根本区别在于：前者是针对本图层调整，，调整后本图层发生改变并不可修复。并且，以后如果想继续调整，则只能针对上次调整结果作为起始点重新调整。而后者是新建图层对该图层进行调整，该图层本身并未发生改变，以后可以在该调整图层上直接对上次调整数据进行更改，如果要撤销或不显示其效果直接将调整图层扔掉或关闭眼睛即可。(其他调整，比如曲线等和此类似)
还有一点，当对图层中选区内部分进行调整时，使用调整命令时选区会一直显示，而使用调整图层进行调整时选区是看不见的，也就是说这时调整可以边调整边看到整体效果。
但要注意的是，当使用了调整图层后，如果要转换图像模式(比如RGB-CMYK)电脑就会提醒是扔掉调整图层还是合并所有图层。如果想应用调整图层效果又不想合并所有图层可以在转换模式前将调整图层与被调整图层合并，然后转换时选择不合并即可。