湘伦找小雨找了好久，但是因为小雨进入未来后第一眼看到的是大勇，所以看两个有情人终于未能见面冰释误会，小雨随后来到了旧琴房，弹起了那首《Secret》又回到了20年以前的生活中。路小雨告诉了叶湘伦的父亲这件事情，但所有人都认为小雨有精神病。小雨的妈妈甚至还专门买了治疗精神病的药给小雨吃。同时她在学校也受到了同学的肆意嘲笑。一个同学在课间竟写小纸条给小雨问她20年后的浪漫爱情中失身了没有。小雨难过极了。回到家里再也不肯去学校了。
湘伦跟小雨在一起的时候曾经对小雨说过，“毕业典礼上，我要为你演奏”。到了小雨毕业的时候，湘伦的爸爸来到小雨家里找小雨，希望她能参加毕业典礼。小雨想起了湘伦说过的话。和湘伦的爸爸合影完后，便再次去了钢琴教室。弹奏《Secret》让她再次来到了20年后，并出现在了湘伦的毕业典礼上。听到了湘伦为她弹奏的《天鹅》。正在这时候舞台上的湘伦发现了他寻找了5个月的小雨。小雨发现湘伦看着她，回身便走。湘伦钢琴还没有弹奏完毕就也跟着跑出去追小雨。湘伦追到她后抱住她说：“你不要消失了好不好？”湘伦的爸爸也追了出来，呵斥他要他继续参加典礼。湘伦回身要小雨在教室里等他。这个时候不巧又被小雨看见了晴依借给湘伦的幸运手链。小雨想起了那天橄榄球赛的对话，误以为湘伦与晴依在一起了，伤心之下又回到了20年以前。
湘伦毕业典礼完毕后来到教室，只看见他的两个朋友在偷别人的东西。湘伦问他们是否看见了小雨。他们很奇怪。湘伦继续说“就是那个在舞会时和我一起跳舞的女孩子”。他们听后都很惊讶，“舞会时，你明明是一个人在跳啊。”湘伦也想起了那天舞会后，有女生对他说，“下次如果没有舞伴，可以来找我啊。”又想起小雨的确是有些奇怪——为什么她都没有朋友，也没人理她，而且她还不准湘伦在学校的琴房弹那首《Secret》。思路一点点清晰，湘伦终于感到了小雨并不是个一般的女孩子，所有人都看不到她……湘伦情绪复杂地来到教室小雨的座位上回想他们的点点滴滴的美好。这时竟然看见了修正液凭空在桌子上出现“我是小雨，我爱你，你爱我吗？”等字样，他再也受不了失去小雨的刺激，疯狂写出“你在哪”，在湘伦想写“我也爱你”的时候立可白没有油了，湘伦拼命用笔尖刻出一颗心（看出拼命是因为心的最后一笔有个长长的尾巴。可能是太激动）。湘伦困惑极了，再次来到小雨家。他听到了《情人的眼泪》，又看到了那本《天鹅》，打开《天鹅》后，湘伦和小雨的妈妈看见了小雨在20年前画的湘伦。小雨的妈妈这才发现错怪小雨了。他感到很疑惑，这时小雨的妈妈从抽屉里拿出了小雨与小伦的爸爸的最后一次合影，湘伦飞快地赶回家里并从父亲那里了解到了关于小雨的事情。
湘伦的父亲说：小雨是他20年前的学生，钢琴弹得很棒，就是有些喜欢胡思乱想，还说什么20年后喜欢一个男生的事情，他们都认为小雨是神经病。湘伦听后顿时明悟了这所有的一切，并马上跑去学校的音乐教室，琴房已成工地，到了拆琴房的最后关头，眼看时间就来不及了。他不惜被划伤从窗户爬进去，用滴血的手指以最快的速度弹起了那首《Secret》。家里的湘伦爸爸看见了小雨留下的《Secret》乐谱，发现小雨在20年前就在乐谱的尾页写下了“……我爱你”等字眼，落款是“路小雨”，湘伦的爸爸又掀开了左上方折着的一角，竟看见了表白对象——叶湘伦！他这才知道，20年前的一切，都属误会，小雨真的爱着一个未来的年轻人，而且那就是自己现在的儿子！他猜到了刚刚突然离去的小伦会做什么，更知道工地的危险，被深深震动的他以最快的速度向学校跑去。而与此同时，湘伦弹奏到了最后一段，在百年钢琴伴琴房毁灭的前一瞬终于来到了20年前小雨的世界……小伦在教室里找到了小雨，但是小雨似乎不认得小伦。（大家在斗琴那段可以知道，叶湘伦有很高的模仿能力，而且弹琴可以弹得非常的快。就因为弹得太快了，所以叶湘伦来到了小雨还不认识他的时候）在最后1979年的毕业照上，却出现了小伦。也就是说因为某种原因，小伦出现在了那个年代，并不像小雨那样只被一个人看到。至于结尾，作者以极简短的几个镜头来述说，留给了观看者太多的空白，后来的一切，未知，或者每个人心中都有一个结尾。这也成了电影耐看的原因。 F.wing
但不得不说的是在不能说的秘密的MV中，最后小伦与小雨还是隔开了20年的情节，可能是周董真正的结尾。但是原片中的结尾，更应该是考虑观众情绪的结尾方式。
