本剧改编自日本漫画家黑乃奈奈绘的超人气漫画作品《新选组异闻录 PEACE MAKER》，主人公并不是日本历史上著名的土方岁三、冲田总司等人，而是新选组的有志青年市村铁之助。
故事从日本元志元年（1864年）3月的京都开始，父母被长州藩士杀害的市村铁之助，一心想要变强于是加入了哥哥辰之助隶属的新选组。但这里的人都因为阿铁个子矮年龄小看不起他，叫他小家伙，阿铁根本无法加入。
此时沮丧的阿铁遇到了新选组的成员冲田总司，两人更建立了友好的关系，有总司的介绍阿铁终于顺利加入了新选组，并成为了土方岁三的小姓，这和阿铁当初加入的目的完全不同让他心生不满。
之后，遇到了新选组的局长近藤勇等人，阿铁也逐渐融入了新选组。某天，新选组的敌人尊皇攘夷派长州藩士吉田稔磨在京都的街道上防火引起了骚动。当时阿铁和一个少年在街上大吵起来，少年名叫北村铃，他是吉田的小姓。
而在岛原花街，阿铁爱上了曾帮助过他的沙夜，不久阿铁更在这里和阿铃重逢了，两人很快成为了朋友。
另一方面，身为兄长的市川辰之助始终很烦恼，他一直不满唯一的弟弟加入新选组，而土方、山南等人的执着，总司忍耐着病魔的阴影，相声三人组经常爆出的搞笑桥段和他们之间真挚的友情等等，让本故事更加充实。
故事中还会发生日本幕末世代著名的历史事件：池田屋事件。