卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
众高手能否齐心协力撑过墨家有史以来最大的危机？天明是否能在重重迷雾中参透自己的身世之谜？盖聂与卫庄推延了十二年的宿命之战将如何上演？所有谜底，《秦时明月之夜尽天明》为你一一揭晓！
第三部《秦时明月之诸子百家》，共34集
原来刺中盖聂的是逆流沙易容高手黑麒麟。盖聂带伤和卫庄比武赢了，但渊虹断了。盖聂用断剑指着卫庄的脖子，但卫庄暗箭伤人，在说话的时候给了盖聂一剑，盖聂倒下了。卫庄抓住天明，并以天明作赌注，大铁锤、小高、雪女与逆流沙三位高手——机关无双、白凤、赤练展开对决，对决中墨家的各位头领都回忆起了自己的往事，其中雪女回忆起与小高相识相知的经历，大铁锤回忆起以前捍卫燕国和燕国兄弟下属并进入墨家的过程，小高回忆起自己与旷修、荆轲（天明的父亲）相识的经历。最终少羽救回天明，此时墨家巨子现身，令人惊讶的是，巨子竟是月儿的父亲燕太子丹。巨子打败了受伤的卫庄。接着又让卫庄一行人走。然而巨子因大司命的六魂恐咒而死，临终传位于天明，并下令启动青龙，机关城垮塌，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路，一路上障碍重重，几位首领一度质疑天明的巨子地位，幸而最终领悟了前巨子的用意。天明、少羽等人伪装混入桑海，与同为墨家弟子的庖丁会面，并认识店中的小伙计石兰（蜀山公主，女扮男装）。庖丁身为儒家主厨，与儒家弟子甚为熟络，在张良帮助下，天明、少羽进入儒家，化名子明、子羽。不过天明、少羽的身份只有儒家三当家张良知道，后告知儒家二当家颜路。
进入儒家第一天，李斯便携名家善辩之人——公孙玲珑及阴阳家高手——星魂（与月神并列帝国两大护国法师之位）前来拜访，对于相貌丑陋、身形过于丰满还自诩美女的公孙玲珑，藏在草丛偷听的盗跖与庖丁忍俊不禁。盗跖不顾庖丁劝阻而前进儒家一探究竟，并将发生的一切告知暂居店里的盖聂一行人：儒家先派出好几个弟子与公孙玲珑辩和，皆败于公孙手下，而公孙玲珑的白马非马之说，更是无人能敌，最终张良派出子明，子明故意让公孙家几代单传的白马受惊而不知所踪，公孙玲珑要天明赔，子明牵出了一匹黑马，扬言是己家五百代单传的宝马，以公孙家白马非马之理，辩之，白马等于传家宝，黑马也等于传家宝，传家宝就等于传家宝，那么，我惊走了你的传家宝，赔我的传家宝，此不合乎情理？终，公孙玲珑辩败。后，李斯去拜访儒家战国时代的代表人物——李斯的先师荀子，但荀子不但避而不见，还说他只有韩非这一个徒弟…… （韩非是被李斯害死的）
在儒家生活的少羽处事得当，但天明却大错小错不断，几次几乎让同门师兄知其身份，全靠少羽机智瞒过，后天明见石兰被儒家弟子逼供，因相信他（仍以为石兰是男性）而保护他，竟在瞬间把几个儒家弟子打得散散落落，究竟是他自己的功力，还是因为这个石兰？（挂在树上的那个儒家弟子是天明打上去的，剩下的几个是石兰打倒的，因石兰速度太快，所以天明也不知是怎么回事，后来庖丁告诉了他真相）而在庖丁的食诱下（抓住天明喜欢烤山鸡的癖好），天明马马虎虎地学习了解牛刀法，后派上用场。与此同时，被白凤所伤的端木蓉仍昏迷不醒，而能救他的人只有荀子，张良便出计让天明与荀子下棋，自己利用小孔成像原理在暗中指点，最终赢得棋局，按照原定规矩，天明提出救治端木蓉的要求，荀子同意并及时赶到，而在途中因一伙强盗的袭击，天明亮出非攻，救下公子扶苏，让荀子知其深厚内力。同时，荀子因天明拥有墨家禁地里才有的非攻，也开始对天明身份怀疑。
此时的月儿已被月神领回阴阳家，清新可人的月儿引起了星魂的浓厚兴趣，却被月神严厉警告打消念头，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇太一让月儿知道了自己的身世和本来的名字姬如，字千泷。东皇同时点明月神也是姬姓。月儿的背影缓缓消失在那个神秘的大厅里，月神在离开前特别悬念地回头望去……
而少羽领天明在日暮时外出，欣赏了海面上的海市蜃楼，并得知秦始皇嬴政准备登上那座海上城市。少羽在人群中发现石兰，此时的石兰似乎正在流泪。发觉天色已晚的少羽急忙拉天明回去，却不慎在途中被巡逻的公输家族的机关鸟发现，慌不择路的两人急急逃跑，两度身陷险境的他们都被石兰所救，此时木讷的天明才惊悟石兰是女的。天明靠在少羽的腿上睡着了，少羽看着石兰立在屋棱上久久远望，仿佛在思考着什么……
石兰突然跳下屋棱告诉少羽，他们来了。原来是那些登上蜃楼的童男童女经过他们面前。连云中君，月神也一同在列。少羽看见杀父仇人蒙恬，痛苦地压抑。天明看见变装坐在月神的身边的月儿，突然激动起来，少羽手快阻止了天明。已经被月神操控的月儿似乎感应到了什么，竟然跟天明一同落泪……
在蜃楼消失的同时，张良突然外出见到了卫庄……
第四部《秦时明月之万里长城》，共38集
自从机关城崩毁，墨家抵抗势力几乎被全部清除。秦帝国又回到了太平盛世的迷梦中。咸阳宫中的始皇一边动用无数劳工营造万里长城，一边进行着一些更为机密的计划，现在，这个计划已经接近完成，由阴阳家协助完成的巨艇“蜃楼”已经建造毕。它壮丽精绝的身姿浮现海平线彼端，宛如人人梦想中的海上仙山。它究竟蕴藏着什么秘密？它最终将要航向何处？
为了解开这些疑团，各家各派势力慢慢汇集到这座平静的海边小城。天明和少羽此时为了避开秦兵的追捕，正在儒家庄园生活和学习。而接下来各种奇异事件次第发生，小城的平静也被完全打破。
假扮为客商的秦军小队全军覆没，护送的货物下落不明！
神秘高手联袂侵入将军府，天机楼内收藏的重要宝物竟然不翼而飞！
寡言少语的少女石兰、武功高强的剑客卫庄、妩媚妖娆的妖女赤练都纷纷展现出性格的另一面，谁是敌人？谁是朋友？再难分辨。
桑海城，暗流涌动！
天明，背负神秘身世的少年。
盖聂，一剑独步天下的剑圣。
少羽，楚国项氏唯一的传人。
仇敌与伙伴们，都深深卷入这时代的飓风里。
风起，自蜃楼装饰古雅的舱室空隙滑过，徘徊于秦廷雄壮的梁柱间。在丞相李斯的唇角，在将军蒙恬的剑尖，在少女高月的眼眸，在智圣张良的眉间。
它掠过挥汗如雨的长城工地，切入黄金骑兵的军阵边缘，在天下百姓的私语中，万千关城的旌旗间，它似乎无所不在。
所有的生死仇，家国恨，都将在那个时刻凝结。
所有人的目光，都将在那个地点汇集！
第五部《秦时明月之焚书坑儒》。
第五部尚在制作中，但官方给出主线剧情：蒙恬出击匈奴，秦皇东巡、焚书坑儒、蜃楼东渡 。
第六部《秦时明月之始皇之死》
主要以秦始皇制造万里长城、焚书坑儒之后，激起民愤陈胜吴广起义之际，秦始皇的突然病死将秦朝带下了下滑之际为背景。
第7部《秦时明月之亡秦必楚》
秦时明月第七部：秦时明月之亡秦必楚。意指秦国灭亡，西楚项羽胜利，建立西楚。
