第1关：鲁莽行事
首先，游戏片头以新闻报道方式诠释了纽约目前发现了一种新型病毒，正在急剧扩散，很多人类受到了感染。随后主角阿卡特兹（繁中翻译的真绕口……）美军陆战队员迷迷糊糊的登场了，此时队友叫你摇下头（晃动下鼠标即可）。
在与队友谈笑完当前行事后阿卡特兹所在潜艇被袭击了，全部队员迅速逃出潜艇，到第一个门口按“C”蹲下过门，第二个门也是。
当主角抵达第一个舱门时队友呼叫其帮忙，走到跟前按“F”互动开门。
门打开了之后跟着队友迅速游出潜艇。
当阿卡特兹与部分队友逃出潜艇时，以发现水面上依然是一片火海，船上的队员基本全部阵亡，正当大家还闹不清发生了什么事的时候，夜空突然出现了一搜外星战机，对陆战队员们疯狂扫射。而此时，纳米战士出现了，用重机枪击毁外形战机，并将阿卡特兹带走了。
第2关：二次机会
第1关结束后，主角从昏迷中醒来时自己已经变了样子，穿上了先前救他的那个人的纳米服。该关的主要任务是去寻找博士古德。
纳米服拥有智能系统，将阿卡特兹的DNA与衣服结合，动画中了解到救他的人被大家称为先知（实际上就是1代黑人队长），其自身已经被外星病毒严重感染，无法继续执行任务，将其纳米服脱下交给了陆战队员阿卡特兹并在系统中留下了其任务目标与其影像。
随后先知为了中断与病毒的联系举枪自杀了。
先知实体旁边的桌子上有“狗牌”。
走到门前按“V”进行肉搏攻击，击打开门锁。
穿过一系列障碍物走到2楼有断桥，按住“space空格”键不动进行纳米服能量的超级跳跃来越过断桥。
走到底后，抬头发现断层，同上按住“space空格”键不动跃上断层。
走到门前按下互动键“F”开门。
出门以后走到花园中心，按下“B”后，开启战术望远镜，纳米服AI系统开始强制控制，对你进行智能教学，按下“鼠标右键”放大，瞄准敌人或战术物品时按下“F”可锁定其目标，锁定的目标会在左下角地图显示出来。再次按“B”关闭战术望远镜。（战术望远镜在最高难度下非常重要，因为其有穿透监测敌人的功能，将全部敌人锁定后可从小地图上随时观测敌人动向）。当锁定完敌人以后下楼拾取手枪弹药。
高难度下在前期还没有学会防御能力的前提下很容易被敌人秒杀，可以利用掩体射击。
杀完两个CELL敌人以后进入大门。
进入大门以后，按“E”隐匿，纳米服的智能系统再次教学，隐匿后的玩家在一定距离内不会被敌人发现，过近的话还是会被发现的，并且隐匿状态会消耗右下角的纳米服能量，移动时则消耗更快，当能力解除时能量会在一定时间内快速恢复。
隐匿状态下走到敌人背后按下“V”可不动声色的刺杀敌人。
尽量以隐匿状态下瞄准好敌人以后以最快速度击杀，高难度下纳米服也是很脆弱的……顺便一提，当你被敌人发现后以最快速度隐匿并移动开最后现身的地方即可脱离敌人的攻击。
灭掉这几个CELL敌人后跃上集装箱。
此时会来一辆吉普车，下来3个敌人，玩家可选择与其战斗或者隐匿无视掉他们，隐匿的话注意能量，走到路中央没能量可是很悲催的……在这里下楼梯后往右拐会有双通道的大门，进入即可，不过里面有众多CELL部队，建议先对所有敌人进行战术望远镜锁定后寻找最佳路线或者击杀敌人。
进入大门后直走有个集装箱，可用来补充弹药，之后继续往前走。
走到这里时拐入，里面会有两三个敌人，基本上是只能干掉了。
走到里面进入黄色集装箱（帐篷？）。
里面会有一扇门，对着密码盘按下互动键“F”开门消毒进入。
里面有两名CELL成员，等两人分开后，隐匿按“V”一个个刺杀掉。
走到底后监测病毒，发现有病毒，系统不给开门，走过去互动键“F”强行打开。
当出来以后径直走到底最后一个路口左拐进入商店，里面会有一个纪念品”自由女神像“，拾取后往前走左拐。
跃上垃圾箱翻墙头。
此时提示按“Q”开启防御，纳米服再次教学，防御能力会根据你受伤程度来消耗能量。
教程完后敌人发现你，防御状态下尽快解决掉这几个CELL成员。
干掉敌人后往前走进行战术补给，最好还是先锁定敌人方便行事，此时可连按两下主键盘的“1”来换至手榴弹炸掉下面的敌人，当然也可以继续无视掉隐匿穿过。
隐匿后贴住右侧走。
到这里时会有一个敌人看守，解决掉后跳入他身后的下水道。
下水道里面的水是有高压电的……开启防御能力尽快游过去以节省时间。之后会看见一个洞口，蹲下过去进入停车场。（这里算是近路，大家也可以选择从正面和敌人突击过去）
第一个大门按下“F”用蛮力抬起。
第二个大门蹲下过去。这里顺带一提，按住“Shift”跑时在按“C”蹲下即可滑行。
过去后会发现一个人类正在被外星虫叮咬致死，不过可以放心，主角是纳米服，这种虫子还是不会造成任何伤害的，就是比蟑螂大点。
再到一个大门按“F”抬起。
此时会发现一个CELL成员被群虫叮咬，给他一枪解脱吧……
拐入群虫的放向发现断层，大跳跃上断层，爬楼梯，第二关结束。
第3关：骤然冲击
第3关开始依然是先去追寻博士古德，并且CELL部队指挥官洛克哈特命令所有成员见到“先知”（目前所有人都还不知先知已死，而你不是先知）遍将其立刻射杀，走到这里时会有一外星飞行物撞击。
随着撞击，主角阿卡特兹掉落到了街上，发现CELL成员正在追击那架外星飞行物并将其击毁了。
博士古巴依然认为你还是先知，并通知你立刻去外星飞行物失事地点获取外星生物的样本，这有可能是打败外星人的关键所在。街道走到底左转进入停车场。
停车场内到处都是CELL成员，杀敌时配合好隐匿能力，尽快射杀。
停车场内一直向上走就可以了，到这里会有一个汽油桶，击爆它炸掉旁边的CELL成员。
出了停车场后，走到楼梯口这里，会有带镭射挂件以及消声器的武器，消声器是最重要的，可减少你杀敌时被其它敌人发现的概率，挂件可按下“X”来进行选择。
从楼梯上去之后会发现街道上遍布了CELL成员，打开战术望远镜，利用系统提示的战术路线（1）的下水道前进，以避开CELL成员。
走到下水道尽头后从战术路线（2）跳出来。
将上面的敌人以及正对面吉普车上的敌人秒杀之。
跳到楼上去。
到这里发现了外星飞行物的残骸，周围遍布CELL成员巡视，由于敌人众多，尽量减少杀敌声响或选择隐匿完成任务。
走到最下方时，会有CELL部队的直升机赶来，里面有火箭筒，按主键盘“3”切换。
一炮轰掉。
然后上去从左侧楼梯走到电梯门口，互动键“F”强行打开电梯门，跳下去。
从下水道中穿到外星飞船失事内部。
按“B”打开战术望远镜后“F”锁定任务目标，博士古德会传来讯息，外星人并不在这里，周围都是人类的残骸。
于是从窗口再出去。
这时，遇到了第一个攻击型外星人，其想要入侵纳米服，不过被智能系统拒绝了。
这里的外星人会使用近战和远距离射击。不过还是比较脆弱的，开启防御能力轻松干掉，感觉要比CELL成员的攻击力低多了……
杀掉第一个外星生物以后，走到其尸体旁按“F”获取DNA。
每个外星人的DNA都可用作纳米服的纳米点数来升级技能，按下“H”打开纳米服强化栏，纳米服强化共分为4类，每一类只许选择一项能力进行套用，根据自己的情况以及现有点数来分配吧。随后便是继续追寻博士古德。
分配完纳米服能力后径直往前走，会发现CELL成员正在和外星生物战斗，可选择围观，不过最后还是得由你自己来干掉外星人。
可利用周围爆炸物来降低杀敌难度。
杀完外星生物后走到底部右转进去，第三关结束。
第4关：道路狂飙
这一关继续与古德博士会合，从对话中了解到CELL部队指挥官洛克哈特已经亲自出马，需要多加小心。从右侧楼梯上去
走到窗户前纳米服系统强制控制，发现CELL部队指挥官洛克哈特与另一位名叫史崔克兰的女士争吵，指挥官主张击毙“先知”，而史崔克兰则强烈反对，因为其主公司的命令似乎是要活捉。
随后，二人坐着直升机飞走后，解除控制，这里到处都是CELL成员，使用战术望远镜锁定目标，以及寻找战术路线。从窗户中隐匿跳出去。
然后在尽量不惊动敌人的情况下从轨道上穿过，可以躲避战斗。
从桥上左侧跳下后进入地下通道，穿过马路。
出来后记得先把身后吉普车内的炮手干掉。
然后径直走到底从左侧的斜坡上桥，中途有部分CELL成员，注意躲避或击杀掉。
上桥后有弹药补给，此时来了一小队CELL成员，注意两辆吉普车上的机枪炮手。
佩戴消声器和镭射挂件使用隐匿能力轻松干掉。
下桥后依然会有CELL成员，注意掩护以及能量补充。
干掉敌人后从倒塌的集装箱上大跳过去。
这时会出现系统强制控制，因为桥要坍塌了。
解除控制后跳下去，系统会提示使用“N”来打开纳米服视觉，也就是热感应。注意前方会有3个敌人，桥上两个，左侧楼梯1个。
下桥后前方会有一机枪炮台，建议提前消声干掉。
干掉后从大门左侧的下水道穿过敌人，别冲的太快，无论你是否被发现AI都会往里面扔一颗手榴弹。
走到底后消声干掉下水道上方的敌人。
干掉敌人后跳上下水道，贴左侧墙来通过，注意隐匿，这里敌人非常多。
走到这里时右转，注意正前方有一装甲车，被发现的话会被大炮瞄上的……
转到里面后一共有5～7个敌人，从门里过去。
移动仍然是“WSAD”，鼠标左键发射小炮，右键发射火箭，这时候基本上就无敌了，可以大开杀戒了。
从桥下穿过，里面会有众多CELL成员形成路障，并且还伴随着直升机，都可以用火箭打下来。
出来后会有两辆和你相同的装甲车，注意不要被火箭连续命中即可。
走到里面就全是步兵了，搞定以后下车。
走到里面就全是步兵了，搞定以后下车。
下车后别冲的太快，门里会突然冲出来一个CELL成员，秒杀后进门过关。
第5关：实验室鼠辈
阿卡特兹和古德的汇合点已经被CELL成员入侵了，古德已经逃到了新的汇合点，而古德的实验室里有很多重要的资料，不能被CELL成员得到，所以阿卡特兹被要求在CELL成员找到那些资料前将机器摧毁。一开始先隐匿将狙击手刺杀，拾起他的狙，按“X”换上消声器，由于敌人众多，所以尽量不要杀敌，以免拖延战斗。
拾起狙后从右侧跳到一堆集装箱下方。
潜入水中不会被敌人发现，一直潜到离任务点最近的地方。
当浮出水面时记得开启隐匿能力，周围敌人很多，跳上去，爬楼梯。
从木板上走到对面。
从铁门下方钻进去。
里面会有3个CELL成员，杀之。
杀了那3个敌人以后从机枪台后侧方进入电梯，注意隐匿出电梯前会有CELL成员
出了电梯以后发现有三个CELL成员正在拷贝古德的数据资料，将三个敌人都杀掉，然后走到任务目标前开枪摧毁。
当机器摧毁后敌人的直升机前来支援，从这里拿上狙击枪。
瞅准时机将飞机上的机枪手击毙，最高难度下需要5～6枪搞定。
杀掉了第一个机枪手后直升机暂时撤离，回到电梯会有两个CELL成员赶上来。
玻璃顶上方会有很多CELL成员，建议使用隐匿+狙击枪轻松搞定，若未爆头，狙击枪两下杀死一个，瞄准时，按“V”放大倍数。
将CELL成员都杀了以后直升机会换上第二个机枪手进行扫射，向刚才一样用狙杀掉，这次会出现更多的敌人，注意能量补充，电梯依然会上来两个敌人。
这一轮进攻结束后直升机开始使用导弹轰炸，这时可以寻找地上的火箭筒一炮轰之结束战斗。
轰掉后的飞机将地板冲断了，跳下去。
进门从楼梯下去，古德博士来电通知你去向他汇合。
走到最底层有个通道，把锁打烂后跳出去，然后上楼。
从楼梯走到外面以后跳到架桥上面，一路上没有敌人，尽快通过。
到这里会有4个CELL成员，楼梯下一个，楼梯口和左侧栏杆上有两个，上去后左侧还有一个。
敌人全都搞定后开锁进门。
走到电梯前等古德博士放下电梯。
坐上椅子开始研究生化装的深沉易变，这时博士还一直认为你是“先知”。
当系统连线以后博士发现你不是先知，以为你是CELL的一员，后通过生化装的残留影像得知是先知将生化装交给了阿卡特兹，随后交代了一些事情后便举枪自杀。
进入另一个房间后博士沮丧的向你介绍了一下你这套衣服的来源是由哈格瑞夫设计的，并且先知曾是哈格瑞夫的手下的一名特务，正在交谈时，CELL成员发现了这里，对屋内进行攻击。
博士把你送到门外后从另一条路逃走，你需要将前来扫荡的敌人都灭掉。
将入侵的CELL成员全部解决以后，走到窗前，触发剧情任务结束
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