Memory 4：Demilitarization
Ezio带着苹果回到Tiber Island的阿萨辛基地，带回Rodrigo已死、Cesare中毒的消息。众人决定趁此时时阻止Cesare集结旗下的残存支持者，第一步就是利用苹果的力量毁掉他的部队。
抵达任务地点，Cesare正斥令部下找出埋伏的阿萨辛，等Micheletto（Sequence 7的杀手）带领部队前来时要将阿萨辛势力一网打尽。然而Ezio一露面，Cesare又抛下部下自己逃走，让守卫对付Ezio。
这里玩家可以呼叫刺客部下、使用箭雨或是直接使用手中的苹果来杀掉守卫，只要把头顶有特殊标示的五个守卫杀掉就能完成记忆。
Memory 5：Seeing Red
Ezio回到Rosa in Fiore，Claudia告诉他Cesare计画与效忠圣殿武士的成员会面。抵达会面地点，找出正准备与Cesare会面的枢机主教（红衣红帽）后悄悄尾随他。
竞技场里，衰弱的Cesare正在拉拢在场的数名枢机主教。然而主教表示Cesare以往的贿赂已经不管用了，他们将放弃Borgia一族，并推选Della Rovere家族的成员担任新的教宗。这时Ezio再度出现，主教仓皇逃走，留下Cesare的部下与Ezio作战，Cesare本人也骑马逃离此处。利用苹果把头顶有特殊标示的守卫一一杀掉，就能完成这段记忆。
Memory 6：All Roads Lead to...
Cesare在罗马城门召集部属，准备迎接Micheletto带来的精锐部队，Ezio也集结了阿萨辛全员，正面迎战。运用苹果的力量以及麾下的刺客在两分钟内把Cesare的手下杀光，就能完成此段记忆。
Cesare站在城门外，背后有支军队正缓缓接近。 「Micheletto的部队在我背后集结。我们会一举夺回我的城市！」他的嗓音因中毒而沙哑。
「这已经不是你的城市了。」Ezio说。
同时，Cesare背后领军的男子开口了；这个人不是Micheletto，而是Bartolomeo的亲戚Fabio Orsini（Sequence 2尾声提供Tiber Island秘密基地与Ezio的人）：「Cesare Borgia，以教宗Julius二世之令，我以谋杀、叛乱与乱伦的罪名逮捕你！」
「不！不、不、不！结局不该是这样的。」
「锁链是困不了我的。我不会死于凡人的手上。」
Cesare的叫声回荡于罗马城门。
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