高性能的高速侦察机，自身的高速度和升限可以使它免受敌方的截击。其中的Ki46-3机曾经进行改型，用以截击B-29，不过战斗机型出现太晚产量不大。
Ki46为日本陆军野战师团控制的远程侦察机1942年大量投入使用，由于速度快，实际作战中基本不受空中威胁，战争期间没有遭遇过对手强有力的打击。
Ki46的研制设计任务书是1937年下达，陆军指示该机在4000米高度要能够有600公里/小时的时速，在当时的条件下陆军简直是在胡扯，但三菱公司也只能硬着头皮去设计，1939年11月，首架样机完成了4000米高度的最大速度试飞，飞行速度低于陆军计划书要求的600公里/小时，为540公里/小时，这在当时已经非常快的速度了，但陆军坚持要达到600公里/小时，不过陆军当时也急需可以进行远距离侦察的高速侦察机，所以继续支持Ki46的改进开发，1940年8月与三菱公司签约订购了几架Ki46，称做100式司令部侦察机，并同时要求三菱公司继续提高Ki46的性能，不久三菱公司安装HA102发动机的Ki46-2试飞成功，全面达到了陆军计划书要求，日军开始大量订购，并把一些早期生产的型号赠送给了海军。
100式司令部侦察机的速度非常快，投入战场以后实际几乎不受空中威胁，但日本海军获得的Ki46多为陆军退下的早期型号，没那么高的性能，在战争末期遭遇美军P51与F4U的威胁损失还是比较大的。Ki46的主要生产型是Ki46-2/3，其中Ki46-3在1945年2月创造过从北平飞到东京，只用了3小时15分钟的记录，平均时速700公里/小时的惊人记录，日军的飞机标称速度多是在指定的某一高度的最大持续飞行速度，不是只能在某个高度上短时冲刺可以暂时达到的冲刺速度，一般只要日军飞机的标称速度达到600公里/小时，那么盟军的战斗机就无法截击了，日军很多标称最大时速为600公里/小时的飞机，实际上在所有高度或大部分高度的飞行速度，比盟军标称最大时速达700公里/小时以上的飞机更快。
飞机资料 （100式司令部侦察机 2型 [Ki46-2] ）
翼 面 积： ３２．００ｍ
自 重： ３，２６３ｋｇ
最大重量： ５，０５０ｋｇ
最大航速： ６０４ｋｍ／ｈ（高度５，８００ｍ）
续航距离： ２，４７４ｋｍ
上升限度： １０，７２０ｍ
螺 旋 桨： 3叶定速螺旋桨
发 动 机： 1080马力 三菱1式（HA102）复列星型气冷14缸发动机 ×2
乘 员： 2名
武 装： 7.7mm机枪×1
总生产数：1742架
主要型号:
1型（Ki46-1）： 装三菱99式1型（HA26-1，标称875马力）发动机的初期生产型
2型（Ki46-2）： 装三菱1式（HA102，标称1055马力）发动机的性能提升型，为初期主要生产型
2型改（Ki46-2改）： 教练型，由2型改造
3型（Ki46-3）： 装4式（HA112-2，标称1350马力）发动机，换装新形流线风挡，为中后期主要生产型 3型乙（Ki46-3乙）： 3型安装20mm机炮×2改成的截击型
3型改（Ki46-3改）： 在3型乙上追加安装37mm倾斜机炮×1的截击型
4型（Ki46-4）： 安装有加压系统的HA112-2（标称1350马力）发动机的高空性能提升型
100式3型防空截击机： 3型乙的非正式别称，用于称呼100式司令部侦察机3型改装的战斗机
