一座医院的模型，医院中脑死亡的病人的灵魂都会停留在其中直到死去。
第14集 寻凶记 Improbable
一个凶手依据数字命理学的计算结果来选择受害人。
第15集 异类病毒 Jump the Shark
Lone Gunmen为了保护人们不被扩散的病毒感染而牺牲。
第16集 解开心结 Release
Doggett重新调查自己的儿子被害的案件。
第17集 母与子 William
怀疑是Mulder的人企图伤害William，Scully决定把William送给别人抚养。
第18集 美丽人生（阳光灿烂的日子） Sunshine Days
一个拥有超能力的人因为孤独而用超能力幻想出30年代电视剧中的美满家庭。
第20集 真相（上）-（下） The Truth
Mulder闯入秘密军事基地而被控谋杀，众人合力帮Mulder逃脱。Mulder带Scully到新墨西哥寻找真相。晚上，M&S在旅馆中相拥而眠。
