支付宝要保存证件号码的原因如下：
1、证件号码是支付宝账户认证的重要组成部分，会影响到是否可通过认证。
2、在用证件号码取回“登录密码”或者“支付密码”等操作的时候，需要输入注册时所保存的证件号码进行对比确认。
3、注册完成后，证件号码不得随意修改，故需要如实填写。