本作的剧情模式不再是PS2那样冒险探险类，改为了走格子式自动触发剧情，没有了那庞大的场景建模，也就是一些图片语音什么，几个场景也就是对战的一些场景加长版，估游戏容量才那么小，剧情模式流程是动作加格斗类，整个流程重复比较多，玩到后面比较枯燥，场景基本就那么几个，反正很多玩家都基本疏忽剧情模式，游戏注重的还是对战方面，不过剧情模式主要还是用来开启全人物。
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剧情模式一共7大章节，完成一章后则会出现新的篇章，从上至下，大致剧情基本按原作剧情进行，外加一个原创剧情。
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各区域种类介绍
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所持品确认
查看购买的战术之书，主要作用是增加攻防跳跃的能力。
鸣人自宅
查看购买的奥义映像，人物图片，游戏背景音乐。
友达任务参加
利用通讯LAN机能，查看联机队友的档案。
标题画面
退出游戏剧情模式返回主界面。
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任务受注
可查看人物的报酬，过关条件，如果支持通信协力，则能按□键选择通信队友。
战术使用
使用购买到的战术之书增加能力（只能使用一项），使用需要消费NP值，战术之书类型选择时按L R键切换，主要分为攻击系/防御系/速度系/特殊系。
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-任务示意图-
本作剧情流程没什么难度，任务条件显得比较单一，基本就包括这些：限制时间内/道具破坏数/敌人讨伐数/无查克拉状态/体力残缺状态/组队战/连击数要求/奥义KO对手/忍术KO对手/对方体力恢复状态/对方攻击力，防御力上升等状态。玩到后面会显得很疲惫。。。如果你想快速玩全剧情模式，对战模式推荐你用鼬（忍术选择天照，靠这招就基本10秒左右解决COM，连击数又容易连，查克拉用光正好开觉醒，再用天照。。基本上等查克拉用光就基本结束了），闯关模式则随意，时间限制的条件任务则多用蓄力冲刺，NP奖章不用去吃，没多少钱，购买道具或奥义钱不够的话，可以去打价格高的对战任务，用鼬，忍术天照，快速解决战斗，评价S随意刷。。。然后基本就这样的套路。。漫长而枯燥的模式，完成全章节全任务，就全人物。。
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通过剧情模式完成各种任务逐步开启全人物（48人）
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ナルト（鸣人）、【ナルト(第4覚醒)、第4覚醒ナルト】、サクラ（樱）、サイ（佐井）、カカシ（卡卡西）、ネジ（宁次）、ロックリー（小李）、テンテン（天天）、ガイ（凯）、シカマル（鹿丸）、いの（井野）、チョウジ（丁次）、アスマ（阿斯玛）、キバ（犬冢）、シノ（油女）、ヒナタ（雏田）、紅
サスケ（佐助）、水月、香燐、重吾、デイダラ（迪达拉）、ヒルコ（绯琉琥）、サソリ（风影傀儡）【サソリ自分傀儡（人傀儡·蝎）】、トビ（斑）、イタチ（鼬）、鬼鮫、飛段、角都、ペイン（佩恩）壱、ペイン（佩恩）弐、ペイン（佩恩）参、小南、我愛羅、テマリ（手鞠）、カンクロウ（我爱罗）、チヨバア（千代婆婆）、ヤマト（大和）、シズネ（静音）、綱手、自来也、カブト（兜）、大蛇丸、憑依カブト（凭依体-兜）、ミナト（波风皆人）、学園ナルト（学园鸣人）、学園サスケ（学园佐助）、オビト（宇智波带土）、少年カカシ（少年卡卡西）