怪医黑杰克21 剧情梗概：大结局
黑杰克与21年前抛弃自己跟母亲的父亲（间影三）重逢之后，就出现企图取他性命的神秘组织，这一切绝对是和父亲身边的人事物有着关系。就在此时，黑杰克在恩师本间医师的医院里发现了一张相片，不知为了什么原因，本间医师与父亲一起在相片里，解开谜团的关键就在这张相片，为了揭穿这个巨大的阴谋，黑杰克与皮诺可展开冒险之旅。
企图夺取黑杰克性命的神秘组织是谁？充满谜团的“黑色计划”究竟是什么呢?
怪医黑杰克21 分集剧情介绍：
第1话 医师证照回来的日子
一心想要逮捕黑杰克医生的友引警部，在黑杰克替他儿子医治好十分难治的狮面病后，也决心要帮黑杰克申请医师执照，然而桀骜不驯的他看不惯医师会那些医生的嘴脸，再次放弃考执照的机会于是被抓进监牢里，直到医师会会长自己的儿子遭枪击，来求黑杰克医生动手术…
第2话 BJ与父亲的重逢
留在录音机的一名男子的声音，以及黑男这个名字让黑杰克又想起儿时的回忆，当时他与母亲一起遭遇到未爆弹的意外，黑杰克在接受本间丈太郎医师奇迹式的手术后捡回一条命，可是母亲却过世了，而他的父亲竟然在此时狠心丢下他们母子，相隔21年后才出现要求黑杰克为他现在的妻子动整型手术，要把她变成这世上最美的女人…
第3话 悲伤的皮诺可
黑杰克医生从父亲间影三那里回来后，立刻就遭遇到未爆弹的意外，虽然警方并没有挖到他的遗体但是种种迹象显示黑杰克已经死了，皮诺可虽然不愿意相信，但是老板先前就受黑杰克所托要让皮诺可被人收养，伤心的皮诺可也不得不接受这样的命运…
第4话 北欧的黑色天使
黑杰克为了调查在本间医师医院中发现的相片，和皮诺可来到北欧找克罗杰尔博士，没想到克罗杰尔却在两个月前车祸变成植物人，而该院的迪文副理事长还要提供高额费用，请黑杰克假扮成院长公开为一个癌末的母亲动手术…
第5话 机械手臂
黑杰克和皮诺可这次来到修达因综合医院，拿着那张相片要问修达因博士21年前的事，以及他提到的关于"黑色计划"的事，正巧在这里遇到木实女医师，并且因此为她的病患特里顿进行手术，让他免于被切断手臂装上机械手臂的遗憾…
第6话 空中医院
黑杰克为了追知道黑色计划的修达因博士，急着赶往英国，不料机场人员表示要再确认他的身份不能马上让他出境，结果就在此时黑杰克遇到曾经看过他动刀的西川医师，这位女医师表示可以带黑杰克前往英国，并且是搭乘由白拍子医师开发的空中医院…
第7话 百亿圆的生命约定
黑杰克在中东的某个小国家，被一名醉汉指认为杀人凶手，刑警不分青红皂白逮捕他还对他刑求幸好一个在这里偶遇的日本人蚁谷出面作证，把黑杰克从黑牢里救出来，黑杰克想酬谢他蚁谷都不收，于是他们约定好如果蚁谷生病或受伤时黑杰克绝对会医好他，没想到后来蚁谷被那个神秘组织的杀手追杀…第8话 65年后的清醒
一名病患在65年前的矿坑爆炸事件中受伤，从此失去意识身体也无法动弹，但是神奇的是65年来他竟然没有老化还保有少年的样子，他的家属原本打算放弃要请奇利柯医师让他往生，后来在西川医师的努力下，要请黑杰克医生为他动手术…
第9话 心脏的刻印
在修达因博士的指引下，黑杰克带着皮诺可为了找知道所有秘密的男子乔治博士来到纽约，没想到在这里遇到我的恩师本间医师禁止我医治的-谜样的心脏病"本间血肿"的病患，不过同时那个秘密组织狙击了黑杰克…
第10话 纽约的奇迹
黑杰克受到红蜥蜴的枪击，幸好母亲的遗物项链的坠子救了他一命，随后他决定要救比尔的母亲凯瑟琳女士，于是他先订好一个最高级的人工心脏，没想到他为凯瑟琳女士动手术之后发现她原来就是人工心脏，而且是超科技的人工心脏…
第11话 神秘医师的宿命
在巴特院长的指引下黑杰克来到加拿大，寻找他要找的关键人物乔治博士，没想到才刚找到乔治博士可能的住处就被一名女子以枪相对，原来她是乔治博士的女儿由莉，而她是为了预防哥哥奇利可来让父亲安乐死，因为他们的父亲乔治博士也罹患神秘的绝症Phoenix病(凤凰病)…
第12话 极光的彼岸
知道所有秘密的男子乔治博士，因为罹患无法医治的绝症-Phoenix病(凤凰病)气绝身亡，黑杰克只好带着皮诺可前往位于北极圈的研究室，想在那里找出一些线索，没想到红蜥蜴为了争一口气追杀到这里，最后竟然是黑杰克救了她一命…
第13话 皮诺可，回日本去!
在红蜥蜴告知的线索之下，黑杰克与皮诺可来到非洲要找一位库玛博士，因为他可能知道Phoenix病(凤凰病)的秘密，不过没想到一到加彭共和国他们被水患困住，幸好遇到写乐父子才有地方住不过也因为这样的机缘，黑杰克拜托写乐父亲带皮诺可回日本…
第14话 恐怖的Phoenix病
黑杰克医生与皮诺可进入丛林后，遇到了玛丽之后好不容易找到了克玛医生，克玛医生在得知黑杰克是间影三的儿子后，说出"黑色计划"(noirproject)的事，随后又在自己受伤后说出关于Phoenix病(凤凰病)，以及恐怖病毒的真相…
第15话 BJ父亲的真相
黑杰克接到父亲病危的通知急忙赶过去，迎接他的是父亲的现任妻子，也是黑杰克为她动整容手术的莲花，莲花很恨黑杰克把自己整成和他母亲一样的脸派人杀他，幸好红蜥蜴及时出现救了他不过幕后黑手竟然派人紧接在后抓走黑杰克…
第16话 向毁灭挑战
黑杰克原本终于要带皮诺可回日本，没想到却在机场被请到"空中医院"上，原来是有个罹患Phoenix病(凤凰病)的病患要黑杰克医治而且委托人是莲花，更让人意外的是病患竟然是他的父亲全满德，然而更大的危机就要出现了…
第17话 生命的尊严
原本要到"空中医院"医治全满德的黑杰克，以及皮诺可，白拍子，西川等人，没想到却因为在癌症放射线的照射下BOP病毒更加进化蔓延到皮诺可及西川身上，另一方面美国空军基地为了怕病毒扩散竟然发射飞弹要让"空中医院"彻底消失…
